陳炯明部在粵閩邊境滯留三個月，確已錯過了大好戰機。在此期間，其它戰場的形勢發生了很大變化。
在湘省，北軍陷岳陽，佔長沙，正向湘南推進。
在江西，陳光遠已調遣兵力，襲佔廣東南雄。
在閩省，不僅防禦準備日臻完善，而且浙江援軍已經入閩，軍事力量已得到較大加強。
總之，整個形勢對攻閩粵軍越來越不利。
到五月初，攻閩粵軍已擴充至三十營，約一萬二千人。在孫中山和粵軍將領的逼促下，陳炯明才下達進攻命令。
其第一階段作戰計劃是：許崇智第二支隊四個營爲左路，從蕉嶺向武平、上杭進攻，得手後，進規長廷連城；
陳炯明親自指揮第一、三、四支隊和預備隊爲中路，分兩路進攻，以第一支隊和預備隊共五營，從大埔進攻永定，得手後，進規龍巖，第三、四兩個支隊共六營，從饒平（今三饒）進攻柏嵩關以規平和；
右路則由參謀長鄧鏗指揮，包括第五支隊三營和遊擊二營，集中於澄海、黃岡（今饒平）以監視詔安、雲霄之敵。
粵軍指揮部設在三河壩。
五月十日，粵軍發動全面進攻。由於許崇智在民國元年曾任閩軍師長，較有聲望，戰前已運動駐武平的一個營和駐上杭的一個大隊倒戈附粵，故該路進展順利，當日即佔領武平，三日後佔領上杭。
因中路李炳榮第一支隊進攻永定受阻，許崇智當即派出二營增援，始克永定。中路第三、四支隊也順利攻佔柏嵩關。
這樣，閩軍第一道防線完全被突破，粵軍向閩省推進達五十公里，基本完成了第一階段作戰任務。
粵軍稍事休整後，即準備實行第二階段作戰計劃：
左路許崇智部分爲二支，一從上杭進攻連城、永安，規取沙縣；一取長廷清流、歸化（今明溪）、將樂、順昌，然後進佔延平；
中路李炳榮第一支隊和熊略預備隊分別進攻龍巖、南靖；羅紹雄、鄧本殷第三、四支隊進攻平和，攻取漳州；
右路洪兆麟第五支隊進攻雲霄、漳浦。
各路若進展順利，則繼續向縱深發展，夾擊福州。
不料部隊尚未行動，從浙江援閩的童葆暄第一師已抵前線，閩、浙軍隊聯合發起反攻，戰局急劇逆轉。
一九一八年五月二十日，北京政.府任命張懷芝爲援粵總司令，吳佩孚爲援粵副司令，調集北方各省軍隊組成援粵軍，擬分三路攻粵。
段祺瑞雄心勃勃，企圖一口拿下廣東。
但是，吳佩孚對任其爲援粵副司令一事不予理睬。張懷芝則在湘東作戰時嚇破了膽，已無攻粵的勇氣。各路援粵軍也相互觀望，遲遲不動。
只有東線李厚基，處在粵軍進攻正面，爲保住地盤，不得不拚力作戰。
五月底，童葆暄率浙軍第一師趕到前線後，北京政.府任命李厚基爲閩浙援粵軍總司令，童葆暄爲副司令。
以臧致平旅爲左路，擬突破詔安、黃岡粵軍陣地，進窺潮汕；童葆暄師爲中路，從平和進攻柏嵩關，然後進取斑陂，控扼韓江，威脅粵軍總指揮部所在地三河壩；
唐國謨旅爲右路，收攏被許崇智部擊散之潰兵，擬先取龍巖、上杭、永定，然後改取守勢，牽制粵軍左翼兵力。
閩浙聯軍投入反攻之總兵力約一萬五千人，基本企圖是左攻右守，首先進佔潮汕，同時襲取大埔、三河壩，將粵軍南北割裂，進而各個擊破。
此時，陳炯明與方聲濤之間已出現隔閡，滇軍隔岸觀火，消極怠戰。粵軍右路兵少力弱，餉彈不繼，在閩軍臧致平旅的反擊下，放棄黃岡，退守汕頭。
陳炯明急調許崇智之左路軍一部增援，企圖趁臧旅立足未穩之際，收復黃岡。不料閩軍右路又乘虛而入，攻佔永定，許崇智部退守巖前；粵軍中路防線也被浙軍突破。
激戰日餘，粵軍在初期攻取的閩西南要地又全部喪失。接着，閩軍左翼前鋒深入到汕頭一帶，其中路已突破峯市，進逼大埔。粵軍被動挨打，形勢岌岌可危。
此時，陳炯明此時對北洋政.府已有“內附之意”。一面消極防禦，節節退守，一面暗向北軍傳遞函電，以示妥協。
但是，這時北軍在軍事上迭獲勝利，氣焰正盛，對陳炯明“內附”之表示置之不理，擬乘其鬥志動搖之機，“一擊破之”。於是閩浙軍隊繼續窮追猛打，並以主力從左翼楔入粵境，於七月十八日攻佔大埔，威脅粵軍總指揮部駐地三河壩。
在此危急時刻，孫中山再次寫信給陳炯明，向其分析敵我形勢後指出：“兄身當敵衝，後援難恃，強敵在前，所部又餉械俱乏，處此局勢，萬難操全勝之算，若審慎求全，則我之兵力有限，敵之增援無窮。爲兄今日計，惟有奮力前進，冒險求勝，規取閩中”。
孫中山一面反覆勸導陳炯明，一面派廣東軍政.府參謀部長呂公望（原浙江督軍），赴前線策動浙軍倒戈起義，分化瓦解北軍。
陳炯明見“內附”之意不被北軍理睬，當面敵軍又步步進逼，不得不重新組織兵力，從軍事上尋找出路。
七月二十三日，他將右路之洪兆麟支隊調至中路，增強三河壩一線防禦力量。八月初，陳炯明集中中路粵軍反攻大埔，以一部兵力從正面仰攻，分兵一部由漳溪下游攻敵側背。經兩晝夜激戰，閩軍不支，棄城潰逃。這時，駐守饒平的浙軍第一團團長陳肇英，在呂公望等人的策動下率部起義，成立“援閩浙軍”總司令部。
浙軍師長童葆暄倉皇率部撤離前線，退往廈門。粵軍乘勢全線反攻，右翼鄧鏗部連克詔安、雲霄、漳浦等城，直逼漳州。左翼許崇智部乘勢向閩西進攻，連佔武平、上杭、龍巖等地，與主力部隊會攻漳州。
八月三十一日，粵軍攻克漳州，繼而向廈門推進。李厚基驚慌失措，逃回福州。
九月十二日，李致電段政.府，報告閩軍處境危急，請辭閩浙援粵軍總司令職。
段政.府一面電令李厚基堅守待援，一面急調北軍從三路援閩：贛省抽調軍隊開赴上杭，浙省增派軍隊馳往廈門，海軍派艦隊進入廈門海面。