當初兩人選擇了三處大婚地點，分別是遼東、齊州、蘆州，如今遼東和蘆州已經不合時宜，帝京城內局勢未定，前朝宗室、勳貴還未處理完畢，景修又因爲清查國庫而掀起了一場大案，城內氣氛頗爲肅殺，也不適合舉辦婚禮。最終李玄都決定在八景別院與秦素完婚，這個重擔便落在了李家人的頭上，張海石爲此專門返回蓬萊島，將船隊的事情交由李太一暫且掌管。
李玄都已經和秦清議定，大玄朝廷不能像大魏朝廷那樣閉關禁海，不僅要開放海禁，還要興建水師，初步定爲三大水師，分別是：北海水師、東海水師、南海水師。其中北海水師以補天宗的船隊爲主，東海水師以清微宗的船隊爲主，南海水師以慈航宗的船隊爲主，三宗也不是將船隊全部交出，仍舊保留了半數以上的船隊。
大魏的早期軍制是指揮使鎮守地方，總兵官是爲臨時職務，是大軍出征時的最高統帥。待到後來，衛所制度開始崩潰，總兵官成爲地方駐守最高武官，取代了指揮使的職能。嚴格來說，雙方互相併不統屬，故而要由更高的總督來居中協調指揮。
在總兵官氾濫且成爲常設官職之後，若是大軍出征，最高將領掛大將軍印，被尊稱爲大將軍，大將軍便如早期的總兵官一般，並不常設，是爲臨時官職，戰事結束便要上繳大將軍印。大將軍權力極大，可以統轄戰區內全部軍政大權，節制戰區內的總督、巡撫，故而秦襄掛大將軍印出徵時，總督之尊的秦道方也要以秦襄的意見爲主。
秦清決心除青鸞衛等幾個特殊衛所之外，廢除大部分衛所制度，新建的水師實行募兵制，因爲三大水師並不侷限於一州之地，而是橫跨數州，故而其主將也並非普通總兵官，仿照京營，設提督軍務總兵官，高出普通總兵一級。
至於青鸞衛，從青鸞衛都督府降爲青鸞衛。
按照衛所制度，分爲都、衛、所三級。都指揮使司簡稱都司，最高長官爲“都指揮使”，正二品，隸屬於隸五軍都督府。都指揮使司下面設衛，長官爲“衛指揮使”，衛下面是所。皇帝親軍上二十二衛，稱“親軍指揮使司”，不隸五軍都督府。
“衛”正常上面是“都”，但青鸞衛的全稱是“青鸞衛親軍指揮使司”，是直接隸屬於皇帝，所以沒有上面的“都”，自然也沒有“都指揮使”，只有“衛指揮使”，正三品。
這是爲數不多決定保留的衛所，由楊呂出任指揮使，雖然品級不高，但無疑權重，秦清又加封楊呂爲少傅，從一品，也不算委屈楊呂這位天人造化境大宗師。
如果不出意外，李太一會代表清微宗成爲未來東海水師的提督軍務總兵官。同時秦清還打算裁撤齊州總督、幽燕總督，設齊州巡撫、晉州巡撫、直隸總督，由直隸總督兼管東海水師和齊州巡撫。直隸總督的人選便是現在的齊州總督秦道方。
另外兩大水師，由遼東總督節制北海水師，由未來的江南總督節制南海水師，總督成爲真正的封疆大吏。
再有就是，秦清決定在廢除衛所制度的同時裁撤名存實亡的五軍都督府，收權於兵部，兵部又聽令於內閣，內閣集軍政大權於一體，直接聽命於皇帝，最終的決定權還是在皇帝手中。
總而言之，內閣統領六部、都察院、地方督撫，內閣成員由六部尚書或其他重臣充任，內閣擁有票擬之權，廢黜宦官之後，皇帝直接掌握批紅之權，擁有最終決定之權。
這是官職上的變化，除此之外，秦清也儘可能地精簡勳官、散官、爵位。
大魏素來有職官、勳官、散官之分，職官就是真正掌握實權的官職，比如六部九卿、地方督撫等等，散官又稱散階，沒有職權，只是個空名，享有對應品級的待遇。
勳官則是類似於爵位，又不完全相同。比如大名鼎鼎的“上柱國”便是正一品的勳官，比如某些重臣故去時，皇帝贈“上柱國”，便是封賞勳官。
秦清決定廢除勳官和散階制度，只保留爵位制度。爵位自皇帝以下，分爲七等：親王、郡王、公爵、侯爵、伯爵、子爵、男爵，不論內外，不得世襲罔替，依次遞減，直至庶人。
同時秦清又保留了“三公”、“三孤”、“三師”、“三少”，也就是：太師、太傅、太保、少師、少傅、少保、太子太師、太子太傅、太子太保、太子少師、太子少傅、太子少保等十二個榮譽官職，並無實權，用以加封或追贈。
當年張肅卿就曾被加封太師，被視爲位極人臣。不過按照規矩，加封太師之後，皇帝要執弟子禮，所以很少有人能生前加封太師，大多是死後被追贈。同理，儲君對太子少師也要執弟子禮。
當秦清將消息放出之後，朝野議論紛紛，沒有幾人敢奢求“三公”，能夠傳給子孫後代的爵位纔是關鍵，如今還要看趙政和秦襄的爵位如何，才能確定其他人的爵位。這兩位一個是文臣之首，一個是武將之首，若能得王爵，其他次一等之人也許能封公爵，可如果兩人僅僅是公爵，那麼其他人就是候、伯爵位了。
至於秦道遠和秦道方二人，身爲宗室，不能一概論之，多半都是王爵，可就算如此，宗室也顯得十分單薄。
如今秦道方身爲地方督撫，並不在帝京城中，秦道遠跟隨秦清來到帝京，除了擔任戶部尚書之外，還兼了宗人令，只是如今宗室人數稀少，也沒有什麼好管的，主要就是會同禮部尚書梅盛林一起將前朝徐家諸帝遷出太廟，再將秦家祖先遷入其中，算不得什麼難事，關鍵是繁瑣。
秦清忙於內政，秦襄的戰事卻是極爲順利。
在太平宗的協助下，秦襄於七月底攻佔了蘆州全境，楚州成爲一處孤地，各府縣紛紛請降，幾乎是不戰而下。在此過程中，沈元重、許飛白等人戴罪立功，秦襄上奏朝廷之後，任命沈元重爲蘆州巡撫，任命許飛白爲楚州布政使。
如此一來，便形成了雙方隔江對峙的局面，失去蘆州之後，千里江防，處處皆是破綻，渡江並非難事。
另一邊，上官莞、寧憶的和談也十分順利。
嚴格來說，白鹿先生、四位山主、寧奇、黃石元等人都是道門的俘虜，沒有談判的資格，而司空道玄沒有參與最後的帝京之戰，他才能夠真正代表儒門與道門談判。
此次談判，道門允許儒門保留四大書院，可三大學宮卻要廢黜兩座，只能保留一座，以此作爲對儒門的懲戒。人在屋檐下不得不低頭，司空道玄最終同意讓出萬象學宮，廢黜天心學宮，保留歷史最爲久遠的社稷學宮。
如今天心學宮還在謝恆、楊松、邸姜夫人、金蟾叟、赤羊翁等人的手中，負隅頑抗，南魏小朝廷的背後也少不了他們的支持，所以天心學宮是必然要被廢黜的。至於萬象學宮，則是司空道玄高風峻節了，他雖然是萬象學宮的大祭酒，但考慮到社稷學宮曾出過亞聖和荀卿等先賢，歷史最爲悠久，而萬象學宮的前身是明空女帝修建的萬象神宮，不足以與社稷學宮相提並論，於是主動保存社稷學宮。
和議之後，司空道玄自稱無言面對歷代先賢，主動辭去大祭酒之位，歸隱山林。
李玄都得到消息之後，一邊調集道門天人境以上的高手，準備剷除儒門最後的抵抗勢力，一方面又下令改萬象學宮爲萬象道宮，驅逐其中儒門弟子，改爲祭祀太上道祖、南華道君、楊朱等道門先賢，同時李玄都感念師父李道虛曾在此地求學，又下令在萬象學宮內增設師父李道虛的牌位，位於諸位先賢之後。
此事由寧憶全權負責，陸時盈協助。
寧憶當年也曾是萬象學宮的弟子，可如今卻成了道門之人，反過頭來改建萬象學宮爲萬象道宮，不得不說造化弄人。不過李玄都此舉並非故意使寧憶難堪，他打算將未來的萬象道宮發展成爲一處類似於太學的求學之地，召集各路名師在此傳道受業，不定期請部分真人、大真人在此講學，凡道門弟子，皆可來此深造，由寧憶出任第一任宮主。
陸時盈也就是陸夫人，只是暫時協助，在成立道門之後，李玄都會仿照客棧的結構設六堂，其中專管財政者爲度支堂，由陸時盈出任首任堂主。
和談之後，在上官莞的指揮下，以陰陽宗、皁閣宗、真傳宗爲主的道門勢力，大舉進入中州，秦中總督王檀承受不住道門的巨大壓力，在失去最後的庇護後，主動請降。
秦清任命王檀爲中州巡撫，任命李如是爲秦中總督。
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