然而，由於大明的內部結構問題有祖制上的嚴格限制，以及高務實本人的年紀限制了他進入名正言順意義上的朝廷頂層，他對政治體制的改革顯然遠遠落後於他對經濟、軍事的改革。
這就意味着，大明朝廷內部腐蝕問題迄今爲止幾乎依舊如故，黨爭不過是最明顯的問題，而在黨爭之下，還有一些更加深層次的麻煩，即個人利益的無限膨脹甚至能影響整個黨派。
正如實學派內部形成了以高務實爲首的高黨和許國、沈鯉聯盟一樣，心學派內部的問題也隨着舒應龍這次暗中推動的漕軍暴動而逐漸浮出水面。
從本質上來講，心學派本身的內部結構比實學派還要鬆散一些，他們對於很多具體的事務甚至不如實學派那樣看重。
他們重視的是一種學說——即心學的推廣與流傳，寄希望於通過朝廷高層的思想統一來使朝廷按照心學思維來運行。
如果單從這一層面來看，心學派作爲一個“道德實學”的學派，其根本目的是達成“君子之政”，即朝廷上下人人都是君子，按照君子應有的禮義道德來推動社會運行。
這種想法或許是很美好的，但在高務實看來，這就好比是要在社會生產力水平極低的封建時代搞成共產主義一樣，理念看起來十分美好，但其實根本不可能做到。
生產關係必須符合生產力水平，這是高務實小學時就聽說過的，中學階段基本上就形成了牢固思維，大學階段則明晰了其中原理，根本不必在這個理論是否正確方面有任何質疑。
所以高務實不搞心學那套，而是老老實實推行實學，勤勤懇懇推動社會生產力。
心學派顯然不認可這些東西，他們依舊按照自身利益與實學派相爭。然而在高務實的各種實政實效面前，心學派在朝中的日子算是王小二過年，一年不如一年。
眼瞅着高務實在伐元之戰勝利結束之後要形成強勢的入閣衝擊，實學、心學兩派的政治平衡極有可能因此打破，心學派全面被實學派壓倒的可能性倍增，有些人開始脫離申時行、王錫爵兩位大佬的控制，開始有了將自身利益凌駕於黨派利益之上的舉動。
就如舒應龍這次的“黃雀行動”一般，他表面上支持王錫爵引起漕軍騷動的計劃，卻故意“用力過猛”，使漕軍騷動變暴動。
王錫爵希望控制規模搞個千餘人規模的騷動，引起朝廷警覺，審視對伐元的過度投入，然後通過正規的黨爭手段，逼迫朝廷壓縮高務實手中的資源，如兵力、財力方面。其最終目的是使得高務實無法對殘元進行徹底掃蕩，把局面拉回到“正規”，繼續此前的政治對峙。至於其他事，那都要走一步看一步，等以後再說。
如果一切按王錫爵所想，大明朝廷當然浪費了大量精力、金錢和時間，卻沒能完成預定戰略，但站在心學派的角度卻至少穩定了朝中的政治平衡，對他們來說是划算的，風險也是可控的。
至於說朝廷大戰略破產，那個雖然很遺憾，但也不必過於在意——高務實這次沒搞成不要緊，將來有機會了我們心學君子們自然會去搞定嘛！
八面玲瓏、遇事隱忍的申時行當然是典型的“保守派”，而相對出手更狠辣、更果斷的王錫爵就被下面的官員視爲“激進派”。可是，對於下面的一些人而言，王錫爵的“激進”也還不夠，還需要有人爲他加一把火。
舒應龍此舉，當然就是在爲王錫爵加火。不止於此，舒應龍本身還要在這其中撈足好處——你王閣老可以是此次行動的發起人，但我舒應龍必須是直接負責人，並且在其中承擔更大的責任，爲將來的上位打下堅實的政治基礎。
所以，舒應龍悄然行動，將事態嚴重化、擴大化，把千餘漕軍騷亂變成數萬漕軍暴動，把危險可控的鎮江、揚州漕軍騷亂變成南京漕軍暴動。
“兩京制”下的南京遭到數萬暴動的漕軍攻打，這其中的政治風險將十倍於王錫爵的計劃。這就逼得朝廷必須立刻有所行動，並且在高務實不可能立刻插翅飛抵南京的情況下將平定這場暴動的任務交給他舒應龍這個漕運總督。
這就是內部腐蝕，就是個人利益凌駕於黨派利益，乃至凌駕於國家利益。
而這也意味着心學派在實學派的強壓之下，同樣出現了內部思想的分裂，形成了新的變化。與此同時，申時行、王錫爵作爲成熟穩重的老派政客還不得不姑息這種分裂，寄希望於彌縫內部不和，爭取先穩定當前局面，日後再作清算或者整肅。
不過，申時行和王錫爵可能還是小看了朱翊鈞此時此刻的膽量與氣魄。在得到南京被暴動漕軍攻打的消息之後，萬曆天子的第一反應不是驚慌，而只是單純的震怒。
內閣全體閣老及兵部尚書周詠被第一時間召集到文華殿面聖，朱翊鈞只是簡單詢問了一下暴動緣由，以及目前南京是否被暴動漕軍佔據，然後就直接詢問吳兌、梁夢龍和周詠三位平叛之戰該如何打。
這三位不是主管過兵部的就是正在主管兵部的，雖然目前得到的消息不太細緻，但至少可以明確一點，南京城還在朝廷手裏。
吳兌是以往負責兵部的閣老，在梁夢龍入閣之後，他名義上也還可以過問兵部事務，但實際上主要卻在幫高務實的戶部說話；梁夢龍直接管兵部之事，但大多是在戰略層面，戰術層面主要還是得讓大司馬自己來。
因此，周詠不得不站出來準備回答皇帝的問題。然而這個局面卻並非申時行與王錫爵希望看到的，只是王錫爵作爲羣輔，皇帝問到的事與他的執掌無關，不太方便直接插話打斷，於是申元輔不得不站了出來。
申時行作爲首輔，當然是對任何事情都有發言權的，因此搶在周詠開口回答“如何打”之前道：“皇上，臣以爲此刻不宜先論及如何武力平定，甚至不該貿然將此次事件定義爲暴亂。”
這話與朱翊鈞的觀點是衝突的，但大明的傳統力量足夠強大，縱然是皇帝也不能不給堂堂首輔說話的機會，只能耐着性子，一臉尊重地頷首道：“申先生有何高論教朕？”