很快，北京政.府下令：“據督軍曹錕等呈：時事多艱，人才難得，查有梁士詒、周自齊、朱啓鈐三人，前因政治嫌疑奉令通輯，嗣於上年七月間軍事猝起，奔走擘劃，多所裨助，擬請略跡原心，復其自由等語。梁士詒、周自齊、朱啓鈐免予緝究。”
接下來康有爲的弟子陳煥章（總統府顧問、孔教會會長）根據這道赦令，呈請爲張勳和康有爲開脫：“帝制犯可赦，復辟犯亦可赦。人才難得，法律平等。”
這畢竟是建立在“討逆”成果之上的政.府，還是要有所顧忌，於是，北京政.府批了“應從緩議”四字。
只是，十二月二十八日，北京政.府又有命令：“督軍曹錕等呈稱：雷震春、張鎮芳歷居要職，卓著勵勞，名刑書，纔有可用等語。着即開釋，發交曹錕軍前效力”。
曹錕、倪嗣沖、段芝貴、張懷芝、張敬堯等人都是洪憲帝制派，其中如段芝貴，本就在西南方面要求懲治的名單上。這些人一直對懲治帝制首惡深惡痛絕、耿耿於懷。
在他們的壓力下，北京政.府很快又發表命令：“所有民國五年、六年通緝之楊戾、康有爲等，均免予緝究。”
此時的馮國璋，已經淪爲主戰派的橡皮圖章，基本成爲傀儡總統。
皖系主戰派繼續加大火力打擊直系主和派。馮國璋的替罪羊江蘇督軍李純被迫請假不見客，湖北督軍王佔元自請罷官，江西督軍陳光遠因受革職留任處分而請辭職。
這一次馮國璋總算有了點主見，深抱不安去電慰勉這幾位：“璋與足下，交非恆泛，無論感受何種刺激，絕不容獨善以棄國家。”
一月七日內務總長錢能訓在國務會議上提議懲戒李純，全體閣員都同意了，只有王士珍不同意。
後有人折衷建議用國務院名義電斥李純，王士珍也不同意。
最後由閣員九人聯名發電）譴責李純，王士珍沒有列名。
一月八日張作霖發電斥責李純：“身膺節鉞，首倡調和，長彼兇鋒，怠我士氣，實足貽我北派之羞而爲天下所笑。”
李純對斥責他的電報都有反駁。他有電向王士珍申明，他前此的電報是對南方緩兵之計，是可戰可和統籌兼顧，從沒有阻撓南方的軍事討伐。他指責九名閣員聯名的電報，總理王士珍並未列名，不能算一件公文，只是一個私人攻擊。
他說：“斷章取義，任意吹求，故入人以亡國殃民之罪，在君主時亦未聞對於疆吏呵斥至於如此。”
他也有電譏諷張作霖：“主戰之聲高而且烈，然未見一兵南來，欲仗虎威殺盡同胞，削平內戰。”
一月六日，曹錕動身南下，在孝感設立南征大本營，又在漢口劉園正式成立了第一路軍總司令部。同時把代理第三師師長吳佩孚改“代”爲“署”，統率第三師由鄂北開往鄂南。
一月十二日，張敬堯統率第七師由徐州經鄭州南下，十五日到達漢口。
北京政.府特派殷鴻壽爲前敵總執法官，授予七獅軍刀一柄，對臨陣退縮的官兵可以“先斬後奏”，殷率劊子手四十名到漢口。
殷鴻壽（1867年－1932年）字獻臣，直隸天津人。
一九一一年，任馮國璋之第一軍軍法處處長。一九一二年七月，任直隸省口北道尹。一九一三年三月，任直隸範陽觀察使。一九一四年至一九一七年，任江蘇都署軍法處處長、蘇常道尹、蘇常鎮守使、陸軍軍法裁判處處長。
第二路軍的施從濱師也安全通過浦口，於一月十八日搭輪船到九江。
北洋軍首先進攻荊、襄。兵力的分配是：襄樊方面第三師吳佩孚部在東，南陽鎮守使吳慶桐部在北，分兩路進兵；荊州方面，吳光新部李炳之旅經長陽、百羊從西面進攻，王佔元派第十八師王懋賞在潛江，第三混成旅盧金山部在監利從東面夾攻。
荊州自主軍無力抵抗，譚浩明在湖南坐視不救，且制止湘西民軍前往救援，吳光新軍輕而易舉地攻入荊州。
襄樊方面也很少戰鬥，第三師第五旅旅長張學顏部很快攻佔襄樊。
馮國璋接到攻克荊州的戰報，立即擬就幾道總統命令：
（一）恢復陸榮廷的兩廣巡閱使，龍濟光另候任用。
（二）北軍從嶽州撤退，但南軍不得進駐。
（三）桂軍從湖南撤退。
（四）令譚延闓迅速回到湖南，實行湘人治湘。
（五）責成川、滇兩省當局協商解決滇軍駐川人數及駐兵地點。
一月二十四日王士珍在國務會議上提出這命令正待討論，突然接到南軍進攻嶽州的急電，大爲震動。便把議案擱在一邊，匆忙偕閣員到總統府向馮請示。
他心慌意亂地趕到東四牌樓五條衚衕訪問徐世昌，請這位政壇老狐狸出個主意。
徐主張邀段祺瑞共同商議以求一致。於是用電話請段來。
功夫不大，段來了，態度是冷冰冰的，沒有表示意見。
馮感覺很無趣，忽然站起來發言，大罵南軍欺人過甚，太欺負北洋派，是可忍，敦不可忍！最後說：“爲了要團結和鞏固北洋派，我決定親自出徵，不挫折南方的氣焰決不罷休。”
馮國璋這種慷慨激昂實在來得突然，徐世昌和段祺瑞他們和馮共事二十年，還沒有見馮這個樣子過，頓時弄得丈二金剛，摸不着頭腦，倉促之間，竟不知如何答對。
馮由徐寓回到總統府，立刻命令拱衛軍司令劉詢在第十五師中挑選精兵一旅，補充軍火，作爲自己的南行衛隊，下令整裝待發。同時召見王士珍，令他坐鎮北京，維持治安。
同時頒發一道通電：“近年以來，軍事屢興，災患疊告，士卒暴露於外，商民流離失業，本大總統惄焉心傷，不敢寧處，茲於本月二十六日，親往各處檢閱軍隊，以振士氣。車行所至，視民疾苦。數日以內，即可還京。所有京外各官署日行文電，仍呈由國務院照常辦理。其機要軍情，電呈行次核辦，並分報所管部處接洽。凡百有司，其各靖貢乃職，慎重將事，毋怠毋忽等因！特此轉達。”
馮總統要親征，軍事處的人惶惶不安。
二十五日上午，他們一齊見馮勸阻“南巡親征”。北京商會也派代表籲阻“總統出巡”。
馮對他們說：“出京以一個星期爲期，在此期間，國事委由內閣主持，大家不必驚惶”。
下午馮召見陸軍總長段芝貴、步軍統領李長泰、京師警察總監吳炳湘等，面諭要他們協助總理王士珍維持一切。
一月二十六日下午八時半，馮國璋由北京專車出京，十二時半抵達天津，直隸督軍曹錕在車站迎候。
馮下車後即赴曹家花園憩宿，和曹錕兩人密談至天明。
曹錕本是直系，因被徐樹錚利誘，才參加主戰派。馮和他密談何事，外人無法獲知。
二十七日晨五時，馮國璋即動身，仍乘原車由天津啓程，在車上休息。
下午車過濟南，山東督軍張懷芝上車隨行。
經過徐州，張敬堯也上車隨行。
火車徑趨蚌埠，轉赴南京。但到了蚌埠時，倪嗣沖雖然到站迎接，車子開不出去了。
馮國璋在北京徐世昌宅內宣稱的是親自出徵。出征該由京漢線到湖北，不應該由津浦線到南京。
他臨行時的通電說是：“南行巡閱”，可是一路上行色匆匆，既沒有下車巡視，也沒有檢閱軍隊。
馮對京中人說出京以七日爲期，可是卻又挑選了一旅精兵衛護，還攜帶子彈二百餘箱，輜重數十車。這一切使段祺瑞覺得所謂“南巡”，所謂“出征”都是假的，馮的目的一定是南京。
南京是馮的老巢，到了南京，馮會表示他脫出北京主戰派的虎口。說不定還會宣佈總統蒙難，臨時以南京爲行轄，甚至下令討伐，這討伐令將不是對南方而是對皖系！
段於是密令倪嗣沖予以阻止。
馮國璋抵蚌埠後，倪嗣沖上車請示馮的行止，態度雖然恭順，可是車站內外全是倪的軍隊。
馮告訴倪說：準備到南京召開一次軍事會議以討論對南作戰問題。
倪說既然開軍事會議，何必遠赴南京，請總統就在蚌埠召開，自己願備辦一切，務使總統滿意。
同時自作主張，當馮的面命令祕書用馮名義發電給江蘇督軍李純，請他到蚌埠來參加軍事會議。
倪嗣沖現已是段祺瑞得力爪牙，他既然用武力佈防車站，馮雖有一旅精兵，畢竟寡不勝衆。
強龍壓不住地頭蛇，馮只得取消去南京的行程。幸而李純機警，接到蚌埠來電，推說有病派第十師長王廷楨爲代表來皖。
馮國璋在蚌埠對倪嗣沖說，現在各省督軍都不肯服從中央，我這總統實在難做。
倪答：總統可以懲一儆百，誰敢反中央就撤他職，總統如撤我職，我一定服從。
馮聽了只作苦笑。
一月二十九日下午，馮乘原來的專車回返北京。他的出巡前後只有四天，比七天之期少了三天。