至于杀完之后的问题，岛津忠恒嘴上说赦免伊集院忠栋的家人，其实并非如此。他杀了伊集院忠栋后，又命人前往伊集院家宅邸，将伊集院忠栋的夫人吉利氏以及伊集院忠栋的次子小传次、三子三郎五郎、四子千次郎徙至伏见城东的东福寺囚禁。
这样做的目的很明显，是打算以吉利氏等人为人质，胁迫留守日向庄内领地的伊集院忠真就范。岛津忠恒还派人前往大隅富隈城，向岛津义久报告伊集院忠栋伏诛之事。
伊集院忠栋和石田三成私交甚好，又是丰臣政权安插在岛津家内的一颗棋子，在丰臣政权体制中好歹也算是一号人物，岛津忠恒擅自杀死伊集院忠栋，是有违当时法度的。石田三成虽然在佐和山城蛰居，但仍暗中操控京中的奉行众，所以他知道此事后尤为恼怒，派安宅秀安前往岛津宅邸责问岛津忠恒：
“幸侃尝承先太阁之宠命，犹公朝之臣，非唯岛津家之臣也。今不先请而诛之，君宜避舍以待罪。”
按照石田三成的授意，岛津忠恒被从宅邸带离，安置于长谷寺，后徙高尾寺，又徙神护寺。当然，岛津忠恒毕竟是国主大名，身份非同一般，奉行众也不能迳直对他作出处分，而是要等待德川家康等大老的裁决，所以只能先关押起来。但石田三成又怕岛津家有人来劫持，故而三徙其地，使外人搞不清楚岛津忠恒究竟关在哪里。
德川家康也对岛津忠恒擅杀伊集院忠栋一事非常关心，曾先后派井伊直政、伊奈忠次等得力手下前往探视岛津忠恒，了解事情经过细委。
这段时间里最紧张的当数岛津义弘，因为此刻天下大势未明，岛津忠恒又出了如此大事，岛津义弘生怕伊集院忠栋的党羽前来生事，只得命令岛津家宅邸闭门戒严，家中众人按照两军交战的模式，在宅院里拉开阵闱，安营布阵，日夜值守。
在岛津家的老巢萨摩大隅，富隈城的岛津义久也收到了岛津忠恒手刃伊集院忠栋的报告。据《岛津国史》、《庄内阵记》记载，岛津义久事先也知道并“同意诛杀伊集院忠栋”之事(不排除他的情况和义弘一样)，所以他特地提前离京回国，以制造“不在场证据”。
甚至老辣的岛津义久还反将一军，主动写信给石田三成：“幸侃被杀一事，不知是否出自三成殿的授意？愚以为，此事十分不妥，忠恒亦未曾与拙者等商议，实在是鲁莽之极。”
在信中，岛津义久不仅把自己的责任推得干干净净，还反过来询问“不知是否出自三成殿的授意”，估计石田三成看到这封信得气个七窍生烟。
调侃完了石田三成，岛津义久接下来就得着手处置伊集院忠真了。岛津义久一边派人到日向都城告知伊集院忠真，要求伊集院忠真到富隈城参见；一边调集兵马，命新纳忠元、北乡时久、颖娃久音、入来院重时等萨摩众封锁从日向都城前往大隅、萨摩的主要通道，对日向都城进行战略包围。
一边叫人家来，一边又不让人家来，岛津义久如此操作，显然是要把伊集院忠真逼到走投无路的境地，迫使其起兵反抗，然后就可以对其赶尽杀绝了。
伊集院忠真并不蠢，估计是看明白了岛津义久的意图。时至今日，他只能写信给岳父岛津义弘，诉说苦衷：“惊闻家父幸侃突遭处决，至于吾身应如何处置，亟待龙伯公示下。然而，眼下出入庄内诸路口均已封禁，时有士兵在各处放火，令人疑惑，无法理解。若能保证吾家家门延续，吾愿前往参见龙伯公，甘受任何处分。”
岛津义弘在回信中模糊其词，大谈空洞的道理，并许诺：“贵家领地知行之事，吾当尽力争取保全。请君尽早前往参见谢罪，若稍迟一步，只恐空余遗恨。”
在伊集院宗家如此生死存亡关键时刻，岛津义弘的许诺却只是“尽力争取”而已，这让伊集院忠真大失所望。
因为消息传递需要时间，高务实此刻还不清楚的是，伊集院忠真现在已经起兵了。
庆长四年四月，深感无路可走的伊集院忠真纠集家中一族、郎党，在日向庄内举兵。伊集院家在岛津家领地调整中获得八万石的领地，其门下的一众家臣也鸡犬升天，分享了巨大利益，这些家臣都对伊集院家形成了坚不可分的利益依附关系。
不难想象，如果伊集院家灭亡了，这些家臣从伊集院家那里分封来的领地都要还给岛津家，这谁受得了？所以，这些家臣都死心塌地地跟着伊集院忠真，和岛津家硬扛到底。
再说了，从伊集院家的角度来说，岛津忠恒手刃伊集院忠栋，确实是挺欺负人的。如今家主受辱，家臣为主报仇，也很符合武士的价值观。所以，伊集院忠真的部队其实士气很高，不可小觑。
既然举兵，接下来双方就只能兵戎相见了。以都城[注：都城是个名字，不是首都之城的意思。]为中心的日向国诸县郡庄内乡，从地理上看是一处盆地，被称为“庄内盆地”或“都城盆地”，历来是岛津氏御一家北乡氏的领地。
在岛津贵久、岛津义久父子平定日向的时期，为了防止伊东家南侵，北乡家以都城为中心，修建了恒吉城、梅北城、末吉城、梶山城、胜冈城、山之口城、小高城、志和池城、野野美谷城、山田城、安永城、财部城共十二座支城，分别扼守从外部进入庄内盆地的各处要害，建立了号称“庄内十二外城”的城堡防御体系。
在庄内领地易主之后，新来的伊集院家继承了这一防御体系，并且加固城墙、挖掘壕堀，不断强化防御。伊集院忠真起兵后，自然也是分派大将，前往十二外城驻守，防备岛津军攻至都城。
岛津义久见伊集院忠真已踏进设计好的陷阱，便发出集结军队的“阵触”，调集萨摩、大隅、日向(诸县郡)三国领主、地头、众中，出兵前往庄内集结会合。
参与此次出兵征讨庄内之乱的将领，有岛津丰久(日向佐土原领主)、岛津征久(大隅垂水领主)、岛津忠长(老中、萨摩坊津领主)、喜入久政(大隅永吉领主)、平田增宗(老中、萨摩吉田地头)、镰田政近(老中、萨摩揖宿地头)、比志岛国贞(老中、萨摩市来地头)、长寿院盛淳(老中、大隅蒲生地头)、北乡时久(萨摩祁答院地头)、新纳忠元(萨摩大口地头)、种子岛久时(萨摩知览地头)、入来院重时(萨摩汤之尾地头)、颖娃久音(萨摩谷山地头)、山田有荣(萨摩福山地头)、桂忠诠(大隅高山地头)、寺山久兼(大隅市成地头)、根占重政(大隅吉利地头)、柏原有国(大隅松山地头)、桦山久高(日向志布志地头)、上井里兼(日向小林地头)、敷根赖丰(日向野尻地头)等。