劉敬宣向父親請求率軍救援句章劉裕，劉牢之認爲，句章城城小兵少，逢孫恩數萬大軍圍困必不能保，等援軍到達恐怕早已城破，反而容易被孫恩各個擊破，不如聚齊大軍纔出兵。
虎疁一戰，劉敬宣對劉裕之勇銘刻在心，認爲劉裕不會輕易被孫恩所滅，派出偵騎前往句章打探消息。
得知句章城堅持十餘日依然堅守，劉牢之深爲震動，對劉裕之驍勇深爲歎服，當即令劉敬宣率三千精銳南下救援句章。
亂軍久攻句章不下，孫恩得知北府援軍即將到達，無奈之下，只得帶着麾下從浹口登船，再次退回海上。
劉敬宣率軍趕至句章城，見城牆佈滿刀箭痕跡，護城河被染成紅色，可以想像守城之難。
見到劉裕之後，劉敬宣大爲歎服，認爲北府軍中無人能出其右，劉裕必成大氣。
因此，劉敬宣折節下交，與劉裕傾心交好，以他的身份與名聲，劉裕自然求之不得。
退回海上的孫恩，稍加整頓之後，於三月再次登岸。這一次孫恩沒有選擇浹口，而是選擇了會稽北部的吳郡海鹽縣。
海鹽是吳郡所轄，劉牢之督五郡軍事，吳郡不在其中，孫恩之所以選擇海鹽也是想避開北府軍。
孫恩兵分兩路，親率大軍攻打海鹽縣，令部將張驃駐守呵浦，阻擋救援的北府軍。
通過句章一戰，劉牢之決定重用劉裕，認爲劉裕之勇守城有些可惜，任其作爲先遣，攻堅克難。張驃駐守呵浦，劉牢之命劉裕率軍破之。
劉裕部將虞丘進先行到達呵浦，戰敗張驃，劉裕沒有繼續北進，而是呵浦堅守。
孫恩得知呵浦丟失，派部將姚盛統軍一萬奪回呵浦城。
劉裕於兩千麾下中選取敢死隊六百人，脫去甲冑，手持直刀，從城中鼓躁而出，殺向萬人亂軍。
亂軍見劉裕一副拼命的架式，亂成一團，紛紛棄甲而逃，劉裕趁機掩殺，陣斬姚盛。
孫恩得知姚盛身死，派妹夫盧循領軍兩萬前去報仇。劉裕知賊軍必來，此次定然準備充分，自己要以兩千兵馬抵禦，幾不可能。
劉裕想起民間傳說三國時蜀漢丞相諸葛亮以空城計破敵，便令城中偃旗息鼓，自己帶着精銳藏於城中，只留老弱數十人防守。
賊軍興高采烈地進城，準備大肆搶掠，不料劉裕帶兵衝出，亂軍猝不及防，四散奔逃。
孫恩得知再敗，生恐北府軍主力到達，從海鹽退走，兵分兩路北進吳縣。一路是水師，前往滬瀆；一路走陸路，由海鹽北上，兩路於松江匯合後西進吳縣。
海鹽縣令鮑陋見亂軍退走，認爲亂軍不過是些烏合之衆，派兒子鮑嗣之率千人來見劉裕，請求作爲先鋒追擊孫恩。
劉裕勸說道：“賊兵久經兵戰，精銳異常，三吳人士久不經戰陣，恐不知賊。若前鋒失利，我軍兵力不足，席捲之下必使全軍戰敗，還請你率兵殿後，作爲聲援。”
鮑嗣之見劉裕麾下不過兩千人，能兩次擊潰亂軍，孫恩亂軍絕不像劉裕所說的那樣精銳，一再懇請，劉裕只得答應。
四月二日，鮑嗣之率軍與亂軍戰於滬瀆之南，兵敗身死。劉裕配多備鼓，虛張聲勢，徐徐後撤。
賊軍將領徐道覆趁機掩殺，劉裕抵擋不住，向後敗逃。逃至事先伏兵處，劉裕一面命殘兵脫下死者衣甲，一面整兵列陣，高呼“再戰”。
徐道覆見兩山夾一溝，地勢險要，擔心山間有伏兵，於是領軍退走。劉裕收拾殘兵退守海鹽城。
沒有了劉裕的追擾，孫恩集結大軍圍攻滬瀆壘。吳郡非劉牢之統轄，沒有朝庭旨意，劉牢之無法率軍救援。
京城，司馬元顯認爲吳郡有兵馬近五千，滬瀆壘防禦森嚴，亂軍難以攻克。
五月十八日，亂軍攻陷滬瀆壘，吳郡內史袁崧及四千多守軍戰死，孫恩縱軍大肆劫掠。
六月一日，得到補給後的亂軍，在孫恩的率領下由海上時入長江，突襲丹徒城。此時，亂軍已有戰船千餘艘，部衆十餘萬。
六月二日，京城全面戒嚴，以司馬元顯爲首的文武官員全部住進西堂。
司馬元顯命冠軍將軍高素駐守石頭城；輔國將軍劉襲用木柵截斷秦淮河入江口；丹陽尹司馬恢之在長江南岸佈防；驃騎大將軍府諮議參軍及司馬桓謙駐守白石城；左衛將軍王嘏領中軍保護宮城；急召豫州刺史譙王司馬尚之率軍返京協防；鎮北將軍劉牢之從山陰率軍救援。
京城告急，大亂已起，正是大浪淘沙之時。