雲南都督府成立後，唐繼堯聘請前巡按使任可澄，前山東提學使陳榮昌爲參贊。前國會議員趙藩、袁嘉穀及張耀曾等爲參議。指派由雲龍爲祕書廳長、張子貞爲參謀廳長、庾恩腸爲軍政廳長、陳廷策爲民政廳長、丁光冠爲司法廳長、陳鈞爲財政廳長兼鹽運使。
軍政.府提出四項主張：
（一）與全國國民戮力擁護共和國體，使帝制永不發生於中國；
（二）劃定中央地方權限，俾各省民力能有自由之發展；
（三）建設名實相符的立憲政體，以適應世界潮流；
（四）以誠意鞏固邦交，增進國際團體之資格。
同時申誓四點：
（一）同人職責惟在討袁，天助吾民，幸克有濟，舉凡建設之事當讓賢能以明初志，個人權利思想悉予剗除；
（二）地無分南北，省無論甲乙，同此領土，同是國民，惟當量材程功，通力合作，決不參以地域觀念，自啓分裂；
（三）倒袁救國心理大同，但能助我張目，便當引爲同志，所有從前黨派意見，當然融消，絕無偏倚；
（四）五大民族同此共和，袁氏得罪民國，以成五族公敵，萬衆一心更無何等種族界限。
十二月二十五日，雲南獨立的消息到了北京後，袁世凱忿怒到了極點。他應該是清楚雲南地理環境，對雲南用兵不一定如平定二次革命那樣順利。
但他知道，必需使用雷霆手段，儘快解決雲南問題。他不能不知道，自己的稱帝有多少民意支持，一旦各地效仿和響應雲南，弄不好局面可能失去控制。
於是，袁世凱於十二月二十九日下令，將唐繼堯、任可澄、蔡鍔免職。
“……蔡鍔等討論國體發生之時，曾糾合在京高級軍官，首先署名，主張君主立憲，嗣經請假出洋就醫，何以潛赴雲南，譸張爲幻，反覆之尤，當不至此。但唐繼堯、何可澄既有地方之責，無論此項通電，是否受人脅迫，抑或奸人捏造，究屬不能始終維持，咎有應得，開武將軍唐繼堯、巡按使任可澄，均着即行褫職，並奪去本官及爵位勳章，聽候查辦！蔡鍔行跡詭祕，不知遠嫌，應着褫職奪官，並奪去勳位勳章，由該省地方官勒令來京，一併聽候查辦！此令。”
還一廂情願地下令第一師師長張子貞代理雲南將軍，第二師師長劉祖武代理雲南巡按使，令他們就近押解蔡、唐等人來京治罪。
民國五年一月五日袁世凱又有申令各省長官曉諭人民雲：
“……予昔養痾洹上，無心問世，不幸全國崩解，環球震動，遂毅然以救國救民爲己任，支持四載，困苦備嘗，真不知尊位之有何樂。無如國民仰望甚切，責備甚嚴，同爲國民，敢自暇逸？責任所在，盡力以爲，不惜一身，只知愛國，皇天后土，實鑑此心。
“明知暴亂之衆，狂妄之徒，斷不可以謀國；然果使中有傑出之才，可以治國保民，爲人民所信仰，極願聽其爲之，予得釋此艱鉅之仔肩，詎非幸事；然能安大局，環顧何人，爲智愚所共見。人民無罪，未可舉全國之重，任人試驗，實逼處此，無從諉卸。
“予以蔣德，既受國民之推戴，將吏之尊視，何敢再事遊移，貽禍全國。苟爲逆首，惟有執法從事，以謝國民。着各省文武長官剴切出示曉諭人民，分別順逆，各愛身家，勿受煽惑，自貽伊戚。各省長官，皆能力保治安，軍人尤深明大義，均任守衛地方之責，務望各以愛國勤勉，恪盡厥職，用副予視民如傷，諄諄誥誡之至意。此令。”
袁世凱對蔡鍔更是恨得咬牙切齒，以政事堂名義通令各部署，凡與蔡鍔有關的人一律予以撤職，在各省中和蔡鍔有關的人，也都撤職。結果，在各省機關的雲南籍職員以及是蔡鍔的舊屬都受到迫害。
袁世凱又命湖南巡按使沈金鑑，查抄蔡鍔湖南原籍的財產。而蔡鍔爲官多年，雖然名滿天下，卻沒什麼資產。蔡鍔的家人老夫人和妻子等早有準備，不知躲到了何處。只有一個兄弟是辦木廠的，早已和蔡鍔分了家。
蔡鄂本人只在楊度所辦的華昌公司有少許股份，於是就把這股份沒收。
袁世凱一方面對蔡鍔大動干戈，另一方面又想通過軟化的手段，使得蔡鍔能夠“浪子回頭”。他知道蔡鍔是個重情重義之人，李經羲是蔡鍔的老上司，也是他將蔡鍔一手提拔起來的。袁世凱找到李經羲，打算在局勢許可時派李赴雲南做蔡鍔的工作。
爲此，袁世凱特別賞賜李經羲貂裘一襲，李接受袁的貂裘後，曾有謝恩折：“上賜貂皮外套，光采非常，裁量恰合，舉家驚寵，望闕感惶！”等語。
與此同時，袁世凱又把已經冷落許久的熊希齡找到北京來，熊希齡奉詔於民國五年年一月十六日抵京謁袁。
熊希齡是蔡鍔的好朋友，熊任國務總理時，曾保薦蔡鍔爲湖南都督。袁世凱請熊南下，去雲南說服蔡“悔罪自投”，當可“不究既往”。
此外，還想派雲南人朱家寶、丁槐等爲雲南宣慰使，要他們去“誘惑雲南軍官解甲來歸，一律免予治罪。”
熊希齡到北京，表現得很麻木。
當他抵京時有記者迎於車站外，問他對於國體問題的意見，他摸着腦袋說：“我來京之前，未有所聞，在路上看見籌安會的宣言，才知道有這回事，我對政情已隔離了許久，一切都不大清楚，因此對國體問題我毫無意見。”
記者又問他對於新約法的態度如何？
他說：“我不是律師，又沒有學習法律，對此亦無意見。”
這些話否認得離了譜，熊希齡難道忘了，光緒年間曾隨同五大臣出洋考察過憲政，那時他還是憲政專家的身份。