他爲徐氏校刊了《紹興先正遺書》中的四部書，《重訂周易小義》、《羣書拾補初編》、《羣書拾補補遺》、《重論文齋筆錄》以及《鑄學齋叢書》等若干書着。這期間，他的讀書已“漸從泛覽百家進入學有歸旨”的境界。
如他自己所說：“治經便於故訓及大意。治史偏於儒林文苑諸傳。藝文志及其他關係文化風俗之記載。”
值得注意的是，這期間他受到常州學派今文經學家的影響很大。有段時間，他“讀莊方耕氏、劉申受氏、宋於庭氏諸家之書，乃致力於《公羊春秋》，而佐之以《太史公書》。油油然寢窺於其間”。
經學是指中國古代研究儒家經典學說並闡明其含義的學問。
今文經學一般是指經學中研究今文經籍的學派。今文經，是指西漢學者用當時通行的隸書傳授的儒家經典。
今文經學的常州學派，則是指清代乾隆、嘉慶年間出現的，以莊存與、莊述祖、莊綬甲、劉逢祿和宋翔鳳爲代表的，研究《春秋公羊傳》的今文經學派。
特別是莊存與、劉逢祿和宋翔鳳，是常州學派一脈相傳的中堅人物。並且，他們的研究已經有了時代元素，所謂“常以微言大意比附現實。初啓後來經世致用的端緒”。
莊存與（1719—1788），字方耕，號養恬，江南武進（屬常州）人。幼誦六經，尤長於《書經》，乾隆十年（1745年）中乙丑科一甲第二名進士（榜眼），授編修，遷內閣學士。入值南書房及上書房。乾隆二十一年，督直隸學政。官至禮部左侍郎。
性格耿直清廉，在浙江督考時，巡撫送他金子他並沒有接受，後來巡撫給了他一個二品官員（侍郎是二品）的頂戴，他接受了。
等到了路上，隨從對他說“那帽子頂上的可是真珊瑚，可值一千兩金子。”
莊存與大怒，說：“你爲什麼不早說”。
於是，奔馳千餘里將帽子歸還。
他當講官的一天，皇上親自駕臨文華殿，講習（主要是經史）完畢，同朝爲官的人正在等待皇上起身離開。
“公（莊存與）忽然奏告皇上說講的文章有錯誤”，說臣的意思是不能這麼講。於是，捧着書本近前講解。同朝爲官的人大驚，皇上爲此停留了一會並對他的講解點頭認同。
莊存與爲今文經學常州學派首創者。
劉逢祿（1776-1829），是清代經學家，字申受，號申甫，又號思誤居士，江蘇武進人。年十八，補博士弟子員。年三十二，舉順天鄉試。嘉慶十九年成進士，改翰林院庶吉士，散館，授禮部主事。道光四年，補儀制司主事。於禮部十餘年未遷。卒於官。逢祿祖綸，官至大學士。
莊存與是他的外祖父，對他影響極大。
着有《尚書今古文集解》三○卷、《書序述聞》一卷、《左氏春秋考證》二卷、《公羊春秋何氏解詁箋》一卷、《春秋公羊經何氏釋例》一○卷《後錄》六卷、《穀梁廢疾申何》二卷、《論語述何》二卷、《四書是訓》一五卷、《箴膏肓評》一卷、《發墨守評》、《詩聲衍》無卷數、《劉禮部集》一二卷，俱行於世。又有《易虞氏變動表》、《六爻發揮旁通表》、《卦象陰陽大義》、《虞氏易言補》各一卷、《庚申大禮記注長編》一二卷、《春闈雜錄》一卷、《東陵勘地圖說》一卷、《石渠禮論》一卷，等等。
宋翔鳳也深諳考據學，着作還有《論語鄭注》10卷、《大學古義說》2卷、《孟子趙注補正》6卷、《孟子劉熙注》1卷、《四書釋地辨證》2卷、《卦氣解》1卷、《尚書說》1卷、《尚書譜》1卷、《爾雅釋服》1卷、《小爾雅訓纂》6卷、《五經要義》1卷、《五經通義》1卷、《過庭錄》16卷以及《論語發微》、《經問》、《樸學齋札記》等。其中《過庭錄》一書，是其考據學的代表作，在晚清經學扎記諸書中成就較高。
清代今文經學派。因創始人莊存與﹑劉逢祿都是常州人，故名。最初根據今文《公羊》經說，故亦稱“公羊學派“。
鴉片戰爭前後，龔自珍﹑魏源以《公羊》經義，發揮政見，抨擊封建專制制度的腐朽。光緒年間，廖平分析經學，詳論漢今古文學的歧異，以爲古學系僞造，今學乃孔子自創新制。後來康有爲利用今文“託古改制“，作爲戊戌變法的理論依據。
此時蔡元培對今文經學興趣濃厚。甚至發願要編輯《公羊春秋大義》。這對於他後來積極投身於社會變革潮流，有着必然的關聯。
在徐家伴讀和讀書的同時，蔡元培與山陰龍山書院。會稽稽山書院均有一定的聯繫。他在書院中偶爾寫寫八股文。按說八股文引經據典必須取自“四書五經”，但蔡元培這是候寫的八股文卻大相徑庭。“以古書中通假之字易常字，以古書中奇特之句易常調”。例如他喜歡王引之《經傳釋詞》上的古字和俞樾的《古書疑義舉例》上的古句與求文章的奇僻古奧。使得常人幾乎難以讀通。
如他自己所說：“我有一時做八股文，很喜歡用《經傳釋詞》的古字，《古書疑義舉例》的古句。好像同人開玩笑一樣。”
開始他可能是在開玩笑，沒想到山陰龍山書院和會稽稽山書院的兩位院長錢篪仙和王止軒，對此卻十分欣賞和推崇。有首創精神的蔡元培在此基礎上又不斷髮揚光大，竟創造出他的獨門絕技——被大家稱做的“怪八股”。
他後來就用這種怪異風格的文章，參加了後來的幾次科考，被大家當作趣談。
再者，他在此期間還結交了許多知交好友，如精熟清代先人掌故的王左，爲人豪爽而又善寫桐城派古文的朱茀卿，習武能文魏彧等人。
一般年齡相若的朋友薛炳，馬用錫等，也時常來此讀書和談天說地。青年書生聚在一起，壯志雄心，相約編撰大部頭書籍，諸如《二十四史索引》、《經籍纂詁補正》等等。但年輕的人們多半做事虎頭蛇尾，最後都不了了之。