朱翊钧在宫中看罢大笑，对身边人道：“看吧，这帮官员京察前斗，京察时斗，京察都要结束了还接着斗，不过他们想借着朕来斗，朕也想借着他们斗。”
司礼监首席秉笔张诚连声称赞：“皇爷洞若观火，朝廷大事了然于胸，只是奴婢不明白，这京察百官如此胡闹岂不会有失公允，阻碍皇爷治世。”
却不料皇帝忽然变色道：“张诚，你少在朕面前煽风点火，这是欺君！”
张诚急忙跪地请罪，朱翊钧冷冷地道：“朕对天下官吏了如指掌，选官任用自在朕心中。朕治罪者必有过，罢免者必无用，提拔者必有才，留任者必有功，还有一些人留下是为将来之离去。
阁部相争不过争一个权势，赵南星癸巳京察之中大义灭亲，公正之举令人称快，转眼间就以评议差等，奏请罢免阁臣举荐之人，其余不职之官朝野皆认，并无问题。
至于陈于陛，他并非此中主谋，但也在有意为打击申、王二人作掩护，结果欲盖弥彰罢了。朕早知此事申、王二位必不会坐视不理，果然这些奏折就来了。
原本吏部与督察院会同考察是为互相监督，现在却同心协力，难免不令人起疑结党营私，只是沈总宪此番如此配合吏部却有些奇怪，不知是不是承认了前些年疏远务实是其行差步错……且再看看，这几天就等着吧，这些奏疏天天都得来。”张诚领命。
结果次日吏部尚书陈于陛见内阁上疏，也再度上疏申辩，力保吏部考功司郎中赵南星所言并无过错，都是一心为公。
朱翊钧看罢冷哼道：“朕早说陈于陛此举不过是为人打掩护，现在看来果然如此！”
陈矩立刻跪请皇帝息怒，劝道：“皇爷，部堂庇护属官乃是常情。”
朱翊钧再次冷哼一声，道：“朕自然知道这‘常情’，不过就算赵南星找的那些理由都算正理，可是如今天下多事，朕岂能任他破坏内阁团结？
传朕旨意，吏部尚书陈于陛是非不明，包庇属官，罚俸三月；赵南星是已非人，抑扬太过，官降三级，另外立刻罢免虞淳熙、杨于庭，永不叙用。”陈矩、张诚领命。
之后申时行以内阁名义上疏为赵南星开脱，但实际上是给赵南星坐实“是己非人，抑扬太过”的劣评。
陈于陛知道皇帝的意思，也知道自己并无太大危险，于是上疏以辞职相威胁，宫中果然对此留中不批，陈于陛便再次上疏申辩，把戏做个全套。
同时，礼部尚书于慎行、工部尚书石星、督察院左都御史沈鲤、督察院左佥都御史王汝训、右通政魏允贞、大理寺少卿曾乾亨、礼部郎中孔兼、员外郎陈泰来、主事顾宪成、张纳陛、贾岩、助教薛敷教等也纷纷再为赵南星求情。
这些人其实分属不同派系，但这次偏偏都出来为赵南星说情，显然说法各不相同，也都各有不同的意指。
万历皇帝听着司礼监给他念着各人的奏疏，疏中时而便有内阁与各部互相指责之处，有些地方甚至含沙射影皇帝本人，不过朱翊钧经过高务实这么多年的影响，对这些说辞基本免疫，不动声色地听完，面色也没有太大变化。
传旨，赵南星、虞淳熙、杨于庭、袁黄罢职为民；陈泰来降级外调听用；于慎行、石星、沈鲤、王汝训、魏允贞、曾乾亨罚俸三月；曾同亨、孔兼、顾宪成、张纳陛、贾岩、薛敷教等朋谋乱政，降三级外调离京。”司礼监领旨。
内阁首辅申时行得知众人上疏中有提及自己，也上疏请辞，但很快得朱翊钧手诏，其中说“朕因新春积火上升，两目疼痛，卿可即出，待朕火愈，诏卿面商国事。”
从这里皇帝的反应来看，似乎是对申时行无比信赖，依旧将国事委于内阁。申府管事拜道：“老爷深受圣上信赖，恭喜老爷渡过此关。”
申时行道：“老夫与皇上君臣相知，岂是陈于陛、沈鲤、赵南星、顾宪成等人可比？不过此事倒并非我手段如何高明，而是皇上心意如此，聪明人本就不会参与——你看高南宁便一言未发。不说这些了，快去备车，我需入阁议事。”管事受命，出门备车，送申时行往东华门而去。
内阁之中申、王二位谈及京察之事，王锡爵贺道：“此番阁部之争吏部完败，此后我等可尽心国事了。这陈于陛实在是顽固不化，通过此前吏部尚书可不避内阁座轿一事可以看出，以往天官为缓解阁部矛盾，总是预先嘱咐轿夫避开阁轿。
而陈于陛不知是不解其中奥妙还是故意为之，只遵循旧例，不避阁轿，对等相向，可见此人或是孤高而不知变通，或是故意争权立势，殊不知他背后的高求真如今也是阁臣，他这般做不仅得罪我等，同样也会让高求真不满，因此便有今日一败。”
申时行叹息道：“只是这次争得有些大了，皇上一下就处置了这么多官员，他们定会认为是内阁阁臣——尤其是我二人从中作梗，这才引皇上大怒降罪。将来，他们会把这些帐都算在你我头上，而阁部之争恐怕也永无止境，如此国事如何可为？”
王锡爵答道：“元辅勿忧，这也是迫不得已之事，我虽一直反对堵塞言路，不过时至今日倒也觉得言路不能过于猖獗。欲求天下大治，除君臣同心之外更需令行禁止，朝野一致。”
申时行思索着道：“我料此次大争之后尚有余波，尤其六部之中或许还有要职调整，你我皆需留意，以免错失机会，为人所乘。”
王锡爵赞道：“元辅此言极是，未雨绸缪理所应当。”顿了一顿，又问：“之前有件事不好明说，如今只元辅与锡爵二人在，却不得不问了——宋应昌与李如松此番表现都颇有差错，我等是不是能想个法子换掉他二人？”
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