一九二二年六月十五日深夜，粵軍高級將領在鄭仙祠召開緊急會議，決定發動軍事政變，驅逐南方政.府大總統下臺。
有史料記載：在這危急關頭，“陳炯明在惠州派祕書陳猛蓀持他的親筆信勸止葉舉，……信大意說南方政.府出兵北伐如果能勝固好，如其失敗，他以陸軍部長身份暫將部隊調返東江訓練，做充分準備，到時仍可收拾殘局。陳猛蓀持信送到鄭仙祠。葉舉閱後，當着陳猛蓀的面將信擲落地上，說陳炯明不知軍事，還說:回東江哪裏找喫的？叫陳猛蓀回報陳炯明，事情已不容不發……陳炯明怒不可遏地把茶盅也打碎了”。
國民黨主政後的正史，都認定這次叛亂是陳炯明策動的。軍事政變是發生了，也是陳的部屬所爲，但說這次軍事政變是陳炯明策動的，可能有待覈實。
陳炯明固然是個人品極佳，威信很高的人，他身邊從不缺少死忠之士，可也有控制不了局勢的時候。
一九二二年六月十六日凌晨，葉舉開始行動。但他並不想置南方政.府大總統於死地，只想將其逐出廣東，所以在開炮前讓人打電話給其透露了消息，讓他趕快離開。
很多資料在描寫南方政.府大總統逃離總統府時有多兇險和機智，很可能有誇大的成分。
這些人在舉事時提出的要求，也正是前面蔡元培等人所提出，請南方政.府大總統兌現他與徐世昌一齊下臺的諾言。
南方政.府大總統離府後，粵軍圍攻，要求守軍投降不遂，而開“土炮三響嚇之”。??南方政.府大總統登上軍艦後，南方海軍宣佈和軍事政變軍開戰。
在江西前線北伐的各軍，從六月二十日後，就不斷接獲南方政.府大總統蒙難的消息。
二十三日接南雄電，知對方翁式亮、楊坤如部已經佔領韶關，追擊大本營的人員，胡漢民已離韶關。
前線總部召開軍事會議，會中有兩種主張：其一主張仍繼續前進，先克南昌、九江，再行應付粵事；其二主張立即回粵，助孫平亂。
二十七日，胡漢民馳至贛州，報告廣州變亂情形，軍心爲之激憤。
當晚再開會議，許崇智、李福林、朱培德即決議回師討賊。議定以粵軍第二軍、滇軍（朱培德部）、福軍（李福林部）及粵軍第一師（梁鴻楷）回粵，分由大庾，信豐向粵境南雄前進。
其他各軍則暫駐贛境，病中的李烈鈞留守贛南。
不料，回師行動一開始，粵軍第一師梁鴻楷抵達信豐後，竟不依照原訂計劃，連夜向三南方面退入連平，潛歸惠州，與陳炯明會合。
第一師是鄧鏗所手創，北伐入贛後和許崇智等部共同作戰，戰功卓著，是一直勁旅。這支部隊忠於鄧鏗，也忠於陳炯明。
梁鴻楷反水後，胡漢民主張尾追，先肅清東江。
因已約定滇軍爲右翼，許軍與福軍擔當正面合攻韶關，許崇智則主張徑向韶關回師。認爲經東江至廣州路遠，孫被困兵艦上應急赴援爲宜。如果去追梁軍，福軍獨任回師之責恐力不能勝。而滇軍因不知內情，容易形成猜疑。
胡漢民同意了許崇智的主張，於是繼續向韶關進兵。
七月二日北伐軍許崇智、李福林、朱培德、黃大偉諸部皆入粵境，自南雄、始興直指韶關。
（一）以滇軍朱培德全部由江口渡河經仁化向韶關進攻。
（二）以李福林全部沿河左岸，經周田大橋、長壩、黃浪水向韶關進攻。
（三）以第二軍之許濟、孫本戎、謝宣威等由火山、大塘方面向韶關進攻。
其他部隊爲預備隊，另以第九旅黃國華部由三南方面攻翁源。
出師時同立誓約：“三軍一致，誓同生死，擁護孫大總統，平定粵省之亂，如有異心，天誅地滅。”
許崇智自南雄馳電給孫：“陳逆叛變，圍攻公府，令人切齒痛恨。北伐各軍業已集中南雄，指日進攻韶關，誓必討平叛逆。朱培德總.司.令所部滇軍尤爲奮勇，業已開拔前進，想叛軍不足當其一擊也。”
許崇智電報到孫手中時，海軍方面卻又有不穩的消息。
民國十一年七月九日，先頭部隊與陳軍開始接觸，展開激戰。
陳軍自佔領韶關後，前進部隊僅至大橋爲止。以韶關及芙蓉山，帽子峯及河東蓮花山一帶高山之險要形勢爲防線，修築堅固工事，佈滿鐵絲網，以抗回師的北伐軍。
雙方接戰後，右翼滇軍佔領白虎坳、黃岡嶺、雞公嶺等要地，迫近韶關外之帽子峯；中路李福林部迫近流塘、下長壩一帶，向高地之陳軍施行攻擊；左翼許崇智部孫旅迫近東錫窟前背一帶。
許崇智部第九旅黃國華及何梓林兩部，連佔魯溪、壩子圩等處，十九日佔領獅子嶺及翁源城。
陳軍方面急調援軍支持，因有粵漢路運輸之便，增授迅速，而北伐軍則水陸交通均形不便，翁源失守。二十日，許軍張民達部經過苦戰，再度收復翁源，但又失守。
二十四日，黃大偉部集中始興，到達翁源前線，三度攻克翁源。
火山方面戰事亦極激烈，北伐軍久戰疲勞，前線頗有動搖之勢，許崇智親自進駐火山。二十四日，北伐軍猛烈攻擊，大破陳軍，陳軍全線向大塘韶關方面總退卻。北伐軍乘勢追擊。
二十七日許崇智部左翼進佔蓮花山陣地向韶關車站猛攻，陸旅向馬壩方面進攻，另一支進佔大塘、羌在街之線。湘軍第七混成旅旅長陳嘉祐馳援，助攻陳軍。
正當回師的北伐軍節節勝利時，由贛返粵的原屬第一師梁鴻楷部陳修爵團，突然陣前倒戈，由馬壩向北伐軍左翼陸旅進攻。
陸旅久戰兵疲，不能支持，首先退卻，於是牽動全線。各部遂總退卻。
二十九日，韶關方面北伐軍失利後，翁源方面亦被陳軍擊破，全線搖動。
湘軍陳嘉祐所部三旅，一旅在火山，其餘兩旅在周田、仁化。尚未加入陣線，亦連帶退卻。
七月三十日，各軍退至始興縣屬之江口，才收容部隊，重加整頓。陳軍已追擊至長岡、水南、水口等處。北伐軍獲知翁源方面亦告失敗，於是自江口退卻。
八月三日，退至贛邊的南雄。
第九旅黃部退至虔南、贛軍賴世璜部退至信豐、李明揚部退大庾、李福林部一支退仁化，一支退南雄。
滇軍朱培德部、湘軍陳嘉祐部因爲河川阻隔退南雄不易，向湘桂邊境退卻。