秦清下令讓戶部尚書秦道遠會同刑部尚書景修，追繳國庫一應欠款以及被貪墨之銀兩，命楊呂清查皇帝內庫銀兩。凡貪墨之人，嚴懲不貸。
秦清又下令：“敢有傷人及掠人財物婦女者殺無赦。敢有哄擡糧價、囤積居奇者殺無赦。重新開放漕運，調糧入京，平抑糧價，敢有從中貪墨私吞者殺無赦。”
秦清第三道命令是清查各部庫存，如兵部、工部等衙門，都有自己的“私庫”，其中牽扯的銀錢都在百萬之數，此事則由秦不二負責。
在秦家的四位門客中，秦不三和秦不四兩人顛三倒四，不堪大用，可秦不一和秦不二卻是頗有才具，完全可以勝任。
最後，秦清委派禮部尚書梅盛林和工部尚書霍四時準備登基祭天大典的一應事宜。
六月十五，秦清在帝京城外南郊舉行登基大典，祭告天地，定國號爲“玄”，寓意黑水起源之地和道門的別稱玄門，建元太平，改“載”爲“年”，冊封白繡裳爲皇后，立秦素爲皇太女。
秦清並未大封功臣，他與羣臣約定，待到一統天下，開得太平，再行論功行賞。
大玄太平元年，七月初五，秦清頒佈《諭中原檄》，以兵部尚書秦襄爲大將軍，率軍二十五萬，南下中州、蘆州、楚州、荊州。
如今遼東掌握了遼州、奉州、幽州、齊州、晉州、直隸等地，兩京一十九州已得三分之一，若是能攻取中州、蘆州、楚州、荊州等四州之地，便佔據半壁江山，其餘地方，傳檄可定。
不過這四州之地，卻並非沒有抵抗之力。當日帝京之圍，共有三路勤王大軍，其中幽燕總督徐載元兵敗身死，全軍覆沒，晉州被玄軍順勢攻佔。荊楚總督趙冰玉同樣兵敗身死，不過楚州、荊州、蘆州等地因爲距離遙遠的緣故，並未被玄軍攻佔，待到趙良庚和燕王逃出帝京，兩人會同秦中總督，於六月三十，擁立燕王世子徐載鈞在江州金陵府登基稱帝，改元永武，繼續沿用“大魏”國號。
徐載鈞登基之後，仍舊以趙良庚爲內閣首輔，加封自己的父親燕王爲太上皇。
不過秦清不再承認大魏，所以大玄朝廷在徐載鈞等人的稱呼前加上了一個“僞”字，正如當初大魏朝廷稱呼西北大周爲“僞周”一般。徐載鈞被稱作“僞帝”、“僞永武帝”，以“僞魏”區分於“前魏”。因爲其位於南方，許多人私底下稱其爲“南魏”小朝廷。
如此一來，天下間竟是有了三個帝王，分別是大玄朝廷秦清、大魏朝廷徐載鈞、大周朝廷澹臺雲，不過明眼人都能看得出來，大玄朝廷佔據帝京城，懷有“傳國璽”，兵鋒最盛，已有正統氣象，卻是其他兩家不能相比。
不過南魏小朝廷也有幾分底氣，關鍵在於秦清和李玄都的均田賦之策，雖然得了百姓之心，卻是大大得罪了各地士紳，哪怕道門擊敗了儒門，各地士紳仍舊是同仇敵愾，緊緊圍繞在南魏朝廷周圍，誓死不降。
道理十分簡單，由儉入奢易，由奢入儉難，讓這些士紳老爺們去做一個自食其力的普通百姓，還不如一刀殺了他們，他們自然要奮力一搏。
不過這種情況也在李玄都和秦清的預料之中，在兩人看來，不怕這些士紳反抗，只怕他們不反抗。新朝事事都要把事情做在明處，力求光明正大，士紳們不反抗，新朝就必須按照規矩行事，丈量、清退土地，追繳欠稅，如此下來，只是大士紳變成小士紳，可還是士紳。可如果士紳們反抗，那麼性質就全然不同了，必須抄家滅族，其財產收歸國庫，土地分給百姓，解決問題更爲徹底。
秦襄此番領軍出征南魏四州之地，除了大玄將士的戰力遠勝南魏的殘兵敗將之外，還有一個關鍵，那便是這四州之地中都有道門勢力，到時可以起兵呼應，而且清微宗的水軍已經順流而下，直奔大江入海口。
秦襄是沙場宿將，從收復西北到北伐金帳，再到南下入關，一生經歷大小戰事不下百餘場，行事穩重，不會輕敵冒進，以二十五萬大軍配合水軍齊頭並進，又有道門和依附道門的各路世家暗中配合，在秦清看來，南魏小朝廷不足爲慮。
在此期間，李玄都的精力則主要放在儒門身上，他不殺一衆儒門大祭酒、山主，就是爲了讓這些大祭酒、山主來幫他穩定局勢，畢竟以道門現在的力量，還無力在短時間內全面接手儒門留下的權力真空，僅就眼下而言，扶持一個聽從自己命令的儒門來協助道門掌控天下，是最合適的辦法。這也是李玄都主張三教合一的緣故，在三教合一的名義下，扶持儒門就顯得順理成章。
張靜修、李道虛、秦清三人在北邙山翠雲峯上清宮祭天，重立道門，三人被尊稱爲掌教大真人，是爲初步整合道門。
李玄都如今決定在三人基礎上更進一步。
主要便是增設一位大掌教，又稱掌教大真人，統領道門上下。大掌教不能實行繼承製，不能以師徒、血緣、伴侶的關係進行繼承，而是推選制，類似於上古時的禪讓制。
在大掌教之下，設有三十六位真人和三位大真人，三位大真人是爲副掌教，在大掌教空缺或者暫時無法履行職權時，三位副掌教輪流代行大掌教權柄，重大事宜則由三位副掌教共商而決。
三十六位真人擁有推舉大掌教的資格，也擁有被推舉成爲大掌教或者副掌教的資格，地位尊崇，在道門位於第三層級，僅次於大掌教和三位大真人。
先前李玄都封玄真大長公主爲玉盈真人，又封上官莞爲棲霞真人，便在三十六位真人之列。
李玄都深知事情不能一蹴而就，先前的道門散落成二十餘個宗門，現在想要一下子便將二十個宗門整合成道門是不現實的，故而他決定暫緩一步，效仿儒門的理學、心學之分，在宗門和道門之間恢復“道”一級，也就是太平道、正一道、全真道，分別對應三位大真人，三位大真人既是副掌教，又是三道首領。
正邪兩道二十二個宗門，除去無道宗、道種宗、金剛宗、真言宗，還有十八個宗門。再除去靜禪宗這個佛門宗派，還有十七宗，李玄都打算將蜀山劍派、唐家堡遞補進來，並將兩家以及其他蜀州勢力合作一家，稱蜀山宗，將天樂宗、渾天宗、真傳宗等幾個小宗併入忘情宗中，統稱真傳宗，總共十五個宗門。
如此便是三道十五宗，每道五個宗門。
按照李玄都的設想，太平道包括清微宗、太平宗、補天宗、皁閣宗、牝女宗。正一道包括正一宗、慈航宗、法相宗、蜀山宗、真傳宗。全真道包括陰陽宗、妙真宗、東華宗、神霄宗、玄女宗。
太平道作爲李玄都的嫡系，同時擁有清微宗和補天宗兩大宗門，又有太平宗這個財神爺，最爲勢大。
正一道中的蜀山宗、真傳宗皆是幾方勢力整合而成，實際數目遠不止五宗之數，又有慈航宗這個財神爺，再加上正一宗這個老牌大宗，也不遜色太多。
如此一來，全真道雖然擁有陰陽宗這個大宗，但還是最爲勢弱，李玄都爲平衡三方勢力，將巫咸、陳眠、納蘭絮、玉盈真人歸入全真道之中，使全真道不遜於另外兩道。
三道之間，你中有我、我中有你，就如劃分州界，犬牙交錯，使其不能形成獨立割據之勢。
再有就是三位大真人的人選，李道虛和張靜修已經飛昇離世，秦清登基稱帝之後，也不再適合擔任大真人，李玄都則要出任大掌教，三位大真人的人選便要從一衆宗主中挑選。
首先是太平道大真人，李玄都要選一個能夠同時壓服清微宗和補天宗之人，除了李玄都本人之外，秦素是不二人選。
其次是正一道大真人，因爲白繡裳已經成爲皇后的緣故，執掌兩大仙物的大天師張鸞山無論身份資歷還是境界修爲，都是最合適人選。
最後是全真大大真人，李玄都決定讓上官莞以地師身份出任，一則是因爲上官莞立有大功，二則是上官莞境界修爲極高，三則是上官莞更爲年輕。同時李玄都決定保留上官莞的棲霞真人身份，這是秦素和張鸞山不能相比的。
至於張鸞山和上官莞的聯姻，考慮到兩人的境界修爲，多半沒有子嗣，倒是不怕兩人會形成世襲門閥。
爲此，李玄都還專門詢問過上官莞的意見，上官莞得知自己能夠出任大真人後，大喜過望，主動提出將棲霞真人的名號讓給姚湘憐，李玄都考慮之後，同意下來。
李玄都又徵求其他人意見之後，初步草擬了除去三位大真人和出仕之人的三十六位真人的人選：張海石、李非煙、陸雁冰、雲承宗、寧憶、沈元舟、陸時盈、蘭玄霜、柳玉霜、冷夫人、陸時貞、司徒玄略、顏飛卿、蘇雲媗、張岱山、左雨寒、齊飲冰、唐婉、樓心卿、谷玉笙、百媚娘、姚湘憐、陳眠、納蘭絮、玉盈真人、萬壽真人、太微真人、三玄真人、李世興、鍾梧、王仲甫、諸葛鏨、蕭時雨、玉清寧、魏臻、石無月。
其餘齊王門客、李太一等人，則打算出仕，進入大玄朝廷。