当然主要是因为顺军已经不打算在四川进行作战的原因，明军很轻易地就收复了成都这个四川的中心，接着按照已经拟定好的作战策略，李国英率队南下叙州，攻夺川南，杨展率军转向东边，收取川东主城，秦翼明则负责率领石柱兵向川西挺进。
三路明军势如破竹，各地纷纷望风而降，明军几乎没有遇到什么像样的抵抗：
要知道在李国英奉命进入四川之前，四川明军和张献忠则李自成几乎是三天一小打，五天一大打，双方在多个城镇展开拉锯战，打得是昏天黑地。
如今战略形势大变样，各地士绅和民众也乐得朝廷进入官军结束这场延续已久的动乱。
平兴元年五月，随着明军拔除四川境内最后一个顺军据点，四川，这个西南最大的省份宣告重回大明的怀抱。
然而，四川的士绅土司们还没来得及庆祝终于赶走了“流寇”，朝廷就发来了让士绅土司们目瞪口呆的指令：
和其他几个省份一样，朝廷承认在李自成和张献忠操作之下获得田地的农民的权益，这些权益包括新的田契，废除以往的高利贷，以及最重要的，三年免征和发钱。
不过考虑到四川的士绅们还是为大明出了不少力，因此相比于其他省份，李子明还是稍微给出了补偿：
那就是按照田亩数给予“失地补偿”，不过从朝廷获得补偿款之后，士绅们不得在两京一十三省进行买地，要买地只能买台湾，虾夷岛，占城之类的这些新开拓的土地。
一句话，朝廷要改土归流，土司们乖乖交出手中的辖区还能得到大明一定的补偿，不然的话明军就要动真格的，武力进行改土归流了。
历史上在张献忠攻陷成都时殉国的末任四川巡抚龙文光在这个时空意外没有调任四川巡抚，因而躲过了一劫，于是，他又被任命为四川巡抚前往四川处理改土归流一事。
随着龙文光一起到达四川的，还有林登图带领的，让大明各势力闻风丧胆的近万名辽兵和其他各部明军两万余人。
再加上已经在四川的李国英的那支明军和杨展的明军，明军在四川的数量接近十万人，这么一支庞大的军队坐镇四川，使得各处土司们本来泛起的一些小心思立马偃旗息鼓。
不久，四川战力最强的土司石柱土司宣布响应朝廷的号召，交出石柱土司的所有印信。
作为回应，明廷则发诏书赐予石柱秦家为【忠义侯】，马家为【忠良侯】，同时秦翼明仍然担任四川总兵，石柱白杆兵编入朝廷编制，朝廷另赏赐秦马两家良田宅邸，并为白杆兵在辽地建立专门的祠堂祭祀。
最强的石柱土司都选择了顺从朝廷，四川的其他土司自觉自己并没有那个能力和石柱土司相提并论，于是大部分土司都选择听从朝廷的诏令，主动交出印信，配合朝廷进行的改土归流的政策。