這期間，孫中山的處境是很艱難的。在南北戰爭其間，列強駐中國的外交團曾和中國的南北政.府訂有協定，將各省關稅餘款百分之十三交付軍政.府。當孫此番再接收軍政.府後，外交團提出軍政.府權力只及廣東一省，不能代表西南，停止這筆撥款。
軍政.府外交部長伍廷芳曾屢次向駐粵領事團提出抗議，最後一次聲稱如果不履行協定，軍政.府將接收海關以資報復。列強並不買帳，出動了大批炮艦駛白鵝潭示威。
看到北京方面有徐世昌這個總統，比廣州政.府在國際上各方面都叫得響，孫中山認爲南方也必須成立一個名正言順的政.府。
前邊提到過，很長時間了，孫中山就想有把廣州的軍政.府正式化，正式之途徑就是選舉總統，改變四不像的總裁制。
只是，這個計劃一開始就遭到西南各省的反對。理由是西南各省已樹自治旗幟，“護法”二字已經不足以號召，何況舊國會議員在廣東的，僅二百餘人，也距離選舉總統的法定人數甚遠。
廣東的實力派人士陳炯明，內心是傾向聯省自治的，只是不便公開提出反對意見。而陳炯明部下葉舉、洪兆麟等人則反應強烈，公開反對選舉總統，甚至以軍隊不穩相要挾。
將桂系趕出廣東後，孫中山極力主張乘勝追擊奪取廣西，把桂系從西南清除。選舉總統不成孫中山退而求其次，打算在主席總裁的名義上加一個“大元帥”頭銜，由他自己帶兵去打廣西。對此，陳炯明同樣不贊成，他的意見是應首先鞏固廣東省自治，再徐圖團結西南，共抗直系。
孫中山曾和陳炯明懇切密談，勸陳認清環境，眼光放遠，以一個人作比喻，如果心肝五臟都已潰爛，則四肢怎會完好？一個國家如果糜爛，廣東一隅豈能保全？至於保境則需依賴軍隊，養兵以保境則財困民疲，所謂息民豈不是空談。息民做不到更遑論建設？不能建設，廣東一省如何進步？不能進步則是固步自封。所以今天大家應該把眼光放遠。從大處着想，皮之不存，毛將焉附！
對於孫中山，陳炯明有他的看法，如他對唐繼堯所說：“中山只是一個大炮”。有了這樣的觀念，孫縱有再多的金玉良言陳也很難聽得進去。
孫中山對陳炯明不合作不聽命的態度，非常忿怒，忍無可忍，打算削減其軍權，或是免除其省長兼職，使其不能繼續掌握財權（當時財權在財政廳，受省長管轄，財政總長則有職而無權）。或者解除其陸軍總長兼職而以唐繼堯繼任，但汪兆銘等勸孫中山投鼠忌器，怕鬧得下不了臺反而撕破了臉。
孫中山在一九二一年元旦慶典上，在對軍政.府同仁訓話時，表示護法不能解決問題，希望國會在廣東組織政.府，對國際間明白昭示，必需北伐以統一中國。因爲北京政.府既不合法，又不孚民望。
孫的主張傳出後，海外華僑、社會賢達、國民黨支部都紛紛電請孫，從速組織選舉總統。
這時，北京政.府在國際間強調南方已沒有軍政.府，全國已經統一，因此向四國銀行團洽商大借款。
孫中山認爲時機迫切，亟應把握時間，免得國際間真的進一步和北京政.府連成一氣，北伐大業就更加困難。便於一九二一年四月四日，宴請在廣州的國會議員，正式要求國會從速選舉總統，如果國會不肯同意，他就一走了之。
前邊也提到過，對於選舉總統，唐繼堯在雲南時是不贊成的，到了廣東後由反對派變成了贊成派。於是七位總裁中，現在已有四位總裁站在同一陣線上，孫的選舉總統主張就很容易實現了。
四月十日，廣州非常國會依大綱第二條選舉大總統，除廢票一張和投陳炯明的三票外，孫中山以二百一八票當選非常大總統。
同日非常國會通告全國，孫中山當選爲非常大總統：“外交迫切，內亂迭起，北京政.府已自承認非法，取消其僞政.府資格，中華民國對內對外，皆不可不成立正式政.府，特於本日在廣州開國會非常會議，議決中華民國政.府組織大綱，並依大綱第二條條文，大總統由國會非常會議選舉之，以得過投票總數之半者爲當選，於本日選出孫文爲中華民國大總統，特此奉聞。”
民國十年五月五日，孫中山在廣州就任非常大總統，宣佈軍政.府撤銷。廣州市民數十萬人，舉行盛大而熱烈的慶祝會。
上午八時由國會議長林森持國會當選證書赴總統府向孫呈遞，九時半在國會禮場舉行授印典禮，由林森議長擔任主席。
孫宣誓後，議長林森以大總統印綬付予孫，然後向孫致詞：
“改轍易軌，爲求治常經，達變通權，尤匡時急務。同人等鑑於軍政.府之組織，權責不專，遇事瞻顧，至大亂未平，而國本先渙，乃謀徹底之改造制定中華民國組織大綱，選公爲大總統，畀以戡亂建設之全權，期早統一民國，再造共和；妥協邦交，實成法治。謀社會幸福，靳永久和平。民國前途，胥公是賴。公其宣達民意，尊重民權，黽勉仔肩，以無負國民重託，斯則同人等所以代表民國而殷殷深致其屬望者也。今者受職伊始，謹致中華民國大總統印綬，俾公發號施令，資爲符信，公其勉旃！”
孫中山就任非常大總統，即發表對內對外宣言。
對內宣言：“文受國會付託之重，膺中華民國大總統之選，茲當就職，謹布所懷，以告國人。……文既爲致力創造民國之人，國會代表民意，復責文以戡亂圖治，大義所在，其何敢辭。竊維破壞建設，其事非有後先，政制不良，則政治無術。集權專制，爲自滿清以來之秕政，今欲解決中央與地方永久之糾紛，惟有使各省人民完成自治，自定省憲，自選省長，中央分權於各省，各省分權於各縣，庶幾既分之民國，復以自治主義相結合，以歸於統一，不必窮兵黷武，徒苦吾民。至於重要經濟事業，則由中央積極擔任，發展實業，保護平民。對於外交，由中央負責，根據民意，講信修睦，維持國際平等地位，保障遠東永久和平。”
對外宣言：“自一九一七年六月，非法解散國會，北京已無合法政.府存在，國會爲全國各省各區惟一合法代表機關，因是組織政.府，舉文爲中華民國大總統。文爲建設民國之人，不能坐視民國危急之秋，自惜其力，不加援手。今決意殫竭能力，忠誠奉職，俾我國民，鹹獲滿意焉。……文之第一職務，在統一民國各省各區，置諸進步修明之政.府管理之下，尊重列強依條約及成例，正當取得之合法權利。全國最大之資源，悉予開發，抱開放門戶主義，歡迎外國之資本及技術。”