雖然政治保衛總局劃歸仲裁庭，但是馬甲認爲這種機構自己還是隻負責行政領導爲好，對具體的事務不宜插手太深。但是仲裁庭需要一個自己的調查部門，馬甲吸取了日本的檢察廳的概念，成立了仲裁庭調查部，馬甲授予他有獨立調查權。
而新成立的法律顧問辦公室並非僅僅是混喫等死類的“研究所”，馬甲賦予其的主要任務是立法――大量的立法。包括各種內部規章制度。穿越集團現在在這方面完全是空白，處理事情上是典型的“首長意志”的體現。
馬甲認爲這種狀態急需改變。事實證明，一套好得制度勝過最英明的領導――更何況最英明的領導往往會不知不覺被巨大的權力和威望俘虜，淪爲最恐怖的獨裁者。穿越集團的小團體性質使得權力更容易被集中，出現獨裁者的可能性愈來愈大。
必須在早期就把這種可能性扼殺在萌芽狀態。所以在這次組織機構調整中，法學俱樂部出謀劃策最多，大量的互相制約的手段都出自這個俱樂部。而領導們或者是真心擁護內部民主，或者是恐懼於在鬥爭中失敗的可怕下場，紛紛支持法學俱樂部的改組措施。
除了引入了9執委制度加強集體領導之外，新體制大幅度的降低了原先的人民委員會的地位。過去有一些人民委員，如農業人民委員、民政人民委員在事實上都是執委。而另外一些人民委員卻不是執委，這樣容易給人造成混淆，不可避免的引起了許多內部的紛爭。
現在人民委員被“一刀切”，統一不再是執委會的成員，級別上和過去的“部”一樣了。只是在地位上象徵性的略高於“部”一級。
機構調整也使得過去一些影響力特別大的委員會降低了，比如原先的農業委員會和民政委員會，現在都只是中央政務院下面的一個部門而已。不再有執委會的發言權。吳南海保留了他的農業人民委員的頭銜，卻被直接排擠出了執委會；鄔德雖然高升到9執委之一，當上了企劃院總裁這樣一個關鍵性的崗位，卻徹底的脫離了他最爲熟悉的民政人民委員會。
至於穿越集團的暴力機構，不管是軍隊、警察、情報、特務機構在這次調整中地位全部下降。不僅陸、海軍人民委員被完全排擠出了權力核心，軍政軍令分開體制進一步的降低了陸海軍人民委員的實際地位和權力。爲將來由文職人員出任陸海軍人民委員奠定了基礎。至於警察總局變成了中央政務院管轄的民事部門。政治保衛總局更是下降到仲裁庭的管轄之下。
政治保衛總局被劃歸仲裁庭，首先是不讓國務卿掌握太多的暴力機構資源；其次是降低政治保衛局的地位――直轄於執委會這個名分太大。
同理的是新組建的對外情報局，不僅明確它的職責是“對外”，避免其對集團內部事務插手，而且將其歸屬在中央政務院體制下。
最後調整形成的組織結構是這樣的：
由國務卿直接管轄的：民政委員會、農業委員會、衛生委員會、電信總公司、郵政交通委員會、電力公司、水務局、臨高建築總公司、宣傳部、教育部、商業部、宗教事務辦公室、黎區事務辦公室、警察總局、對外情報局。
由企劃院總裁管轄的即原來計委的管轄的部分，另外併入資源部、遠程勘探隊。
製造總監管轄：機械工業部、能源部、冶金部、輕工業部和科技部。
殖民及貿易長官管轄：外事部、外貿公司、駐外站、殖民事務部。
財政總監管轄：財政部、特別審計委員會、德隆銀行、稅務總署、海關總署、專賣局。
軍務總管管轄：總參謀部、後勤司令部、陸軍部、海軍部、訓練總監部、特偵隊司令部。
仲裁庭代表管轄：四個法庭、公證處、仲裁庭調查執行部、政治保衛局。
由執委會直轄的部門是：執委會辦公廳、大圖書館。
新的行政機構體制通過之後，鄔德提交了一份他的建議。即由企劃院牽頭，推行一種“元老軍政計劃提案制”。即每個元老都有權向企劃院提交自己的計劃方案。企劃院將對這些方案進行審議，可行的將列入企劃院的工作計劃中去。
“這個提案不是提交到全體大會上的那種。全體大會只討論政策性、方向性的大政方針。我說得是指具體的軍政方案” 鄔德在會議上解釋自己的方案，“比如一個元老可以提案我們立刻佔領香港島。”
但是不同於在全體大會上的提案，提交給企劃院的提案必須是一份詳細的可行性報告和計劃書。
“比如提案佔領香港島的，首先要闡述這個行動的意義，其次是要有一定的背景資料作爲支撐材料，最後是提出自己的方案，佔領香港大概需要穿越集團投入多少兵力和物資，如何應對明軍或者其他勢力的反撲……”
“老天，你這不是要讓提案人自己當參謀長啊。”鄔德說，“對有軍事背景的人來說還有可能性，對一般人怎麼可能！”
馬千矚卻連連點頭，表示支持：“我贊成這個方案，這樣可以提高元老們對軍政方針的參與度，免得他們覺得自己被排斥出決策之外。”
“但是這麼一來，勢必會造成許多根本行不通的方案吧，難道我們都要去執行？”
“呵呵，我倒想看看誰能把佔領香港的可行性報告寫得很完美……”文德嗣含蓄的說。
這種涉及軍政大計的提案需要大量的專業知識作爲基礎，還需要情報上的支持。一般人根本寫不了，就算勉強寫了，在專業人士面前也很容易被批駁。所以這個所謂的“提高元老的參政度”的方案不過是畫了個大餅。穿越衆們儘可以提自己的各種計劃和設想，充分滿足自己參與謀劃的慾望。就算最後被否決，也只能說是自己學藝不精，不專業的結果，不能抱怨執委會沒有給他們機會。
“要是誰真得能提出一個很好很完善的方案，我們也不妨加以實行。”鄔德說。
“這個提案很好，充分給了元老們參與制訂具體的軍政計劃的機會。”文德嗣指示說，“至於元老們是不是能積極的參與，這個需要我們進行引導和宣傳。”
鄔德的“元老軍政計劃提案制”被通過了，並且被列爲一項制度。事實上儘管每年都有大量的提案進入企劃院，通過得也不在少數，但是仔細研究的話就會發行能通過的提案大部分是無關痛癢的，真正夠得上重大軍政決策的少之又少。
但是這個制度極大的滿足了元老們參政的熱情，在一定程度上起了集思廣益的作用，又避免了被人指責爲獨裁――給了大家充分的機會，至於元老有沒有本事做到就要在自己身上找原因了。
最後，由馬千矚提出動議，就“定級定薪”進行討論。
事先蕭子山根據執委會的指示，已經在着手製訂一套幹部等級制度。他召集了穿越集團內部所有對人事制度和政治學有研究的元老們搞了一個內部網絡討論組。讓大家專門在業餘時間發揮自己的才幹――這倒不是穿越集團急需這些元老的工作，而是順便讓大家消磨時間，免得一天到晚琢磨自己的妹子是不是比執委會們難看。要知道對政治學研究較多的人煽動起羣衆來能量比較大。
這個小組要研究的幹部制度，不僅包括穿越衆，還有土著的幹部也要分出等級來。這裏就產生了一個分歧。在幹部等級和軍銜制度上要不要採用雙軌制，即穿越衆是一套制度，土著是另外一套制度。
一部分人認爲，爲了未出穿越衆的優勢，彰顯其不同的地位，穿越衆應該享有單獨的幹部等級體制。這個等級體制只對穿越衆開放，土著，即使是精英分子也不能進入。最有力的例子就是軍隊的軍銜問題：許多在陸軍服務的穿越衆至今不過是上尉，但是土著海軍上尉已經出了好幾個了。未來軍隊的規模愈來愈多，必然有更多的土著軍官，甚至是將領的出現，不把穿越衆單獨劃分出來就會不可避免的出現土著上司，穿越衆下級的問題。
儘管一小部分普世分子爭論說這沒什麼關係，指揮關係是指揮關係，土著官當得再大也是土著，不可能成爲元老，也無法享受元老的權利，不可能動搖穿越衆的統治基礎，還可以讓土著感受到穿越集團“唯纔是舉”的精神，更好的爲穿越集團賣命。但是多數元老還是覺得出現凌駕在穿越羣衆頭上的土著幹部是不可接受的。