劉裕被盧循所派的偏師吸引，前往白石壘駐守，徐道覆得到回報後率領變民軍精銳強攻淮口查浦。
淮口及查浦塢外密樹木柵，將通路阻斷，徐道覆下令以小船載引火之物靠近，以火箭點燃火船，立時烈焰升騰，濃煙滾滾。
待木柵被燒盡，徐道覆帶着艦隊登秦淮河南岸，繞開查浦往東直往張侯橋。張侯橋，三國時吳國婁侯張昭所建，故名。橋東便是越城塢，建武將軍王仲德率軍駐守於此。
查浦駐將徐赤特見亂民軍從塢下經過時隊形雜亂，毫無陣形，動念攻擊。派人請示石頭城中的沈林子，沈林子以“人少不宜出擊，要堅守待援”勸阻。
這位徐參軍聽過當年劉錄尚書事以一人逐千人的壯舉，認爲賊軍人數雖多，但塢中有千餘將士，對付烏合之衆的變民還不是手到擒來。
立功心切，於是不聽沈林之的命令，徐赤特率領查浦塢中的將士出戰，準備趁變民過張侯橋時銜尾攻擊，與越城塢內外合擊大破敵。
美夢很快被現實粉碎，剛出查浦不遠，後方伏兵四起，徐道覆率軍截斷後路。徐赤特一看中計，忙下令突圍回查浦塢。
亂民軍結成弧陣，手持兵刃皆是繳獲晉軍，裝備精良，不次於徐赤特的兵馬，人數更遠在其上。徐赤特急着返還查浦，指揮兵馬直衝，結果傷亡慘重。
看到麾下紛紛倒地，徐赤特傻了眼，原來錄尚書事的神勇不是每個人都能做到。仗着水性好，徐赤特脫了身上的甲冑，鑽過木棚，跳入秦淮河中，遊向北岸。
徐道覆將官軍殲滅，回師攻打查浦，查浦內只剩下二百官軍，變民軍很快攻佔了查浦。
得知查浦塢丟失，沈林子大驚，一面派人向劉裕告急，一面與劉懷慎帶了兩千兵馬趕往朱雀橋。秦淮河上二十四橋(1)皆是浮橋，以朱雀橋最大，正對建康南門朱雀門，橋南東側便是烏衣巷。
過朱雀橋便是御道，由南往北是鹽市，太社和太廟，百官府舍，盡頭便是皇城宣陽門，若讓變民軍過了朱雀橋，建康城便只剩下皇城可守了。
秦淮河上的其他浮橋皆已拆除，只留下朱雀橋還在通行，方便從北岸支援南岸。
沈林子趕到時，變民正在攻打越城塢，尚未過橋。沈林子鬆了口氣，率軍過橋，此時烏衣巷中世家組織了二千部曲前來增援。
生死關頭，官軍與世家部曲全力合作，沈林之領着軍隊憑着木柵而守。徐道覆率軍衝了兩次，見防禦森嚴，索性帶了兵馬一路往東攻打丹陽郡。
此時，盧循率大軍從查浦登陸，沒有爭奪越城塢，而是直接加入攻打丹陽郡。參軍禇叔度見變民軍數量已經超過四萬，知道守不住了，趁着圍三闕一之際，保護丹陽尹的郗僧施等人通過朱雀橋逃過秦淮河，丹陽郡被變民所奪。
劉裕得知查浦塢丟失，變民軍已經登陸的消息，知道中計，盧循主攻的方向在淮口，急忙帶了兩千精銳返回石頭城。
回到石頭城天近傍晚，收到丹陽郡丟失的消息，索邈、劉鍾等人請求即刻援救越城塢，奪回丹陽郡。
劉裕沒有急着過秦淮河，而是讓兵丁先行喫飯歇息，等恢復精力後才過朱雀航來到南塘一帶佈防。
劉裕命劉懷慎率北伐精銳以及歸降的燕兵千人，持長矟(槊)列長陣以待。亂民所持刀槍短於長矟，未等及近便被長矟刺死。
一個時辰不到，六千兵馬便死傷千餘，徐道覆見晉軍鬥志旺盛，率軍退回丹陽郡。
徐道覆來見盧循，準備晚間帶人潛過河去，盧循卻告訴徐道覆一個不好的消息：軍糧只夠十日所需，讓他先帶人搜尋糧草，擇機再戰。
晚間，秦河岸北岸燈火通明，整個堤岸有如長長的火龍，每隔五十步便有一座箭樓，徐道覆率軍潛至驃騎航處，浮橋已拆，河對岸燈火通明，人影幢幢證。
軍中將士夜間視物困難，強行進攻損折太大，徐道覆心知無機可趁，只得作罷。
第二天，盧循派兵南下前往長幹裏、小長幹、東長幹以及南市一帶搜尋糧食，劉裕早在他們到來之前便把百姓遷入建康城中。一天下來，變民軍所得甚少。
徐道覆繼續率領兵馬攻打秦淮防線，盧循坐鎮丹陽郡，派出大量兵馬南下搶掠，可是沿途村莊早已空無一人，便連附近的縣城也人去城空，田中稻穀要到八月才熟，現在只能餵馬。變民軍的糧食補給多靠番禺、始興和潯陽方向走水路運送。
六月八日，天子新任劉裕爲太尉、中書監，加授假黃鋮，把建康城的安危交於他的手中。劉裕受黃鋮，辭太尉和中書監。
戰事僵持，自六月十五日開始，有兵丁成羣結隊從襄陽返回建康城，十天時間便聚集近四千人。劉裕沒想到楊安玄居然真的放歸了被變民軍俘虜的朝廷兵馬，辨識之後將這些兵丁充實到秦淮防線中。
郗恢、陰友齊等人表奏楊安玄之功，司馬德文得知襄陽將大半被俘官軍遣返、建康城中戰力提升的消息，下旨擢升楊安玄爲衛將軍，頂了劉毅的缺。如此一來，朝廷職級最高的將軍便是楊安玄了。
接連十餘天，變民軍在徐道覆的率領下與晉軍展開激戰，可是想盡辦法也衝不過秦淮河，而且官軍有越戰越勇之勢，變民軍士氣低迷。
徐道覆發現北府軍訓練有素，相比之下自家軍隊真是一羣烏合之衆，什麼戰陣戰術根本不懂，只知憑藉血勇之氣亂殺一氣，順風時士氣高昂，遇逆則垂頭喪氣。
盧循也有些垂頭喪氣，被晉軍阻在秦淮河南岸將近月餘，糧草補給越發變得困難，再不走恐怕走不了了。
等徐道覆歸來，盧循道：“此次攻打建康歷時一個多月，糧草將盡，不宜再滯留。愚有意率師回潯陽休整，然後奪取荊州，再慢慢與建康爭戰。”
攻不過秦淮河，麾下兵馬士氣低落，徐道覆亦打算撤出建康休整一番後捲土重來。爲防晉軍發現大軍撤走，徐道覆依舊帶着兵馬進攻南塘、越城一帶，盧循率軍撤出丹陽郡，在淮口一帶駐紮，派遣船隻攻打石頭城。
得知石頭城被攻，劉裕回到石頭城，此時他信心百倍，這幾日變民軍的進攻變得有氣無力，分明師老兵疲，只需抓準時機便能擊潰盧循大軍，解建康之圍，立不世之功。
變民軍圍城月餘，劉裕的聲望如日中天，不僅在民間口碑極佳，另一方面劉裕與京中門閥的關係得到了改善。