为了抵御河套地区的蒙古部落，“弘治年间，设总制于固原，联署陕西诸镇”。自此，位于西北地区的延绥、宁夏、固原、甘肃四镇因军事形成了一个共同的防御区域。
在陕西三边四镇军事防御区域里，总制陕西三边大臣负责统一调度。总制陕西三边，管辖陕西、延绥、宁夏、甘肃四镇军务，各镇巡官均受其节制。弘治十年，总制大臣一员初议奏设。同年十月，任命左都御史王越总制甘、凉各边。
彼时，王越所任总制一职并非总制陕西三边，其管辖范围只有甘肃镇的部分地区。弘治十一年，才开始出现“总制三边军务”的官称，但其具体的管辖范围并不十分明确。自王越离开之后，总制一职连续空缺三年。
直至弘治十四年九月，因北方蒙古部落毁坏花马池边墙，抢掠固原、安会等处，兵部推举户部尚书秦纮总制陕西、固原等处军务。弘治十七年，“适虏贼不住套”，因此秦纮召回户部。
此后，总制一职便开始视边情缓急而设。例如弘治十八年，蒙古部落又在花马池北柳杨墩处毁坏边墙，攻陷灵州清水营堡，再度抢掠固原、安会等处。
为此，正德元年任命杨一清为总制，负责管辖陕西、宁夏、延绥。正德十年，陈天祥以提督身份统管陕西三边军务。此后，陕西三边间或由“提督”管辖军务。同年五月，时任提督陕西三边军务彭泽乞休致仕后，陕西三边军务官职再次空缺，这次空缺时间长达五年。
直至嘉靖元年，总制陕西三边一职才再次出现，由兵部左侍郎李钺担任。李钺就职总制一职，其任务是为了处理亦卜剌侵扰一事。
嘉靖二年，“上以陕西事宁，取钺还朝”。嘉靖三年十一月，吏部右侍郎孟春奏设总制大臣两人，一人总制宣府、大同，一人总制陕西三边。
此次陕西三边总制的奏设，主要是为了及时防御吐鲁番的入侵。同年十二月，又将陕西三边总制改设为提督。嘉靖七年八月，总制陕西三边正式确立。嘉靖十五年，将陕西三边总制改名为总督。
自此之后，陕西三边总督负责管辖陕西三边四镇的军务。由此可见，总制陕西三边，自弘治十年初议，至弘治十四年开始成为定制。
在这一时期，总制陕西三边的任务主要是为了防御蒙古部落的南侵。期间，总制陕西三边一直常有空缺，一旦北方蒙古部落大举南下，三边防守告急，朝廷便立即选任总制，集合四镇兵马以作防御。
而当蒙古军队暂时撤退，三边军情稍缓，总制便立即回京复职。而弘治十四年至正德三年间，总制陕西三边大臣管辖范围一直未涉及甘肃镇。
甘肃镇一开始并未加入陕西三边防御区，这与蒙古入侵河套的路径相关。
就整个陕西三边四镇而言，地处西陲的甘肃镇并非是重点防御区。总制陕西三边大臣、三边总督的防守重点最初也集中在花马池一带。因为其地是蒙古部落入侵陕西三边的一个重要入口，所以有规定“三边总督于五六月间，亲临花马池调集延、宁奇游等兵赴平虏城等处并力防御”。
而嘉靖初期，吐鲁番势力扩展至嘉略关内，甘肃镇西部开始出现边患告急的情况。这一时期，甘肃镇因三面被包围的边防形势，己无暇支援河东边镇，陕西三边各镇也由统一协调转而专区自守。
自此之后，总制陕西三边就必须开始负责防御亦卜剌与吐鲁番的入侵，而甘肃镇自然也就由此成为防御的重点区域。
在陕西三边防御区域中，北方蒙古部落主要驻扎在河套地区，靠近延绥。其侵略路径主要是从延绥入宁夏，再由宁夏进甘肃边界。
就在高务实与宋应昌谈及这一话题之后，宋应昌叫人送来了《甘肃镇战守图略》。这是一套系统图略，不仅有现在的形势，还有过往历年的图示。
高务实认真看了看，发现从这套图略可知，嘉靖二十三年时，北虏由宁夏入甘肃镇的路径主要分为三路：
一是由宁夏镇靖虏卫芦塘湖入界，侵扰红城子堡、庄浪卫、镇羌驿堡等处；二是由宁夏贺兰山入界，侵扰凉州卫、古浪守御千户所、镇番卫等处；三是由亦集乃、兀鲁乃入界，侵扰镇夷所、高台所、肃州卫所等处。
在这三条入边路径中，由宁夏贺兰山入界的路径是嘉靖初期形成的，至嘉靖中期已成为北方蒙古部落南侵甘肃镇的主要路径之一。
成化十年，巡抚宁夏都御史徐廷章、镇守都督范瑾奏修河东边墙，形成了自黄沙嘴至花马池长达三百八十七里的长城。这道长城为抵御河套地区的蒙古部落南侵起到了重要作用，陕西三边暂时未有蒙古部落大举入侵。
直至弘治十四年，河套地区的蒙古部落由花马池拆墙南侵，抢掠固原、安会等处。河东边墙的毁坏，致使防御河套地区蒙古部落的屏障失守，陕西三边边患告急。
杨一清上任后，立即建议重修河东边墙。但因修边而造成军民困敝，人怨四起，并没有取得很好的修缮效果。第二年，杨一清称疾解官，花马池边墙重修一事也暂时告停。之后，河套地区的蒙古部落仍继续由花马池一带拆墙而入，侵扰固原等地。
至嘉靖元年，北方蒙古部落又毁坏圆山儿墩、石井儿墩等处边墙，侵扰范围南至泾州。此一时期，蒙古部落入河套境的路径基本是由花马池向南侵入，侵扰范围主要是宁夏、固原等地。
嘉靖七年后，贺兰山成为蒙古部落入境的新路径。当年正月十五日，蒙古部落从宁夏镇北关踏冰过黄河，沿贺兰山南行。
此时，位于贺兰山以南的甘肃镇成为危险区，镇守总兵官杭雄等在甘肃镇东部沿边的镇羌堡预备防守。但因杭雄轻敌，蒙古部落大掠庄浪、宁夏。
对此，总制三边尚书王琼称“套虏踏冰过河，由宁夏境贺兰山内入庄、凉始于此”。但其实早在八月，驻扎在偏头关外的蒙古部落，就已从贺兰山后踏冰过河，驻庄浪进行抢掠。