董一元夺关后就地休整，清理战场，而由马林统军继攻飞虎关。
飞虎关前三十六级天梯高陡异常，而周围则是悬崖峭壁，飞猿难渡。明军拾阶而上都需手脚并用，而播州军不仅推下滚木山石，还浇灌火油，引燃山道，继而再用弓箭远近阻击。
明军又不是铁打的金刚，在这种狭窄山道上进攻自是苦不堪言，根本难以寸进。马林乘间隙连发三次冲锋，结果反倒是明军伤亡激增，军心险些崩溃，马林见状只得先行休兵。
这飞虎关真是个天险，上倚绝壁，下临悬岩，高屋建瓴坐镇天梯之顶，如负隅猛虎，张口啸天，威震关山。其箭楼也屯驻重兵，守关之兵亦为播州精锐虎兵坐镇。而天梯与飞虎关之间仅有一道吊桥连接，为通向飞虎关的唯一通道。
马林部于飞虎关前连攻十日，偏又阴雨不断，委实寸步难行，毫无斩获。马林心愁不已，他一个善于打平原野战的骑兵将领，竟然不得不苦思夺取山关之计。
好在这日天气转晴，马林大喜之下，急令密调本军全部三号炮上山，在确保不会误击吊桥的前提下，猛烈炮击飞虎关楼以压制播兵。
播州军根本没有料到这种地形下明军竟然能调集大量火炮，对此毫无防备，此时突遭火炮打击，关石飞溅，关楼塌陷，播州兵于关墙之上难以立足，飞虎关守兵一时间再难向明军施以还击。
马林见机不可失，立刻点检精锐家丁，亲自领兵冲过吊桥猛攻关门，于是飞虎关破，明军鱼贯而入，随即便与播州虎兵展开混战。
播州虎兵相当于黄芷汀当年身边的亲卫，全家都和主家一荣俱荣、一损俱损，故而不畏生死，死战不退。
由于关门狭小，明军又为了尽早攻陷而一拥而入，此时陡然遭遇虎兵这样的精锐山地兵堵截，差点被一下子逼出关门。
马林急得大吼连连，亲自督阵，不顾危险站在高处鼓舞士气，又令身边家丁以掌心雷齐掷，这才险险逼退敌兵。随后明军大队再度冲锋，奋勇反击，终于陆续再入关门。
进关的明军多起来之后便算是大局已定，结阵挺枪摆出排枪刺刀阵，步步进逼。虎兵虽然精锐，但在高务实这套超越时代的打法面前也终于再难寸进。
马林在排枪刺刀方阵打出数轮齐射之后一声令下，开始全军冲杀。他本人也不甘示弱，拿出先父马芳的气势，身先士卒连斩十余人。虎兵虽然精锐，但毕竟人数不多，在这般大军强压之下终于不敌，最终全军覆没。
飞虎关战后，刘綎率部跟上，向飞龙关攀进。飞龙关由何汉良、田飞鹏率兵镇守，前有龙虎大道，与三十六级天梯相仿。
这飞龙关一侧临百丈深渊，险峻阴深，蛇鼠为窟，常有哀嚎之声随阴风阵阵从山涧下传来，令人毛骨悚然。
何、田二人意欲使明军全部葬身山涧，特在龙虎大道遍置木石，辅以弓箭迟滞明军攻势，更用自制火药在明军进攻时突然炸裂一侧山体，乱石飞下，明军躲闪不及，多有坠崖而死。又是连续两日，明军大半仍被迟滞在龙虎大道。
刘綎大怒，亲自督战并派出五百降倭夷丁，严令向飞龙关突进。降倭夷丁不愧是天下精锐——尤其是在刘綎暴怒之下，他们这一出动，直杀得沿途血肉横飞，在自身死伤近半的情况下终于冲过大道。
刘綎抬头观望飞龙关，乃是用青石及石灰糯米砌筑而成，关为三开，三拱相套，有两座月门，是为囤东入大城门户所在。刘綎率部对飞龙关时攻时休，接连相持十日而不克。
由于此处近乎绝地，刘綎干脆弃用计谋，只作强攻，逢阴雨连绵便冒雨强攻，逢云开雾散便调火炮助阵。于是连日来战事激烈，炮声如雷，龙岩囤上下皆能清晰耳闻。
轮番强攻之下，飞龙关即便再如何险要也渐渐难以支撑，于是杨朝栋又率部来援。此时飞龙关一侧关墙断裂，明军趁势大举攻入，刘綎随军突入飞龙关内，直取何汉良、田飞鹏而去。
何汉良见刘綎杀来，不知死活向前迎战，不过数招之后便死于刘綎刀下。另一边田飞鹏见刘綎委实凶悍，不敢迎敌，转身便逃。谁知刘綎冷哼一声，张弓搭箭，一箭射入其后心，田飞鹏应声倒地。杨朝栋见状，知飞龙关再难坚守，当即也只能率残部退守朝天关。
在明军猛攻前囤之时，邓子龙、马孔英、吴广等部正攻后囤。杨应龙亦在后囤布有重兵，邓子龙等于头道关隘之后、关门之前便屡遭失利。
时日已久，邓子龙便令全军停止进攻，反而后撤三里，止步不前，实则暗中设伏引诱播兵出关。
明军故作懈怠，后关苗将自恃重兵在握，见明军连日攻关不下，反而死伤渐增，胆怯不前，见明军后退，以为是伤亡过重不得不退回修整，便下令出关歼敌以便包抄明军大营。
邓子龙得报播军出关，大笑三声，即令马孔英率部居左翼设伏，吴广率部居右翼设伏，自领中军吸引播州军来攻。
播州军一路狂飙突进，杀声震天，邓子龙遣数队分道迎敌，先是佯装大败，一触即溃，播州军因此更加肆无忌惮，直追入明军口袋之中。
邓子龙见时机已至，即令大放火器，马孔英及吴广闻声出动，迅速将播军合围，水泄不通。播军见误中伏击，全军欲撤，但与明军激战半日却伤亡惨重，反而溃不成军，邓子龙等人趁机率部掩杀，然后顺势夺下后关。
此后播州军于西关至后关之间大行游击袭扰，因播州兵惯于山间作战，其于山林乱石之间闪转腾挪、健步如飞，明军深受游击之苦，于山间难以轻易追击，只得被动防御，艰难行进。
不过由于播州军远程武器只有弓弩，而明军装备随着战事发展反而还有越来越完备的趋势，袭扰虽对明军有迟缓之效，但对明军兵力而言却无太多损害。
邓子龙等苦耗多日，终于抵近西关，与马孔英、吴广轮换攻关，两军相持不下。邓子龙严令日夜交攻，待后续火炮终于运上山来，苗兵被轰了半日损失惨重，最后胆寒弃关而走，明军由此攻占西关，只是全军疲惫，只好先休整待命。
至此，明军围攻龙岩囤已达四十余日，前囤攻至朝天关，后囤攻至万安关，之后便久攻不下，再难前进一步。
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