到了晚明，馬政已然分成了中央和地方兩套系統，在地方馬政中，遼東和其他地方又不是同一個行政體系。
早在洪武年間，朱元璋就在遼東等重要邊地設立“行太僕寺”作爲管理馬政事務的獨立機構。
至明成祖即位後，不但開始在內地積極鼓勵民養官馬，又在邊地實行集中官牧的辦法，特立苑馬寺以保障軍馬的供應。
永樂年間，遼東苑馬寺定製爲下轄六監、二十四苑，經過三次遷移後，於嘉靖三十一年定位蓋州。
苑馬寺及其下設的監、苑作爲明廷專門設立的組織軍士孳牧馬匹的管理部門，其主要管理的對象爲馬匹和相對於馬匹數量較少的牧馬軍人。
以行政系統而言，遼東苑馬寺與行太僕寺都直接聽命於兵部，與明朝在中央設立的太僕寺無隸屬關係。
且它們被建立的出發點都是爲遼東邊疆馬匹之足用提供製度上的保障，因此，遼東僕、苑二寺所管理的馬匹都是爲遼東邊疆廣大的衛所軍隊服務，和中央京營以及其他地方的軍隊也並無直接關係。
遼東僕、苑二寺作爲遼東邊疆兩個互不統屬的馬政機構，其職責範圍可謂是分工明確的。
行太僕寺作爲邊區馬政的具體負責部門，管理各衛所之軍馬從生產到使用的整個過程，而且在其監管下從事牧馬活動之軍人，也全部是遼東各衛所之衛軍。
由於衛軍的主要任務在於戍防，因此對於養馬之責，只能是其從事防禦工作中的一項兼職任務。
到了晚明，遼東行太僕寺對於監管各衛所孳生馬匹這一項職責已不再發生作用。
而對於苑馬寺來說，它的建立是明成祖有意在邊區開闢馬匹生產中心之舉，是明廷特別設立的實行大規模集中孳牧馬匹的管理機構。
它獨立於各衛所之外，其下設立各監、苑，自成體系，並且作爲遼東苑馬寺管理下的牧馬軍人，世代戶籍都從屬於苑馬寺，屬於負責孳牧馬匹工作的專職人員。
但由於遼東位於苦寒之地，是明代遣戍罪犯最重要的一個地區，苑馬寺牧軍最主要來源是因罪被髮配到遼東的“恩軍”。
因此苑馬寺自設立後很長一段時間內不受明廷重視，其所屬大小官員地位十分低下。
而到了嘉靖後期，遼東的軍事形勢不斷惡化，遼東苑馬寺也嚴重衰敗。
原來只負責主持馬政的苑馬寺卿兼任爲兵備道一職，此後，遼東苑馬寺卿的職責便由主持馬政逐漸轉變爲主管遼東地方行政、監察及軍事事務，苑馬寺孳牧之政也開始走向荒廢。
“苑馬寺現在名義上說是監管金、復、蓋三衛，但頂多也就是操練軍餘、修葺邊牆城堡及抓捕逃軍流民。”
李成梁認真回道，
“嘉靖十六年馮時雍改革後，連馬都養不了幾匹了，更別說在大事上說上話了。”
馬匹、監苑和草場是苑馬寺維繫經營的最重要物資條件。
明初時，遼東馬匹總量曾一度達到四十萬匹，而到了嘉靖後期，苑馬寺監苑之畜不盈數百。
苑馬寺下轄監、苑大部分被裁革，由六監、二十四苑減少至一監、二苑，減少後的牧苑僅爲原來健全時的十二分之一。
嘉靖十六年時，馮時雍對遼東苑馬寺進行了改革，打破了苑馬寺原不設定額的舊制，並且把明初規定的實行苑馬軍人進行官牧養殖的辦法完全轉變爲餘丁進行民養。
但是這種將官牧轉變爲民養的辦法，從根本上來講，就是把養馬的勞務和負擔全部轉嫁到百姓身上。
從此苑馬寺馬匹牧養形式由集中管理轉變爲分散牧飼，原來軍士放牧之荒地與軍餘佃種之熟地之間的界限完全被打破，草場使用不再受到苑馬寺控制，官牧草場數額急劇減少。
歷史上苑馬寺完全頹敗的節點是在天啓元年。
當時明朝在遼東的軍事重地瀋陽、遼陽被後金攻破，位於遼河以東之地的苑馬寺所屬一監二苑及苑馬寺卿所轄之地盡被後金佔領，遼東苑馬寺自此消失在明末遼東戰場，遼東再無苑馬寺孳牧之馬。
“苑馬寺受遼東巡撫節制，在邊務上自是說不上甚麼話。”
努爾哈齊道，
“可如今苑馬寺馬政衰頹，遼東軍馬之費均由太僕寺撥給，皇上此番清查太僕寺，便一定會涉及苑馬寺。”
“遼東馬匹倒損、草場銳減，尚可以推責於馮時雍改革，可其餘諸地”
李成梁接口道，
“官馬民牧是祖制，其餘諸地，總不能推責於太祖皇帝與成祖皇帝罷”
遼東戰馬的供應問題與苑馬寺的興衰可謂是息息相關。
正德以後，遼東馬匹時常求助於太僕寺下撥馬匹或馬價。
在嘉靖三十一年以前，明廷向遼東主要撥付的是馬匹，即本色，並且給付的馬價銀也並無規定必須爲買馬之費。
而到了嘉靖三十一年以後，太僕寺開始直接撥付馬價銀給遼東各衛所並規定專門用於馬匹購買。
自此之後，中央財政完全承擔了補給遼東軍馬之費。
由於遼東馬匹缺乏嚴重，到了萬曆初期，太僕寺每年向遼東支付一次金額相對固定的年例馬價銀，專門用於購馬之費用。
到了晚明，遼東馬匹多仰仗於太僕寺下撥馬價銀以應急，遼東邊方馬匹越來越依賴於太僕寺馬價銀的供給，從而出現明朝財政嚴重不支之窘況頻繁發生。
所以一旦清查太僕寺，就一定會涉及遼東苑馬寺，太僕寺每年支邊的軍馬之費如此高昂，就是因爲遼東苑馬寺已無法發揮其補給遼東戰馬的功能。
小韃子要鑽的空子就在這裏，太僕寺和苑馬寺在行政上不是一個系統，但在經濟上卻無時不刻地起着幫扶作用。
努爾哈齊揚脣一笑，
“確是祖制，如今執行有礙，無非是因爲皇親國戚爲一己私利，過度侵蝕草場之緣故。”
“依兒子看，要論起重振馬政，父親可比那些皇親國戚有用得多了。”
李成梁看了努爾哈齊一眼，道，
“馬政之弊，人人可見，侵蝕草場的皇親國戚，又不止一家一戶，我若是另行上疏，豈非太過惹眼”
努爾哈齊道，
“父親不必將矛頭直接指向皇親國戚，只說牧軍負擔過重，逋逃日衆，此爲遼東民生之象，何來惹眼之說”