新亭緊靠長江，位於建康西南，在石頭城南十餘里處，將建康守軍將桓玄和楊佺期的荊州軍合圍在其中。
得知劉牢之到來，桓玄和楊佺期大驚失色，完全出乎意料，兩人還在希望朝庭能誅殺劉牢之呢。
劉牢之是北府名將，威名赫赫，便連楊佺期自問也不能及，驚恐之下兩人決定退軍南下，駐紮於蔡洲。
蔡洲位於長江之中，周長五十餘里，洲上有山，綠樹成蔭，草木蔥蘢，鳥類繁多。唐時改蔡洲爲白鷺洲，“三山半落青天外，二水中分白鷺洲”便指此處。
新亭與蔡洲隔水相望，兩邊的旗幟上的晉字都能看得清楚，桓玄和楊佺期都爲劉牢之的威名所懾，看到新亭北府軍軍容威嚴，不敢主動進攻。
劉牢之其實暗捏把冷汗，他剛從王恭手中得到北府軍，軍心不定，而且兩日急行二百餘里趕至新亭，已是強弩之末，此時荊州軍若發動進攻，北府軍必敗無疑。
殷仲堪已經得到庾楷後敗、王恭身死的消息，船隊行至蕪湖便不再前行，與朝庭軍兵僵持起來。
三個方鎮起義軍只剩下自己，殷仲堪心中忐忑，討逆軍如今成了叛逆，不知該如何收場。
朝庭知道荊州有三萬兵馬，戰船近千艘，還有楊佺期、桓玄這樣的勇將，北府軍又尚未歸心，亦不敢輕啓戰事。
可是朝庭衆臣沒有體會到殷仲堪的用心，驚懼不定。
司馬道子一連數日無眠，只有藉助醉酒睡去，司馬元顯與王珣、謝琰等朝臣商議退敵之計，誰也沒有辦法。
這種對峙一直延續到十月初，左衛將軍桓脩從句容奉旨還朝，一席話解除了司馬道子的顧忌。
“……荊州軍不足爲慮。當初三家結盟，衆人皆指望王恭，如今王恭兵敗身死，荊州軍憂懼交加。殷、桓、楊三人各懷心思，可誘之以利，巧爲分化。”
司馬道子問道：“依你之見當如何？”
桓脩是恆衝之子，桓玄的堂兄，對自己堂弟的心思很明瞭，道：“桓玄無非是想要權，而楊佺期不甘人下，若能運作得當，當可孤立殷仲堪，朝庭甚至可以藉機掌控荊州。”
司馬道子大喜，以朝庭名義下旨，任廣州刺史桓玄爲江州刺史；南郡相楊佺期爲雍州刺史，詔郗恢回京任尚書；荊州刺史殷仲堪則遷任廣州刺史。
桓家在荊州勢大，司馬道子決定讓左衛將軍桓脩接任荊州刺史，左衛將軍府的文武官員轉爲刺史府官吏，並讓劉牢之率兵千人護送桓脩上任。
這道旨意對殷仲堪極爲不利，司馬道子怕惹惱了殷仲堪，會斬了使者祭旗。司馬元顯推薦太常殷茂前往宣詔，殷茂是殷仲堪的叔父，殷仲堪總不能拿他如何。