好在美軍中實力僅次於奧林匹亞號裝甲巡洋艦的巴爾的摩號已經沉沒在了菲律賓海底，指揮巴爾的摩號的艦隊副司令更是與艦同沉，接下來的局面還是僵持階段，不過30分鐘後，一發西班牙240毫米克虜伯海防炮打出的爲數不多的高爆彈擊穿了奧林匹亞的司令塔，當時剛好在司令塔中指揮奧林匹亞號的艦隊司令杜威當場被炸死，7名高級軍官也被彈片擊傷。
更加倒黴的是，這發240毫米炮彈還擊毀了奧林匹亞號的信號索，意味着奧林匹亞號已經不能夠行使旗艦的作用了。於是乎，瑞秋號巡洋艦升起了指揮旗，成爲了代理旗艦。
不可否認的一點是，瑞秋號的指揮官的確勇氣可嘉，剎那間，數百發西班牙艦炮打出的炮彈落在瑞秋號周圍，雖然無一命中，不過濺起的水花也夠上面的美國水兵喝一壺了。
而造成美國艦隊暫時的不利局面的罪魁禍首——波士頓號巡航艦，則也最終逃不過懲罰——2發哥倫布號的152毫米炮彈擊中了波士頓號的1根桅杆，隨着彈片的四濺，波士頓號的風帆大部分都已經無法爲這艘3240噸的老式戰艦提供動力，也就意味着，波士頓號的結局，要麼是被俘，要麼就是被西班牙某艘戰艦獎勵一發魚雷。
很顯然，無論是哪個結局，這對於米國海軍來說，都是一個巨大的侮辱，曾幾何時，1812年，裝備38門火炮的憲法號是所有獨自航行在美國東海岸的英國船隻的噩夢，現在，波士頓號卻將會被已經江河日下的西班牙給俘虜，波士頓號上的指揮官霍金斯絕對不會接受這樣的選擇，哪怕他在這場戰役中堪稱西班牙艦隊的MVP，但是作爲一個米國海軍軍官，他是不會讓自己的愛艦掛上西班牙的旗幟的。
已經知曉了接下來大概會發生什麼的二副沒有多說什麼，只是默默地行了一個軍禮，走出了艦長室，在他的身後，傳來了一聲槍響。
波士頓號的自沉，讓瑞秋號這艘防護巡洋艦承受的火力幾何般上升，要不是瑞秋號命大，連續被命中多發10英寸炮彈都沒有喪失動力抑或是被命中核心區，否則的話這艘船也要步巴爾的摩號的後塵了。最終，在重創了西班牙的古巴島號裝甲巡洋艦後，意識到再耗下去對於己方是完全不利的瑞秋號指揮官掛出旗語，美國艦隊掉頭返航，或者按照他們的說法，“轉進”。離開了這個令美國海軍傷心的地方。
而在另一邊，西班牙海軍則是歡呼雀躍，戰前，他們從來沒有想過日薄西山的西班牙海軍能夠贏得這場與新興的、強大的美國海軍的戰鬥，不過，他們真的實現了！
有一說一，西班牙這次能夠贏得馬尼拉灣海戰，有很大的運氣成分，比如波士頓號的航速減慢導致的美國艦隊首尾脫節，以及西班牙岸基2座雙聯裝533毫米魚雷的命中巴爾的摩號，完全是走了大運，這也讓後世許多美國海軍迷們一直憤憤不平。
不過，輸了就是輸了，沒有什麼可以爭辯的，這也是米國擴張史上，海軍走向深藍的一個重要挫折，但是他們能夠知恥而後勇，進而鍛煉出一支強大的海軍，這就是後話了。