當時的神聖羅馬帝國皇帝腓特烈二世並不尊重教會，這可能和他的童年有關，他的父親亨利六世因爲感染瘧疾忽然去世，還是個孩子的腓特烈二世和他的母親在被託孤大臣趕出了皇宮。
她設法讓自己的兒子加冕爲西西里國王，並且捨棄了德國的王位，然後在丈夫死去一年後，他的母親也去世了，她在去世前請求教皇英諾森三世對年輕的國王進行監護和教養。但實際上英諾森三世並沒有那麼做，年幼的皇帝幾乎是在歧視和虐待中長大的，他雖然戴着王冠，其實卻是個囚徒，沒有人關心他，有時連喫飯都成問題。
他幾乎和流浪兒無異，事實上在市井中他還能混口飽飯喫。他變得只相信自己、老於世故、見多識廣，對馬伕平等得交談，卻厭惡教廷派來教育他的教會人士，並且一直認爲他們是教皇派來監視他的。到了15歲那年，教皇英諾森三世爲他安排了婚事，娶比他大10歲的阿拉貢公主。
考慮到他15歲的年齡，即便大10歲，阿拉貢公主也仍然處於妙齡，在婚後不久就前往羅馬，在復活節前夕，監護者與被監護人見了此生中唯一一次。
由於當時神聖羅馬帝國皇帝奧托四世並不受教會控制，英諾森三世決定扶持腓特烈二世成爲皇帝。不過在此前腓特烈需要籤一份合約，即黃金訓令，神聖羅馬帝國與西西里王權分離，即成爲神聖羅馬帝國皇帝將放棄西西里王權，成爲西西里國王，將放棄成爲神聖羅馬帝國皇帝，並且承諾進行第五次十字軍東征，教皇滿意得認爲他控制住了15歲的腓特烈二世。
從教士到教皇是一個漫長的過程，通常被選舉成教皇的人年紀都不小了，等英諾森三世一死，他的繼任者是個優柔寡斷的人，他使得腓特烈二世不僅成爲德意志皇帝，而且還將西西里作爲他的“根據地”，甚至於後來皇帝把教皇國給包圍了起來。
1227年格里高利九世成爲教皇，他立刻命令腓特烈二世立即率兵東征，腓特烈二世聽命去了，卻很快折返，說是他的軍隊遇到了瘟疫。格里高利九世並不相信，以處以絕罰爲威脅，腓特烈二世只能再次出兵耶路撒冷。
這一次東征是歷史上絕無僅有的，他儘量避免任何戰場上的交鋒，通過談判兵不血刃得進入耶路撒冷，同時與耶路撒冷原國王的女兒結婚，自己成了新的國王。
格列高利九世譴責他與異教徒簽訂契約，並派兵攻打西西里，接着腓特烈二世就帶着幾乎沒有戰損的十字軍回意大利擊潰了教皇的軍隊，將教廷從羅馬趕了出去。繼任教皇們依舊覺得自己可以左右皇帝繼承權，甚至煽動腓特烈二世的兒子反對他。
反正到了1250年他們還駐在里昂，並在法國國王的支持下於1244年召開了大公會議，會上對腓特烈二世處以絕罰，也就是開除教籍。
開除教籍意味着這個人不再受教會保護，任何人都可以攻擊他、奪走他的財產，並且這是值得稱道的。
這一切直到1250年腓特烈二世去世才結束，英諾森四世則在1251年回到意大利。
除了格洛克斯泰斯特大主教在會上陳述“牧靈”的問題，路易九世還曾在會上宣佈又要進行新的十字軍東征，不過這時“異教徒”已經不是他們的心腹大患了，因爲蒙古人來了，在1241年他們已經入侵匈牙利，劫掠波蘭，並且轉戰奧地利，歐洲已經陷入一片恐慌之中。
他後來被稱爲聖路易是因爲他搬空了法國的國庫，從東羅馬帝國手中買了聖物荊棘王冠，陳放在巴黎聖母院裏。雖然陸續經歷了多次戰火和法國大革命，它依舊流傳於世。
腓力四世和卜尼法斯八世都很缺錢，不同的是腓力四世需要錢來擴張王室領地，鎮壓頑強抵抗的諸侯，而卜尼法斯八世則通過黃金購買羅馬周邊的土地，試圖建立加塔尼王朝。
十字軍東征時教士有一個特權，可以不用交稅，而腓力四世則主張向教士徵稅，教皇就說這是違反團結和東征原則的。
腓力四世與納瓦拉的胡安娜一起長大，在胡安娜11歲、腓力四世15歲時結婚，因爲納瓦拉是香檳的世襲領主，於是腓力四世通過這樁婚事獲得了香檳的統治權。
卜尼法斯八世購買的土地也是有主人的，科隆納家族的繼承權因此受到侵害，更何況教皇買地的黃金是教會的公款，於是有科隆納家族的年輕人搶劫了裝載了黃金，印有教皇牧徽章的馬車。
在劫持卜尼法斯八世去阿維尼翁的人裏，就有科隆納家族的族長，他的家族已經因爲卜尼法斯八世滅族了。教皇先是原諒科隆納家族年輕人的莽撞舉動，只要將劫走的東西還回來就行了，但是要教皇的軍隊駐紮在科隆納家族的領土上。
科隆納家族選擇了抵抗，接着卜尼法斯八世就讓十字軍去攻打科隆納家族的領地。
參加十字軍的人並不是每個人都是爲了去東方發財，但也不是每個人都是爲了虔誠的信仰。雖然沒有多少人，卻還是有足夠的人願意加入這場戰爭，戰敗的科隆納家族成員集中在僅剩的領地古城帕萊斯特里納中，這裏是凱撒時代留下的要塞，不僅有凱撒的行宮，城池也固若金湯。
教皇又說服科隆納們，放棄抵抗得到寬恕，但等科隆納家族開城後，教皇立刻宣佈屠城，不僅古城被夷爲平地，他還讓人在耕地中撒鹽，意爲詛咒此地永遠貧瘠，不適宜耕種。
這些攻城劫掠的人並沒有得到很多財富，因爲科隆納家主已經帶着大量財富奔赴法國，其中包括教皇買地用的黃金。
而他被抓，也因爲他和前任教皇們一樣，他甚至還對腓力四世說“我的前任廢除過三任法國國王，你但知道，一旦事態必要，我們會把你貶爲馬伕。”
然後教皇就被綁票了，據說在看到卜尼法斯八世時科隆納家族的族長差點把匕首刺進教皇的胸口，最後關頭被同行的人給阻止了。
尼采曾經問過，爲什麼對一個感覺自己力量在減少的年事已高的人來說，耐心等候壽終正寢比爲自己設定—個目標更受到讚賞？
有一個傳說，就像是有人在夜晚就寢後在牀邊耳語：有一位教皇曾追求永生，並因此迷戀上了鍊金術，希望能煉成不老藥，不論它是不是賢者之石。