1928年6月底，醞釀多日的中基會第四次年會還未召開，社會上已經是滿城風雨、謠言四起了。當時不僅郭秉文、丁文江等人不能爲新政權所容，就連胡適也好像也大禍臨頭。
7月上旬，朱經農寄給胡適一份剪報，內有北京市民大會電請國民政府通緝段祺瑞等人的消息，大會還要求將胡適作爲“三一八”慘案的“附逆黨徒……一體拿辦”。
7月27日，《民國日報》有消息說：蔡元培在“國府席上，提出的改組中華教育文化基金董事會案，即任命胡適、貝克、貝諾德、孟祿、趙元任、司徒來登（即司徒雷登）、施肇基、翁文灝、蔡元培、汪兆銘、伍朝樞、蔣夢麟、李石曾、孫科、顧臨等爲董事，……還提出了中華教育文化基金董事會章程修正如下：原章第三條‘董事由大總統任命’，以後缺出‘由董事會自選繼任董事’，改爲‘……董事任期三年，期滿由大學院根據全國學術界公意，提出人選，呈請國府另行任命’。”
胡適將此類剪報保存在日記中，還在上述“章程修正”後加了“此條最無道理”的眉批。
爲什麼說“此條最無道理”呢？胡適在8月11日寫給蔡元培的信中做了解釋。
他說：“文化基金董事會章程的基本原則爲脫離政治的牽動，故董事缺額由董事會自選繼任者。前年我們在上海所擬英國庚款董事會的組織，即依此原則爲標準。今忽廢去此條，改爲董事三年期滿由大學院呈請政府任命，便是根本推翻此原則了。”
這就是說，按照原章程規定，董事會一旦成立，其人事變更以及各項事宜就應該脫離政治，不再被政府左右。這個“基本原則”不僅保證了中基會及其教育文化事業的獨立，也爲其他國家退還庚款樹立了榜樣。然而由蔡元培提出的章程修正案，卻從根本上推翻了這個原則。
胡適還對蔡元培說：提出這種建議的人也許是“以爲當日政府不良，故須防政治的牽動；今爲國民的政府，不應防禦其干涉了”。這種想法看似有理，然而“事實上政治是否完全，是否盡如人意，誰也不敢擔保”。何況“先生在大學院，能有幾年，大學院自身能存在幾時，都不可知”。因此學術文化教育事業對於政局的變動和政治的干涉，“似亦不可不防”。此外，胡適還爲張伯苓、周詒春等董事作了辯護。
爲此，胡適在當天日記中說：“寫了一封信給蔡先生，討論中華文化基金會的事。此事我若不開口，別人更不開口了。故我不能不說幾句話。”
第二天，胡適還就此事與傅斯年作了長談，並表示準備辭去大學院委員和中基會董事。對此，傅斯年當即進行了勸阻，後蔡元培得知後，也來信好言相勸。只是，這兩個人對這個問題都沒有胡適敏感，也沒有看到問題的嚴重性。
8月31日，胡適在日記中寫道：“中華文化基金會事，我本想辭了不幹，但叔永（任鴻雋字叔永）力勸我勉強不要辭，將來或可盡點維持之力。我不忍太堅持，只好暫擱起來再說。”日記之後，還有一份大學院公函、一份剪報、一通周詒春致任鴻雋的信。前兩份材料證實上述改組方案已獲國民政府批准，後一封信則談到貝諾德、顧臨和司徒雷登等美方董事對修改章程的擔憂。
10月4日，《時事新報》發表《大學院改組教育文化基金董事會說明》，內稱自國民政府明令改組中基會以後，大學院多次接到外交部來函來電，通報美國方面的反映。這些反映可以歸納爲三點：一是改組董事會以及修改章程沒有得到美國政府同意，違背了原來的約定；二是董事會是非政治機構，不應該受政局變化的影響；三是原章程規定董事應該自選，如今由政府委派，違背了自選原則。
對於這些意見，大學院的解釋是：第一，美國退還庚款，本來是無條件的，因此這次修改章程和改組董事會不需要徵求美國政府同意。第二，董事會成立時，曹錕政府曾拒絕學術教育團體推舉的人選，這說明此事一開始就無法脫離政治。第三，由賄選總統任命的這個董事會，是不可能通過自選方式來完成其更新換代的；只有對它進行改組，才能走上非政治的道路。而在此之前，蔡元培爲了辭職已經攜帶家眷離開南京，由楊杏佛代行其事。這好像證明了胡適的先見之明。
儘管大學院的解釋振振有詞，但是早在9月13日，胡適就收到楊杏佛以大學院名義發來的一份公函，內有“現準孟祿來電，請從緩改組中華教育文化基金董事”等語，並請胡適、蔣夢麟“將這次改組理由及補救辦法”，向孟祿詳細解釋，以免引起誤會。可見楊杏佛等人雖然表面上嘴硬，實際上已經在尋求妥協和退路了。
問題是中基會的改組不僅引起了誤會，還涉及到兩個重要的問題。
第一是外交和法律的問題。
按照規定程序，美國退還的第二批庚子賠款，是在中基會成立之後，由美國總統簽署命令撥付的。現在中國政府對它進行改組，等於說原來的受款機構已經不復存在，即美國政府已經失去付款對象，不能繼續付款了。美國是一個法制健全的國家，要想改變這種令人尷尬的狀況非常困難。可見南京政府改組中基會之舉，過於草率。
第二是觀念和影響的問題。
按照楊杏佛等人的想法，既然國民革命已經成功，國民政府（即“國民的政府”）已經成立，那就應該對中基會進行改組，因爲它畢竟是由賄選總統曹錕任命的。但是他們沒有想到，越是一個好的政府，就越應該尊重學術文化教育的獨立。這是現代社會的一個最基本的原則。何況政府的“好”“壞”是相對而言、不以個別人意志爲轉移的客觀存在。因此，假如一個“好”的政府不能保護學術文化教育的獨立，那就很可能爲“壞”的政府破壞這種獨立留下藉口，甚至是開了先河。對於這個問題，孟祿教授有一句非常精闢的話。他說：“如果一個出於最善良動機的好政府可以干涉董事會的運作，那麼一個帶有自私動機的壞政府也可以做同樣的事情。”