段祺瑞剛愎自用，也很固執，他對徐樹錚的寵信，應該是他這種特質的另一種表現。小徐才氣高但卻不善於和別人相處，這便使他處於自我孤立的狀態。就算他做正確的事，只是因爲是他做的也大多會使人側目，更何況很多時候他做的事是錯的；特別是他得意的時候。因爲，得志便猖狂，或許是人性的一個弱點。
所謂旁觀者清，人們對別人的事，常常能看得很清楚，甚至很客觀。但是，論到看自己可能就沒那麼客觀了，這或許就是當事者迷。一個人能做到有自知之明，是相當難的，不僅需要寬闊的眼界，也就是站得高看得遠，不僅需要很高的學識，同時也需要很好的人品，很高的道德水平。這樣的人，世間就算有，也絕對不是徐樹錚。可以說，絕大多數人是做不到的，這應該就是個人的侷限性。要克服個人的侷限性，就要對個人的任性進行限制和監督，就需要集體的智慧補充個人的不足。或許，這就是民主共和，從根本上區別於封建專制和個人獨裁之處。
每個人都要爲自己的不當行爲，付出相應的代價，段的政治麻煩多數出在對小徐的過分寵信上。這一時期，小徐極力排斥直系，這是段所樂見的。可是，小徐此人是個喜喫獨食的傢伙，他受不了段系中有其他的紅人，這最終也只能使段成爲孤家寡人。
靳雲鵬和小徐都是名列段手下的四大金剛，靳雲鵬當了參陸辦公處主任，小徐是不高興的，於是便專門和靳作對。
靳開始想和小徐爭高下，但無奈段祺瑞這個主子總是站在小徐一邊，他一氣之下請假不辦公。小徐正求之不得，軍事大權便落到他的手中。
國務院祕書長張志潭本是小徐推薦的，不知什麼事辦得讓小徐不滿意，小徐便處處找張的茬，張也只得辭職。
段的文武兩大幕僚都和小徐鬧翻，讓人不解的是段卻視而不見。也許在段看來，有小徐一人足矣。其實，段也不是個容人之人，但卻能容一個飛揚跋扈的徐樹錚。
有一句古話：成也蕭何敗也蕭何。對段來說，則是成也小徐敗也小徐，至於成敗如何評說，就很難說了。
這時候，徐樹錚又突發奇想看中了直隸督軍的位置，想取而代之。他的如意算盤是升曹錕爲兩湖巡閱使兼湖北督軍，調湖北督軍王佔元爲江蘇督軍，這樣既解決了李純，又把直隸督軍的位置空開。
他以爲曹錕由一省督軍上升爲兩省的巡閱使，又仍掌一省督軍，應該會心滿意足的。不料這個消息傳出後，惹來的卻是曹錕怒火中燒。
直隸督軍是何等榮耀，曹錕認爲這是明升暗降。
於是四月四日發電給北京政.府，請辭兩湖宣撫使，在未獲批准前先請假一個月，以便到信陽雞公山養痾。
這是北洋軍人慣用要脅手段，都知道這不是真的有病和請病假。
與曹錕的行動相呼應，前線總司令吳佩孚亦致電北京，稱因所部作戰疲勞，請將全軍調回直隸休息。這是表示吳部隨時可以撤軍北返。
曹錕是主戰派的第一號大將，吳部是湖南戰場上的主力，這兩個人打退堂鼓，段祺瑞武力平南的大業肯定功敗垂成。
段祺瑞三度組閣前，一切有利的情勢都傾向於他，可是等他上臺後，情況就兩樣了。皖系和主戰派的軍閥擁護他是自有打算的，希望因爲作戰而能分到日本的借款和軍火，同時因爲作戰而各自可以截留國稅，買馬招兵。
奉軍入關前劫奪了一批軍火，段上臺不久，第三批從日本運來的軍火又在塘沽被奉軍劫收。
如果照第三期的北軍對南作戰計劃，一個月打下湖南，三個月平定兩廣，至多半年內就可以完成全國武力統一。可是天下事就是那麼不如人願，在湖南作戰的直軍，於佔領長沙後，藉口餉械不敷，進兵緩慢。
段鑑於前方軍事進行不如理想，而主戰派內部又不和睦，乃決定自己“南巡”到漢口召集一次大規模的軍事會議。
會議的目的是消除前方厭戰情緒，振奮精神打仗。同時要消除內部的裂痕，尤其是直皖兩系的裂痕，從而促成北洋派的大團結，以便部署對西南五省的全面進攻。
此時，北京的政治形勢已成一面倒之勢。新國會召集後，總統即將改選，今後段自己將是北洋派唯一的領袖，自然需要內部的大團結。
段祺瑞在國務會議上提出南巡計劃，全體閣員都加反對，他們的反對也是有理由的。不久之前馮國璋以總統之尊曾往“南巡”，使得人心惶惶，如今總理又要南巡，豈不更增政局的不安，加深了時局的複雜性。
段不顧閣員的反對，決定南巡，先發電給李純、陳光遠、張敬堯、張懷芝到漢口參加軍事會議。
四月二十日段由京漢鐵路南行，二十一日經過鄭州，河南督軍趙倜登車隨行。二十二日抵漢口，從循禮門下車，直奔劉園的曹錕司令部。
可是，段所召集的督軍會議卻異常冷落，被邀請參加會議的四個督軍，沒有一個前來漢口參加。
李純和陳光遠是主和的直系，心中有所顧忌，自然不敢赴會，而主戰的張懷芝和張敬堯也託詞“軍情緊急”而不與會。
張懷芝不來是和曹錕有了隔閡。曹錕駐節漢口時，《順天時報》說他曾在青樓中選到一位姨太太，張懷芝是曹錕把兄，就去電責曹不應“軍中行樂”。曹大爲光火，認爲張根據“無稽之言”破壞他的名譽，從此便和張斷絕往來。
張敬堯不敢離開長沙，是因他自知在湖南不受歡迎。吳佩孚有戰功又有人緣，如果他離開長沙，吳佩孚可能會取他的督軍位子，所以也不敢前赴漢口。
段覺得張懷芝是第二路軍統帥，如不與會，漢口的督軍會議勢必流產。所以一定要張來，並命他接到電報立刻動身。
二十四日張懷芝到了漢口，段在曹錕和張懷芝之間作了合事佬，張向曹道歉了事。
段祺瑞在漢口主持的軍事會議，參加者有曹錕、張懷芝、王佔元、趙倜四個督軍，徐樹錚當然也參加。江蘇、江西、湖南、安徽、山西、陝西、奉天督軍則派代表出席。
段在會議上說明團結北洋派的重要性和貫徹對南作戰方針的決定，然後提出第四期作戰計劃，發交有關各省按照計劃執行。