爲了抵禦河套地區的蒙古部落，“弘治年間，設總制於固原，聯署陝西諸鎮”。自此，位於西北地區的延綏、寧夏、固原、甘肅四鎮因軍事形成了一個共同的防禦區域。
在陝西三邊四鎮軍事防禦區域裏，總制陝西三邊大臣負責統一調度。總制陝西三邊，管轄陝西、延綏、寧夏、甘肅四鎮軍務，各鎮巡官均受其節制。弘治十年，總制大臣一員初議奏設。同年十月，任命左都御史王越總制甘、涼各邊。
彼時，王越所任總制一職並非總制陝西三邊，其管轄範圍只有甘肅鎮的部分地區。弘治十一年，纔開始出現“總制三邊軍務”的官稱，但其具體的管轄範圍並不十分明確。自王越離開之後，總制一職連續空缺三年。
直至弘治十四年九月，因北方蒙古部落毀壞花馬池邊牆，搶掠固原、安會等處，兵部推舉戶部尚書秦紘總制陝西、固原等處軍務。弘治十七年，“適虜賊不住套”，因此秦紘召回戶部。
此後，總制一職便開始視邊情緩急而設。例如弘治十八年，蒙古部落又在花馬池北柳楊墩處毀壞邊牆，攻陷靈州清水營堡，再度搶掠固原、安會等處。
爲此，正德元年任命楊一清爲總制，負責管轄陝西、寧夏、延綏。正德十年，陳天祥以提督身份統管陝西三邊軍務。此後，陝西三邊間或由“提督”管轄軍務。同年五月，時任提督陝西三邊軍務彭澤乞休致仕後，陝西三邊軍務官職再次空缺，這次空缺時間長達五年。
直至嘉靖元年，總制陝西三邊一職纔再次出現，由兵部左侍郎李鉞擔任。李鉞就職總制一職，其任務是爲了處理亦卜剌侵擾一事。
嘉靖二年，“上以陝西事寧，取鉞還朝”。嘉靖三年十一月，吏部右侍郎孟春奏設總制大臣兩人，一人總制宣府、大同，一人總制陝西三邊。
此次陝西三邊總制的奏設，主要是爲了及時防禦吐魯番的入侵。同年十二月，又將陝西三邊總制改設爲提督。嘉靖七年八月，總制陝西三邊正式確立。嘉靖十五年，將陝西三邊總制改名爲總督。
自此之後，陝西三邊總督負責管轄陝西三邊四鎮的軍務。由此可見，總制陝西三邊，自弘治十年初議，至弘治十四年開始成爲定製。
在這一時期，總制陝西三邊的任務主要是爲了防禦蒙古部落的南侵。期間，總制陝西三邊一直常有空缺，一旦北方蒙古部落大舉南下，三邊防守告急，朝廷便立即選任總制，集合四鎮兵馬以作防禦。
而當蒙古軍隊暫時撤退，三邊軍情稍緩，總制便立即回京復職。而弘治十四年至正德三年間，總制陝西三邊大臣管轄範圍一直未涉及甘肅鎮。
甘肅鎮一開始並未加入陝西三邊防禦區，這與蒙古入侵河套的路徑相關。
就整個陝西三邊四鎮而言，地處西陲的甘肅鎮並非是重點防禦區。總制陝西三邊大臣、三邊總督的防守重點最初也集中在花馬池一帶。因爲其地是蒙古部落入侵陝西三邊的一個重要入口，所以有規定“三邊總督於五六月間，親臨花馬池調集延、寧奇遊等兵赴平虜城等處併力防禦”。
而嘉靖初期，吐魯番勢力擴展至嘉略關內，甘肅鎮西部開始出現邊患告急的情況。這一時期，甘肅鎮因三面被包圍的邊防形勢，己無暇支援河東邊鎮，陝西三邊各鎮也由統一協調轉而專區自守。
自此之後，總制陝西三邊就必須開始負責防禦亦卜剌與吐魯番的入侵，而甘肅鎮自然也就由此成爲防禦的重點區域。
在陝西三邊防禦區域中，北方蒙古部落主要駐紮在河套地區，靠近延綏。其侵略路徑主要是從延綏入寧夏，再由寧夏進甘肅邊界。
就在高務實與宋應昌談及這一話題之後，宋應昌叫人送來了《甘肅鎮戰守圖略》。這是一套系統圖略，不僅有現在的形勢，還有過往歷年的圖示。
高務實認真看了看，發現從這套圖略可知，嘉靖二十三年時，北虜由寧夏入甘肅鎮的路徑主要分爲三路：
一是由寧夏鎮靖虜衛蘆塘湖入界，侵擾紅城子堡、莊浪衛、鎮羌驛堡等處；二是由寧夏賀蘭山入界，侵擾涼州衛、古浪守禦千戶所、鎮番衛等處；三是由亦集乃、兀魯乃入界，侵擾鎮夷所、高臺所、肅州衛所等處。
在這三條入邊路徑中，由寧夏賀蘭山入界的路徑是嘉靖初期形成的，至嘉靖中期已成爲北方蒙古部落南侵甘肅鎮的主要路徑之一。
成化十年，巡撫寧夏都御史徐廷章、鎮守都督範瑾奏修河東邊牆，形成了自黃沙嘴至花馬池長達三百八十七裏的長城。這道長城爲抵禦河套地區的蒙古部落南侵起到了重要作用，陝西三邊暫時未有蒙古部落大舉入侵。
直至弘治十四年，河套地區的蒙古部落由花馬池拆牆南侵，搶掠固原、安會等處。河東邊牆的毀壞，致使防禦河套地區蒙古部落的屏障失守，陝西三邊邊患告急。
楊一清上任後，立即建議重修河東邊牆。但因修邊而造成軍民困敝，人怨四起，並沒有取得很好的修繕效果。第二年，楊一清稱疾解官，花馬池邊牆重修一事也暫時告停。之後，河套地區的蒙古部落仍繼續由花馬池一帶拆牆而入，侵擾固原等地。
至嘉靖元年，北方蒙古部落又毀壞圓山兒墩、石井兒墩等處邊牆，侵擾範圍南至涇州。此一時期，蒙古部落入河套境的路徑基本是由花馬池向南侵入，侵擾範圍主要是寧夏、固原等地。
嘉靖七年後，賀蘭山成爲蒙古部落入境的新路徑。當年正月十五日，蒙古部落從寧夏鎮北關踏冰過黃河，沿賀蘭山南行。
此時，位於賀蘭山以南的甘肅鎮成爲危險區，鎮守總兵官杭雄等在甘肅鎮東部沿邊的鎮羌堡預備防守。但因杭雄輕敵，蒙古部落大掠莊浪、寧夏。
對此，總制三邊尚書王瓊稱“套虜踏冰過河，由寧夏境賀蘭山內入莊、涼始於此”。但其實早在八月，駐紮在偏頭關外的蒙古部落，就已從賀蘭山後踏冰過河，駐莊浪進行搶掠。