當晚，袁世凱委派外務部首領胡惟德舉行盛大宴會招待。
二十七日，袁世凱邀請蔡元培一行人舉行坐談會，在談到去南京就職一事時，他表示，現在他正在處理手頭上的一些事，等這些事有了眉目後，他將盡快去南京。態度很好，不在堅持不離開北京了。
蔡元陪等人對袁世凱的態度，很滿意，也給予了稱讚和肯定。
事情已經到了這一步，袁世凱不能再堅稱不離開北京了。中.山先生說了，袁世凱一天不到南京就職，他就一天不交出中華民國臨時大總統的職務。任命袁世凱爲總統大參議院也在南京，如果參議院因袁世凱遲遲不去南京就職，做出新的任命，不是很麻煩嗎？人家這麼多人，興師動衆的來接你，你有再多的理由，也不能一口回絕呀！
按照北京行政當局的安排，爲慶祝結束帝制，中華民國的誕生，也爲了歡迎迎接使團，北京要連續三天舉行慶祝活動，晚上還要提燈遊行。
但是，就在慶祝活動進行的第二天，北京響起了槍炮聲。
開始，人們誤以爲是慶祝禮炮，但很快發現是兵變。
一九一二年二月二十九日（陰曆正月十二日）晚六時，第三鎮兵一部炮、淄兩營因扣餉事潰變。變亂先由駐紮朝陽門（也叫齊化門）的第九標之炮隊引起，隨後駐於祿米倉的輜重隊、帥府原煤炸衚衕東城土地廟駐軍紛紛與之呼應，起兵作亂。
炮隊先在朝陽門外爲亂，而後炮擊強行進入朝陽門，輜重隊在城內與之配合，打開城門，兩隊匯合後向西行進，一路毀壞民居，劫掠無數。
當晚亥時初（21：00多）亂軍至專使團居處，直言只索要財物，蔡元培等立即避去，衣物行李盡?。下半夜西城、北城也發生騷亂，土匪和部分巡警加入搶劫。
當晚兵變的結果是商民遭搶劫者四千餘家，京奉、京漢鐵路局，大.清、交通、直隸三銀行以及制幣廠亦遭劫掠，損失白銀九百多萬兩。專使住所被洗劫一空。蔡元培等人避入東交民巷內的六國飯店，僅以身免。
這場兵變，發生的時間節點太過蹊蹺，很容易使人想到是有人刻意組織、安排，目的就是阻止袁世凱離開北京。因爲兵變的士兵高喊的口號就是“宮保走了，沒人管我們了”。用這樣傷天害禮的無恥，卑鄙的手段，實現袁世凱不去南京就任的目的，可謂駭人聽聞。
大多數人說，這場兵變是袁世凱一手策劃的。因爲，舉行兵變的是袁世凱專門調到京城保護他的曹錕的北洋三鎮。
兵變發生後，有人曾見，曹錕到袁世凱這裏報功。也沒管有沒有外人在，見面就叫嚷：“報告大總統，昨晚奉大總統的密令，兵變之事，已辦到矣。”
兵變把北京破壞成那個樣子，給老百姓帶來那樣的浩劫，兵變後沒追究任何人的責任，也沒處罰過任何人。管理社會治安的警察部隊都躲了起來，陸建章的軍法執行處也沒有任何作爲。人們懷疑是袁世凱策劃，當然理由充分。
也有人認爲，這是袁世凱的長子袁克定，揹着袁世凱，打着袁世凱的旗號，串通曹錕所爲。
持這種觀點的人，主要理由是：蔡元培來北京後，耳聞目睹了很多情況後，經過他們的從中斡旋，南京方面已經不再堅持，一定要把臨時首都放在南京了。
已經讓步到，袁世凱只要去一次南京，在參議院宣誓就職就可以了。去南京一次，不是再容易不過的事，袁世凱沒有必要搞什麼兵變。
他們的另一個理由是，袁世凱不至於那樣的道德敗壞、喪心病狂。
無論是袁世凱還是袁克定，或是別的人的自作聰明幫自己的主子，這次兵變有人事先策劃的可能性極大。但是，事情搞得這麼大，造成如此大的破壞，肯定不是任何人想要的的。
這很正常，很多運動和事變，一旦啓動了，就不是策動者所能夠掌控的了。
當然，也有另一種說法，是單純的士兵因長期欠餉而鬧事，打着阻止袁世凱南下的幌子。不管這是不是袁世凱一手策劃，他不去南京就職的目的是達成了。
三月一日，兵變又搶了北京西城，通州、保定，天津等地也發生了類似的事情。應了那句話，兵匪一家。
英、俄、德、日等國隨即採取行動，首先派駐京的部隊在通衢的大道上巡邏，又藉口保護使館，把外地的部隊調入京城。完全證實了袁世凱的那句話：“內訌外患，遞引互牽，若因凱一走，一切變端立見”。
北洋軍的大小頭目紛紛通電，臨時政.府必須留在北京，袁大總統不能離開北京，向接袁世凱的南下專使示威。
梁士詒反覆對蔡元培等人說：“現在全國倡行革命，人心動盪，北方的秩序很難維持。像目前的這種情形，如果不能及時的調度彈壓，確保地方安謐，就很容易引起外國對我國用兵的禍事，這一點是切實需要注意的。”
蔡元培眼見這一切，思想與來時本就有了很大的變化。加之汪精衛從中大力渲染，更使他認定：袁世凱離開北京，北方肯定出大亂子。
就給南京參議院發電：“北京兵變，外人極爲激昂，日本已派多人入京。設使再有此等事變發生，外人自由行動恐不可免。培等睹此情況，集議以爲速建統一政.府，爲今日最要問題，餘儘可遷就，以定大局。”以專使身份，要求參議院在袁世凱南下之事讓步。
袁世凱也在兵變後致電孫.中.山，請他通融。南方臨時政.府信以爲真，以爲北京的局勢不知有多糟，黃興竟提出要帶兵北上，幫袁世凱彈壓兵變，並保護袁世凱。