在如今對抗大明之下，看似團結，實則都是心懷鬼胎。
尤其是如今天皇的地位，正處於一個下跌的狀態，在經歷南北朝的戰爭之後，天皇的地位了，可謂是倭國有史以來，最爲底下的時候。
這種情況，不僅僅是反應在天皇這邊，便是連幕府將軍也不能無視。
正如幕府將軍無視天皇的權威一樣，這時倭國社會也經常出現守護大名藐視將軍，地方下層領主和武士挑戰守護大名，甚至武士也不把天皇放在眼裏的現象--人們稱這種現象爲“下克上“。
例如北朝的光嚴上皇出巡時碰到一個美濃的守護土歧賴遠。
上皇的近臣喝道:“上皇聖駕到此，快快下馬!”
土歧賴遠聞聽非但沒有下馬，反而大怒道:“你說清楚是院駕還是犬駕，若是犬駕，就射他一箭。“
說着，真的拔箭而射。
他的隨從們一哄而上，把上皇車上的簾子扯掉，把車子掀翻，並把上皇身邊的公卿打了一頓。
事後，土歧賴遠被幕府處死，但引起下層武士更大的不滿。
有人說:“如果沒有天皇不行的話，就用木雕一個，或以金鑄一個，把活的天皇流放到別的地方去，省得惹麻煩。“
有人哀嘆道:“鳳凰生末世，落魄亦堪悲;雉雞遭野火，被逐無巢歸。
這時，天皇朝廷勢力式微，形同小諸侯一般。
歷史上，明朝建文帝在給倭國的聖旨中，稱足利義滿爲“倭國國王源道義“。
足利義滿在致明朝皇帝的國書中也自稱“倭國國王臣源“，幕府將軍已成爲國家最高權力的代表，足利義滿自稱“源道義“是因爲足利氏是清河源氏的後裔，即清和天皇的嫡派子孫。
就是後來的德川幕府家也是來自清河源氏，所以幕府將軍的掌權不過是天皇的彼一支代替此一支而已。
南北朝統一之後，足利義滿並沒有履行自己當初的諾言，即仍舊恢復大覺寺派與持明院派天皇迭立的傳統。
南朝的皇族、公卿、將士異常憤慨，後龜山天皇也後悔不迭。
原歷史中，後龜山逃出京都，再次在吉野山區建立南朝，史稱後南朝。
南朝的皇室後裔和臣子們爲了恢復舊業，又不斷地進行了將近半個世紀的鬥爭。
後來曾有一夥強徒潛入皇宮，將神劍、神璽搶走，並以此擁戴南朝的皇胤反對幕府，事敗後南朝皇族後代多人被殺。
後面又是一起類似事件，牽連得南朝皇族幾乎滅絕。
而南朝所代表的勢力，就是對大明主要侵犯的倭寇。
像是朱棣抓捕倭國細作，就是歸屬於南朝這邊。
南北朝割據的分裂時期，就在這一時期，倭國的各諸侯之間鬥爭達到了白熱化的階段，相互攻伐，在這場南北斗爭的過程中，南朝的封建勢力開始節節戰敗，不得不撤離倭國本土。
其中有一部分南朝的封建主，當然還有封建主統治下的武士和浪人等也會選擇離開，以此來躲避倭國本土對他們的追殺，他們就乘船來到了大明的沿海地區，他們在沿海進行走私，更有甚者燒殺搶掠。
伴隨着南朝在倭國的延續，大明沿海的倭寇，不斷的爲南朝勢力輸入財富，以此作爲對北朝的抵抗。
而是在歷史上，纏繞了幾百年。
南朝的勢力，從來就沒有被徹底的消滅過。
有人說，北朝控制了全國大部分地方，所以是實際上的統治者，應該是正統。
但也有人說，後醍醐讓渡的神器是假的，因此正統還是在南朝一邊。
哪怕是後世幾百年後，也有人振振有辭地說:“當今天皇難道不是從後南朝天皇后中搶奪了三件神器的篡奪者的子孫嗎?“
一時，在倭國國內引起一場軒然大波。
最後，作爲北朝天皇后代的明治天皇作出裁決，認定南朝爲正統，北朝各天皇不列入天皇傳承系列，但天皇地位及其待遇不變。
因此，足利尊氏被視爲亂臣賊子，而楠木正成成爲忠於天皇的典範。
而目前的倭國，看似一統，實則在分裂的邊緣。
幕府無力鎮壓各地的大名。
在這個特殊的年代裏，守護代、國人以及與之相關的人們皆以實力而成了大名，並且競相把分國領地紛紛擴大，相繼各霸一方，成了戰國大名，
從而形成了羣雄割據的分裂局面，此後的倭國更是戰火不停。
在關東，鎌倉公方足利成氏不滿關東管領上杉憲忠，進而將其暗殺。
此舉引發關東管領和公方的長期對抗，導致幕府派遣駿河守護今川氏前去討伐而迫使足利成氏移往下總古河，成爲初代古河公方。
戰後關東出現得到關東管領上杉氏支持的堀越公方足利政知和，得到北關東豪族支持的古河公方。
山內上杉氏重臣長尾景春叛亂，使扇谷上杉氏趁機擴張自己的力量，促使山內上杉氏選擇和古河公方和解來對抗扇谷上杉氏。
而扇谷上杉氏爲了對抗山內上杉氏，和伊勢長氏結盟。
因堀越公方發生內亂而被伊勢長氏消滅，伊勢長氏的後北條氏因而實力大增。
不久後上杉定正猝死導致扇谷上杉氏轉衰，後北條氏轉而攻擊扇谷上杉氏，並消滅相模三浦氏且佔領小田原城，促成兩上杉聯合對抗後北條氏的新局面。
後北條氏二代家督氏綱更入侵武藏國，取代舊有的足利、兩上杉氏，成爲關東地方最強的大名。
除了伊勢長氏崛起於關東地代方，成爲新時大名的代表外，倭國各地也開始出現以下克上，甚至成爲一方之雄的新強權。
出雲守護代尼子氏篡奪守護京極氏實權，日後其大名尼子經久更取代京極氏，成爲出雲守護。
在尼子經久生前，尼子氏擴張成與大內氏家督，因海外貿易而興盛的大內義興並駕齊驅。
在雙雄爭霸過程中，安藝國人毛利元就逐漸吸收尼子、大內的力量，日後乘大內氏內亂，在嚴島會戰中擊倒大內氏權臣陶晴賢，成爲新霸主。
此外，美濃守護土岐氏亦遭到重臣長井規秀的驅逐而衰敗，長井規秀日後繼承齋藤氏，改名爲齋藤秀龍，法號“道三“。
可以說目前的倭國，是一片的混亂。
在面對大明官軍的不斷威逼，卻沒有開啓大戰的狀況下，倭國目前已經出現了很嚴重的內亂現象。