不過此時宗教裁判所並無意，事實上也的確沒有權力對受審嫌疑人進行肉體殘害。對異端的標準懲罰是侮辱性的苦行，比如被迫去某一聖地朝聖，或在長袍上縫上一個“十”字。只要受罰之人矯正了罪愆，且做了適當的自我懲罰，恥辱便得到了洗刷，他們會重新被教會接納。只有在極少數情況下，即異端者拒絕承認他們的錯誤，或繼續堅持傳播異端邪說時，纔會將他們交由世俗政府進行司法審判和懲罰。
紀伯納（BernardoGui）是一名多明我會修士、宗教審判官。1307~1324年，經他判定的異端分子多達1000人，他還把自己的工作方法和經驗詳細記錄下來，集結成一本394頁的煌煌鉅著《審判異端指南》（TheConductofInquiryConcerningHereticalDepravity）。該書總共5章，前3章討論程序問題，比如審訊疑犯的程序以及怎樣組織法庭。第4章是對有關羅馬教皇告諭如何界定宗教裁判所權力的老調重彈。最後一章詳細闡述哪些行爲構成異端罪——至少在他看來是這樣。這本早期教會的暢銷書最有意思之處，在於教導宗教審判官如何向可疑的異端問訊。正如現代社會的知名律師所慣用的伎倆一樣，永遠不要讓證人掌握主動權。提出的問題應該儘可能地刁鑽古怪且佈滿陷阱，回答時稍有疏忽就可以給無辜的人貼上異端的標籤。
在此過程中關鍵是讓證人思維混亂、失去判斷，諸如“西班牙椅子”只是一種輔助，由此奠定了宗教審判所的基調。
到了1401年，也就是聖殿騎士團解散後70年，國際性的宗教審判所開始成型，刑訊和神判裁決也被廣泛應用了。
爲提高鎮壓效力，他們鼓勵民衆與當局合作，檢舉、揭發鄰居、友人、家庭成員中的可疑分子。一旦被告發，程序是一成不變的，無論證據看起來多麼荒誕不經，都會被宗教審判官仔細審查，以決定該證據是否充分到可以進行逮捕。爲了保證告密者不受公衆譴責，他們的名字和裁判所其他程序一樣，總是祕而不宣的。
當逮捕令發出後，一羣宗教審判官、牧師和全副武裝的士兵衝到疑犯家裏——通常是在深夜。若疑犯拒捕，那麼他們會把他結結實實地捆起來，當疑犯被關在宗教裁判所的地牢裏時，他們的財產會被沒收，對此，官方的說法是財產用來支付他們在監禁和審訊期間產生的費用。
因懼怕酷刑折磨，被告發的人當然情願招供，但是大多數情況下他們並不清楚自己因何被指控，因而不可能坦白或者進行自我辯護。在初審結束後，疑犯被拖進用黑色布幔圍得嚴嚴實實的地下室，在房間另一頭的桌子後端坐着一名宗教審判官、一名監察員、一位祕書。還有通身一襲黑袍、只露出兩隻眼睛的施刑人，肅然立於其旁的是衆多可怕的刑具。這些人都知道一個事實，而受刑人卻絲毫不知，即接下來的酷刑折磨將分爲5個不同的階段，首先，對疑犯進行口頭恫嚇，告知他將被施以酷刑。其次，向他展示刑具。第三，蒙上嫌犯的眼睛。第四，施行酷刑。最後再給他一次坦白的機會。如果此時他仍然堅持自己是清白的，那麼就對他無限制地反覆施行第4步和第5步，直到他或她認罪，或死掉。這一程序不分年齡、性別、社會地位，通用於所有人。施刑的種類與方式的選擇完全是隨機的，唯一的決定因素是審判官和監察員的情緒，以及手頭上可以利用的酷刑設施。在缺少精巧的刑具時，審判官非常樂於使用備用的古老刑具——鞭子和長繩。一個葡萄牙書記員的文字記錄了鞭笞在宗教裁判所是多麼普遍。
在1535年之前，西班牙在歐洲人眼中都是窮鄉僻壤，儘管哥倫布發現了新大陸的消息傳遍了“世界”，而且還帶回了大量安第斯文明的金銀，產生的收益依舊不能平衡航海的支出。
西科斯特斯四世教皇雖同意了西班牙建立宗教審判所，但他一直忙於教廷內鬥，無暇去管西班牙宗教審判所內發生了什麼。
西班牙的公職人員大多數出於城市平民，甚至包括農民，關於這一點，曾經統治過西班牙的法國波旁王朝非常清楚。
在他們的社會地位上升後，往往會聲稱自己是某個貴族的後裔，國王會把公共事務和司法事務交給這些介於貴族和平民的文士手裏。
這時他們過去的敵人最好期盼他們忙於工作或者嫉妒別人的工作更好，忘了自己的存在。不要寄希望於自己可以逃離西班牙，因爲宗教審判所的懲罰和追捕並不僅限於西班牙，它是國際性的，哪怕跑到新大陸都有可能被追捕。
我們可以這樣想象，一個窮學生，他和一大羣和他差不多出身的人，擠滿了巴塞羅那的大學，等待着“功成名遂”。在等待的過程中他心緒惡劣，不只是等待的過程太過漫長，還因爲中途不斷有人“插隊”，分到他理想中的位置。
但他必須要等，因爲這是他唯一的出路。當時西班牙的經濟情況非常糟糕，失業已經成爲全國性的苦難，已屆工作年齡的年輕人找不到任何工作，並且一旦從事體力勞動就意味着喪失地位，雖然在10世紀到14世紀時體力勞動者依舊被視爲光榮的職業，有些優秀的工人會獲得晉升成爲騎士。
終於，輪到他了，雖然老人們不肯離開，但那個時代受醫學水平限制和隨時可能爆發的傳染病威脅，人的普遍年齡不大。不過在這個更加龐大的隊伍裏，他排在隊伍的末端，如果他要往上走，那就要不斷努力，這樣他就忘了過去的“仇人”了。
倘若他是爲了復仇而渴望更多的權勢，那就是另一個故事了。
即便那個窮學生不是爲了野心和復仇，僅僅是爲了教士舒適的生活而進入這個隊伍，那也是有問題的。
新英格蘭並沒有宗教審判所，在塞勒姆對女巫們進行審判的是世俗法庭。其實在英國法律中有一個很出名的“人身保護法”，在任何時候，在國王的領地裏都能獲得一個“最高優先權”的令狀，這種令狀取代所有的程序。卷宗裏有不少案子，都是因爲這個人身保護狀，終止了對犯人的審訊。
爲了喫上並不存在的牛排，塞弗決定背叛墨菲斯和其他人，重新回到矩陣裏，過上他想要的生活。
他說，無知是一種福。
其實他可以選藍色的藥丸的，可惜他當時不想那麼無知，或者說不想享無知帶來的福。
難怪他會上電影的海報，成爲“四人組”之一，即便他看起來像是個普通船員，戲份還不如駕駛員多。
他確實不一般，當其他人看到特工都要逃跑的時候，他居然和特工面對面喫飯，還有人在餐廳裏演奏豎琴。
這才叫活着，“真實的世界”才更像是個噩夢。
世界末日，還有末日後的世界？不覺得那像是個荒謬的玩笑嗎？
他選擇了聰明的做法，因爲他是個聰明人，不像尼奧那個笨蛋拒絕合作。
至於“正確”與否，誰在乎呢？他只是厭倦了喝“稀粥”，想喫肉排，如此而已，還有凌駕於普通人的特權，雖然能突破矩陣的規則“飛翔”的感覺很不錯，但仔細均衡後，他發現這纔是他真正想要的，餐廳裏的一切纔是真實的。
外面有什麼呢？什麼都沒有，甚至包括希望，還不如回去呢。