劉裕不打算留在朝堂之上，但朝堂之上肯定要留下自己的人，以劉穆之爲祠部尚書郎，領堂邑太守；徐羨之爲度支庫部郎，領軍司馬，掌握朝庭財權；臧熹散騎侍郎控制皇城；又以沈田子爲鎮軍參事、向靖寧遠將軍、檀祗振威將軍、孫處振武將軍等人鎮守建康……
天子司馬德宗以及琅琊王司馬德文都遠在尋陽，劉裕爲了讓這些任命變得名正言順，請出被貶彭澤侯的武陵王司馬遵，聲稱受天子密詔，以武陵王司馬遵承製總百官，加侍中、大將軍。
司馬遵入住東宮，代行天子職權，稱承製，對劉裕的這些任命照單全收，下令追拿桓氏一族。
三月十日，徐州刺史劉裕率軍返還京口，也就在這一天，桓玄帶着家眷、殘部到達潯陽，江州刺史郭昶之出城相迎，遵照桓玄吩咐給予輜重，補給兵力，桓玄在潯陽城稍加喘息。
劉裕命劉毅率何無忌、劉道規等人西進追擊桓玄，桓玄則令龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與江州刺史郭昶之一起防守湓口。
身在潯陽的桓玄惶恐難安，於三月十四日帶了司馬德宗等人離開尋陽前往江陵。
爲掩飾失敗，桓玄撰《起居注》，聲稱自己算無餘策，可惜麾下將士不聽調度，才致使大軍敗亡。
《起居注》寫完後，桓玄命人四處頒佈，讓遠近皆知其神武，反爲世人所笑。
南燕，廣固城。司馬休之、劉敬宣等人勾連青州大姓及鮮卑豪帥，準備刺殺慕容超，推司馬休之爲主。
事情暴露，慕容德大怒，殺劉軌，派兵追拿司馬休之等人。高雅之被擒身死，司馬休之與劉敬宣逃至淮水和泗水間躲藏。
司馬休之投奔建康武陵王，司馬遵任命他爲荊州刺史，督荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事，想倚靠司馬休之重振晉室。
劉敬宣則直接去了京口投奔劉裕，他與劉裕交情深厚，劉裕任命劉敬宣爲晉陵太守。
南燕慕容德也收到桓玄失敗的消息，命北地王慕容鍾徵軍十六萬，準備奪取長江以南的疆土。大軍尚未出發，慕容德又病倒了，南征之事再度作罷。
四月三日，桓玄抵達江陵，荊州刺史桓石康率衆迎接，桓玄在江陵繼續稱帝，以卞範之爲尚書僕射，桓謙爲侍中，桓胤爲吏部尚書，改南郡公府爲皇宮。
壞消息不斷傳至桓玄耳中，先是桓歆與楊秋攻打歷陽，被新任豫州刺史魏詠之率諸葛長民、劉敬宣、劉鍾等人擊敗，斬楊秋。
接着是何無忌、劉道規追擊桓玄，與駐於桑落洲上的何澹之大戰，大破楚軍，趁勢佔領尋陽，將司馬氏牌位送回建康。
桓玄下旨募軍，桓家在荊州深耕五十年，百姓數代人受桓家恩惠，二十餘天內便募得二萬餘人，加上荊州本來的兵馬以及江州郭昶之補充的兵力，兵馬超過四萬，戰艦超過千艘。
襄陽，楊安玄得知桓玄招兵買馬整飭戰船，知道他將與劉裕決一死戰。按歷史走向，桓玄兵敗身亡，江陵被朝庭奪回。
現在桓玄與劉裕交戰，無暇顧及雍州，對楊安玄來來說正是開疆拓土之機，命傅弘之率三千兵馬從當陽回返，再從襄陽出兵二千，準備奪取梁州。