好容易辦起《學風》雜誌不得不停辦，蔡元培等人的旅歐生活也籠罩在戰爭的陰雲之下，受衝擊最大的是留法儉學生。
戰火愈燃愈烈，戰爭使法國的郵電，交通遭嚴重破壞，國內匯款時常中斷。大部分留法儉學生由於“戰禍”“經濟”“學校停課”等原因，主張中斷學業歸國。
蔡元培大力勸說大家不要回去，在旅法學界發佈了《吾儕何故而欲歸國乎》一文。
他在文章裏說，這個時候回國，“殆發於一時之感情，而決非深思熟慮而出之者”。勸說大家不要因一時的感情衝動而回國，從而失去觀察歐戰和求學的機會。
他說：“夫多見多聞，欠於上智；觀賾觀智，乃知天下。此次戰局，爲百年來所未有，不特影響所及，人權之消長，學說之抑揚，於世界文明中必留一莫大之紀念，而且社會之組織，民族之心理，其緣此戰禍而呈種種之變態者，皆足以新吾人蹈常習故之耳目，而資其研究。故使吾人稍稍蓄好奇之心，有濟勝之具，雖在閭里，猶將挾策裹糧，爲泰西之遊，而乃不先不後，會逢其適者，反謀引避，是何故耶？”
蔡元培勸說哪些想回中國的人：我們大家出來不是爲了長見識嗎？這不正是千載難逢的機會：其一，這是見證世界大事件進程的好機會，可以增長中國人的見識；其二，恰好可以藉機觀察歐洲先進國家組織動員國民應對變亂的方式。可以學習的東西太多了，怎麼能回去呢？
國勢的衰微，富於責任感的蔡元培，確實是太渴望從世界學到一切能對民族和國家有益的先進學問和知識了，其情感人，其言也很能打動人。
爲了救助和幫助這些留法儉學生，蔡元培，李石曾等人爲此組織旅法學界西南維持會。規勸這些人在事關“學問及進退者甚大”的歸國問題下，“審慎而熟慮之”，同時安排學生到西南尚未停課的學校學習。由維持會代向中國駐法使館借款或向法國學校申請緩交學費。併發放每人每月70法郎的生活費。終使留法學生情緒穩定，繼續學習。
進入9月，德軍迫進巴黎，法國政府遷往西南沿海城市波爾多。蔡元培，李石曾等人也於9月中旬舉家避往法國西部鄉間的謨觴村。
這是個人口不足千人的村莊，交通極不方便。大家都很沮喪，但蔡元培竟興致勃勃地去考察附近的學校，和日本及我國的的同類學校相比較。足見無論何時，辦學和教育在他心裏有多重要。
半個月後，他們又遷至附近的一個小鎮聖多耐，蔡元培一家人住在一家帽店樓上。房東是相依爲命的母女，她們對素不相識的中國人的友好情義，一直駐留在蔡元培一家人的心底。不久，蔡元培等人又又移居法國南部城市都魯爾，這時他們的生活才基本上安定下來。
在戰亂和頻繁的遷徙之中，蔡元培一直堅持編著工作，其重要著作《哲學大綱》，就是在這段時間完成的。
《哲學大綱》連同蔡元培的另一部著作《簡易哲學綱要》，主要是依據李希脫爾、泡爾生、馮特、文德爾班等四位哲學大師的有關著作編寫的，但其中也不乏他的學習體會和獨立見解。
《哲學大綱》分通論、本體論、認識論、價值論四個部分。通論中闡述了哲學之定義、哲學與科學之關係、哲學與宗教、哲學之部類等問題。蔡元培認爲“哲學爲全體知識之學也，是學問中最高之一境”。哲學爲一種“普遍之科學，哲學與科學互爲因果，而又自有其領域。哲學分爲系統之學與律貫之學，而系統之學又有論理學與認識論之分，律貫之學又有特別哲學與普通哲學之分”。
蔡元培說：“哲學之認識同倫理之認識，對於真理或非真理所作正確之判斷是也。認識分之爲主觀之認識、實現世界之認識、本體世界之認識，爲其對象不同而性質亦有不同也。奉體論論述了何爲本體論及世界之實在及性質幾個問題。”
他對唯物論、實質唯識論、二元論一元論部分則分別作了說明。
關於世界“全體之實在及性質，則又舉無神論、泛神論及有神論”三者予以闡明。
價值篇一編，他說“價值即意識懸一種之鵠的而欲有以達之。後則分道德、宗教思想、美學觀念敘述之”。
關於哲學方面，蔡元培還有《怎樣研究哲學》、《哲學要領》、《妖怪學講義》等一系列的文章和著作。
他所以如此重視哲學問題，是因爲在他看來，宋代以後，中國的哲學便趨於僵化了，到了清代，幾乎無哲學思辨可言。這種學術狀況，是導致近代中國全面落後的要因之一。欲救此弊，便應當大力學習西方先進的學術成果，創造中西合璧的新文化。因此，大力向國人介紹西洋的哲學就成爲當務之急。
1915年春，日本向中國提出的“二十一條”披露於報端，留法學界聞悉羣情激憤，汪精衛、李石曾、譚熙鴻等紛紛來到蔡元培的住處，共商對策。蔡元培依據大家議論的意見，草擬《華人禦侮會會章》七條。
所擬條文倒是簡明扼要，其主要內容爲：
（一）、本會以憑籍己力（不倚賴政府，不倚賴軍隊）、濟度同胞、排除外侮爲宗旨。
（二）、本會會員應盡之普通責任：1、鍛鍊體魄；2、瞭解並自備適當之武器，如匕首、炸彈、手槍、毒物等；3、養成抑強扶弱之習慣；4、力持可殺不可辱之氣節；5、見敵人侮我同胞者擊之，事變如有株連，則挺身任之；6、不購敵人貨物（書報及武器例外），7、不乘敵人船舶；8、不與敵人之銀行交易，亦不用其鈔票；9、不租屋給敵人；10、不售地產給敵人；11、不服役於敵人；12、華人有犯，竭力勸止之；13、有華人助敵而侮我同胞者，誅之。
（三）、本會會員得量力以盡之特別責任：1、入敵境而偵探之；2、入敵境而以相當之手段破壞敵侮我之陰謀及武器。
（四）、本會勸導同胞之種種設備：1、印刷品；2、公開或祕密的演講會。
（五）、本會爲會員盡責提供各種便利條件，如採運廉價貨物，增設交通機關；收購地產，介紹職業；製備各種武器等。