而此时在朝鲜朝廷中枢，伊斗寿向朝鲜王李昖举荐元均代替李舜臣为三道水军统制使。由于朝鲜国内常将李舜臣与元均二人作对比，李昖一时不能决断，便询问金应南意见。
左议政金应南道：“李舜臣的确是难得的水军干将，但元均也是智谋出众、勇猛卓绝之人，同时所立功勋也为数不少，臣认为他完全可以担任三道水军统制使。”
伊斗寿见金应南支持，再次力荐：“不仅如此，元均还是绝对忠于王命之人。殿下，元均与李舜臣不同，凡是殿下的命令，无论刀山火海也会义无反顾去执行，诚可谓忠臣也。”
忠诚，这可是朝鲜王李昖最为看重的特质，于是被伊斗寿和金应南说服，任命元均为新任三道水军统制使。
李舜臣被押送至汉阳后，元均特来嘲笑，在元均讥讽之后，李舜臣只请求元均善待水军将士，调动船队需要深思熟虑。元均轻笑数声，不过却也满口答应。
而在釜山浦,?宇喜多秀家、黑田如水、小西行长则正在共同庆祝李舜臣的罢职。宇喜多秀家笑道：“直到今天我才终于感到一直卡在喉中的利刺终于拔了出来,?浑身痛快无比！”
小西行长亦感兴奋：“总大将您这形容还是不够准确，这不是刺,?而是拦路虎被彻底除掉！”
黑田如水也轻松不少，含笑道：“如今李舜臣已除，于海路我们将畅通无阻，朝鲜八道唾手可得,?应立即汇报太阁殿下,?发布总攻命令，最好抢在明军到来之前攻下朝鲜！”宇喜多秀家立刻赞同。
然而，加藤清正突然怒气冲冲而来，喝问道：“小西行长！你这小贼,?竟敢瞒着我将我当做诱饵！你到底是用什么花言巧语欺骗了太阁殿下！我看你是巴不得看我被李舜臣送进海里喂鱼吧！”
小西行长心中作何想且不去说,?但至少表面功夫做得不错，他连忙起身劝慰：“诶诶诶，加藤殿下,?你何必冲动，这是为除掉李舜臣的计策，我深知李舜臣绝不会出击，太阁殿下也同意我的判断。而如今呢？你没有受伤，李舜臣也被除掉，这不是很好嘛！加藤殿下，这次你不过正常行军，但却立下了大功一件啊！”
换句话说,?你加藤清正现在还欠了我小西行长的一个大人情呢！
然而加藤清正余怒未消,?他已再难忍受与小西行长共事，冷笑道：“我不知道你在说什么鬼话,?但是小西行长,?我告诉你，我再也不能跟你活在同一片天空下,?我们现在就去外面做个了断吧！无论谁生谁死,?只存一人！”
小西行长笑容顿敛,?厉声道：“太阁殿下早就知道用你作诱饵的目的,?如果你不相信的话，大可直接去问太阁殿下！如果太阁殿下表示他不知情的话,?我不仅愿意接受你的决斗邀请，甚至愿意在决斗中绝不还手,?当场引颈就戮，如何？”
黑田如水连忙劝道：“你们二人不要再争吵了。加藤，小西说得没错，你的威名早已传遍朝鲜，正因如此才会使朝鲜如临大敌，才会在李舜臣抗命之后令朝鲜王和大臣们愤怒无比，对于李舜臣不会出击的结果，是太阁殿下早已料定之事，所以你本就会毫发无损。
太阁殿下对你们二人都有殷殷期盼,?而对于今后的战斗，太阁殿下也还等着你的捷报,?你当全力以赴作战，而不是来追问小西成功之策——那是太阁殿下的决断。”
李舜臣下狱后,?柳成龙前往探视，但衙吏不敢放行，幸有世子光海君担保，柳成龙才得以与李舜臣相见。
柳成龙对李舜臣含泪道歉，李舜臣道：“西厓公(柳成龙号西厓)不必自责，我早知自己会有今日，而且我也知道王上会将我处死，即使是西厓公您出面也无济于事，这一点西厓公您也心中了然。事已至此，西厓公，我想拜托您一件事，不要为我而去作任何申辩。”
但柳成龙不忍见死不救,?李舜臣便表示其生死不在大王手中，而是在元均手中。柳成龙蹙眉道：“你的意思是,?若元均守住大海，你便会被处死。若元均在海上被倭寇击溃,?那么朝鲜海防顿失，王上和朝廷便只能依靠于你，你便能活……是这个意思么？”
李舜臣答道：“正是如此，不过若元均真能守住大海，那我纵死也当瞑目。西厓公，我再次请求您，无论如何也不可为我出面，要是连累到您，那这个国家才真是毫无希望了。
为能再造山河，请西厓公务必保重。我现在最担心受惊的母亲，若我身死不能尽孝，还劳烦西厓公始于援手，帮我照顾老母。”柳成龙沉重应下。
不久之后，李舜臣即遭到严刑拷问，左议政金应南逼问其因何缘故抗命不出，李舜臣答道：“小西行长所发情报为加藤清正将于正月十一日袭击，但实际上加藤清正提前一日便已抵达，因此这显然是个陷阱，我自然不能出兵。”
金应南质问：“那只是最后的结果而已，况且差一两天又能如何？加藤清正袭击西生浦是事实，王命要求阻敌于海上，你抗命不遵，骄狂自大，这才是你的大罪！”
李舜臣平静地问道：“王上及左相见过倭贼么？啊，倭贼的首级必定是见过的，但恐怕未曾见识过倭贼的狡诈和残酷。战场的状况与在朝廷听取的报告大为不同，将帅但有不慎，便会断送全军将士之性命，同时导致战局之倾覆。
无能的将帅远比敌人更为可怕。左相，我以此言相答：我并非抗命，只是担忧将士白白送死，担忧战局倾覆，若此为罪，我甘愿一死。”
金应南大怒：“混账，你是在说王上要断送全军么！诡辩之徒，无可救药！”金应南拍案离席，下令继续严审。
另一边柳成龙则仍然觉得不能坐视，便央求世子光海君请两司台官出面，他道：“邸下，朝廷大臣现因李舜臣而两立，此时台官若能出面，将有很大帮助。邸下您也清楚，李舜臣不仅是忠臣，也是守护国家的英雄，邸下不也将李舜臣当作真正的忠臣么？万不可让李舜臣含冤而死啊。”
世子摇头道：“我能有什么力量？这件事王上已经下定决心，要推翻此案已为时已晚。还请领相回去，万不可被此事牵连。”
柳成龙听此，暗暗一咬牙，再次请求道：“邸下，臣知道您对臣之前的行为有所不满，但此番若能助力，臣便欠邸下一条性命，今后无论任何私人的要求，臣都会答应。李舜臣是朝鲜最后的大将，请邸下务必搭救。”