他在講話中，分三個階段對北大走過來這24年，進行了回顧與總結。
第一階段是自開辦到民國元年，指出在這十餘年間，學校歷經波折，其體制主要是模仿日本。開辦之初，北京環境多爲頑固派所包圍，辦學的人“不敢過違社會上的傾向”，辦學方針實行“中學爲體，西學爲用”。
教者也好，學者也好，大都偏重於舊學，西學方面不易請到好的教習，學的人也不是很熱心，學西學很有些裝璜門面的樣子。
在蔡元培看來，這一時期，中學方面參用書院的舊法，錄取有根底的學生，在教習的指導下，專研一門，倒是很有些研究院的性質。
第二階段是民國元年到民國六年，“校長和學長率多爲西洋留學生，加之國體初更，百事務新，大有完全棄舊之概。教員學生在自修室休息室等地方，私人談話也以口說西話爲漂亮”，中學退到了裝飾品的地位。
但是，對這一時期，蔡元培稱當時的提倡西學，也還是“販賣”的狀況。
第三階段自民國六年到他講話的當時，校內提倡研究學理的風氣，力求以專門學者爲學校的主體，在課程方面也是努力謀求貫通中西。即如西洋發明的科學，固然要用西洋的方法來實驗，就是中國固有的學問，也要用科學的方法加以整理。
他的講話，以中西學術文化在北大的消長和融合爲主線，對北大各個時期的歷史和特點，進行了形象的概述，也客觀陳述了他自己主政北大六年來的變化。
這麼多年過去了，現在回過頭來看這個總結，總體來說，還是能經得起歷史的考驗的。
從這個講話中，也能看出當時的蔡元培對北大前景，還是有所期待的。所謂，通過歷史回顧，讓大家看到成績，看到進步，鼓勵大家在困難的時候看到光明，建立起克服困難的決心。
但是，事過不久，蔡元培的思想便發生了變化。
在蔡元培發表這個講話前的一個月，發生了前面詳細介紹過的“羅文幹案”。
大家都知道羅文幹，是所謂“好人政.府”王寵惠內閣的財政總長。但是，他還有個身份，是北大的兼職教員。
前面提到，因爲直系所謂的“法統重光”，曾經在留學回國之初，發誓20年不談政治的胡適，寫了《我們的政治主張》一文。??後來在蔡元培等人的贊同和支持下，此文以宣言形式，由一些名流聯名發表，這簽名的，就有羅文幹。
此案雖然一開始，就是衆議院的一些別有用心之人的陰謀，但由於案情容易給人造成誤解涉及的問題也很敏感，容易讓人產生聯想。儘管在案子中，總統黎元洪被人利用，但內閣也是有毛病的，包括羅文幹本人，也不是沒有錯處。
在案子的第一階段，羅文幹雖然受到了非法對待，但畢竟沒有什麼人身傷害，很快也爲羅文乾洗清了污點。做爲羅文乾的朋友，深知其爲人和品行的蔡元培，無論如何，這結果還是可以接受的。
但接下來的事情就讓人無法忍受了。
事情本來已經搞清，因爲實權派曹錕要借題發揮，竟顛倒黑白，閉着眼睛羅織罪名。當時，候任教育總長的彭允彝竟獻計對“羅文幹案”複議，致使羅文幹又一次含冤入獄。
面對彭氏如此的的蹂躪人權，獻媚軍閥的行徑，蔡元培與湯爾和邵飄萍蔣夢麟等人商量後，決定採取行動。
他遂於1923年1月17日，憤然提出辭職。
他在辭呈中寫道：“數月以來，報章所記，耳目所及，舉凡政治界所有最卑污之罪惡，最無恥之行爲，無不呈現於國中元培目擊時艱，痛心於政治清明之無望，不忍爲同流合污之苟安，尤不忍於此種教育當局之下，支持教育殘局，以招國人與天良之譴責。惟有奉身而退，以謝教育界及國人。”
從這封辭職書中，不難看出，蔡元培已經憤怒到了極點。
有人說，“這可能是近代中國最直率，最能體現知識分子氣節的辭職書。”
此宣言刊發在1月25日的《申報》上，其中說到：“止見他們一天一天的墮落：議員的投票，看津貼有無；閣員的位置，稟軍閥意旨；法律是舞文的工具；選舉是金錢的決賽；不計是非，止計利害；不要人格，止要權利。這種惡濁的空氣，一天一天的濃厚起來，我實在不能再受了國務員匆匆的提出再議的請求，又立刻再剝奪未曾證明有罪的人的自由，重行逮捕。而提出者又並非司法當局，而爲我的職務上天天有關係的教育當局，我不管他們打官話打得怎麼圓滑，我總覺得提出者的人格，是我不能再與爲伍的。”
一位哲人說過：“沒有正義的地方沒有自由，沒有自由的地方也就沒有正義。”
蔡元培兩次最著名的辭職，誕生了兩篇傑出的宣言：《不合作宣言》和《不願再任北京大學校長的宣言》。
他1919年6月15日發佈的《不願再任北京大學校長的宣言》中說：“我絕對不能再作不自由的大學校長：思想自由，是世界大學的通例。德意志帝政時代，是世界著名專制的國家，他的大學何等自由，美法等國，更不必說了。北京大學，向來受舊思想的拘束，是很不自由的。我進去了，想稍稍開點風氣，請了幾個比較的有點新思想的人，提倡點新的學理，發佈點新的印刷品，用世界的新思想來比較，用我的理想來批評，還算是半新的。在新的一方面偶有點兒沾沾自喜的，我還覺得好笑。那知道舊的一方面，看了這點半新的，就算‘洪水猛獸’一樣了。又不能用正當的辯論法來辯論，鬼鬼祟祟，想借着強權來干涉。於是教育部來干涉了，國務院來干涉了，甚而什麼參議院也來干涉了，世界有這種不自由的大學麼？還要我去充這種大學的校長麼？”
有人評論說：“透過蔡元培的辭職和宣言，我們清晰地看到，蔡元培是中國近現代史上一位真正具有思想精神大格局的人。有了這種精神大格局，相比之下，中國最頂尖的北京大學校長的位置也顯得那麼小，而一個公民的人身權利則是那麼大。只有具有思想精神大格局的人，纔是大思想家大教育家大實踐家，纔是具有寬闊視野博大胸懷和博大人格的大寫的人；只有這樣的人，纔有深刻的使命感危重的責任感，纔有人格大魅力，纔有人間大眼界，纔有人生大憤怒，纔有人世大救續。
“人生之大憤怒，是與“小憤怒”有巨大區別的，它不是爲自己的憤怒而“憤怒”，它也並不需要聲嘶力竭，而是一種清醒的思考一種透徹的說理一種沉鬱的情感，更重要的是，它是一種身體力行無所畏懼義無返顧的自身行動。而對於那些沒有精神大格局稀缺人生大憤怒的人來說，是不會有這種大救續的行動的，而是安穩安舒安耽地靠坐在金貴的寶椅上安享着安樂的。
“沒有個人的自由，就沒有公衆的自由；沒有個人的利益，就沒有公共的利益；沒有個人的權利，就沒有大衆的權利；沒有個人的公正，就沒有社會的公正；沒有個人的平安，就沒有國家的平安。爲一個人爭公民權利而辭去北大校長之職，正是蔡元培的偉大之舉，是他偉大人格的體現。這就是用人格創造人格用人格創造公正用人格創造權利用人格創造自由。”
蔡元培的這次辭職社會反響很大，輿論強烈，彭允彝也因此下臺。總統黎元洪出面挽留蔡元培，他辭職不成，但不再到校，由蔣夢麟代理。有意思的是，北洋政府始終沒有免他的職。
在蔡元培看來，一個政府到了不可救藥的地步，有德能的人就應離他而去，這既是不合作。持不合作立場的人多了，政府自然也就只能走向垮臺。
他曾在很多場合宣揚這個道理，此刻，正躬身實踐其“不合作主義”了。這是一個正直的人在憤世嫉俗時所做的選擇。不論外界輿論如何評判此舉，北方的胡適撰文稱許也罷，南方的陳獨秀指責消極也罷，這一次蔡元培看來是下定了決心，高蹈遠引了。
北大師生的的“驅彭（允彝）挽蔡，北京政.府的被迫挽留，只不過使他又保留了幾年的校長名義，而北京大學的”蔡元培時代”，至此則是無可挽回的結束了。