一九一三年鄧鏗任瓊崖鎮守使。二次革命時起兵反袁，與龍濟光激戰於三水，失敗後逃亡日本。
在日本，他追隨孫中山在日本加入中華革命黨，任軍務部副部長。從此之後，鄧鏗一直是孫中山的得力助手。
在討袁（世凱）驅龍（濟光）、護法援閩等戰事中打了無數硬仗。在當時，鄧鏗與朱執信、廖仲愷被同視爲孫中山的股肱心膂。朱、廖二人是政治活動家，鄧鏗則是掌握軍權的重量級人物，孫中山在軍事上很多時候要依賴鄧鏗。
鄧鏗待人仁厚，律己廉潔，治家節儉，常常以減衣縮食來勉勵家人。在福建征戰期間，他對自己的要求尤爲嚴格，“月受俸僅百二十金，即平日輕慢公者，亦爲讚歎而敬服”。
他經常對下屬和朋友說：“近來人心常以做官爲黷貨途徑，及其已得，則消耗與嗜。即稍稍儲積，其結果不過增加自身罪惡，而陷後人於有恃無恐，不克振拔之地而已。”
聞者皆服爲名論。難怪胡漢民稱鄧仲元爲“武人之中，高節遠矚，惟公爲能”。
鄧鏗治軍嚴謹，廉政不阿，嫉惡如仇。他對軍中不肖分子包庇煙賭的行徑，毫不徇情，並多次派出憲兵，專門緝拿偷運煙土的官兵。
有一次，他在廣州晏公街緝獲煙土兩百多擔，查明是陳炯明的部署洪兆麟、陳炯光、陳覺民等人夥同所爲。雖與陳炯明是生死患難之交，但並沒有睜一隻眼閉一隻眼，召集廣州各界代表和各國駐廣州領事，共同監督將煙土焚於東郊。
此舉被當時的人們讚頌爲林則徐之後的第二次大規模焚燬鴉片。有人勸他做事要少與自己樹敵，以免給自己帶來殺身之禍。鄧鏗則說：“怕死則不必作革命事業，丈夫寧玉碎耳，何慮？”
但是，此時的鄧鏗還沒有想到，他的這一系列廉政不阿，嫉惡如仇之舉，已經爲他日後遇刺埋下了禍根。
陳炯明的親信有犯法的，常受鄧鏗的呵斥，陳的左右對鄧鏗積怨甚深。認爲鄧鏗是粵軍中的孫中山親信，視如眼中之釘。
孫中山出師時，鄧鏗特撥自轄的一團爲孫的警衛團，以鄧的副官長陳可鈺統率，用以保護孫的安全。北伐軍軍餉，就是鄧鏗一力籌措的。
三月中旬，孫中山的代表伍朝樞和段祺瑞的密使周善培從北方到了香.港，鄧鏗和總統府祕書長謝持由廣州專程赴香.港迎接。這次行蹤除了粵軍總司令部重要人物知道外，並無外人知悉。鄧啓程時，陳炯明曾親自送到樓梯。
一九二二年三月二十一日傍晚七時，鄧鏗從香.港返回廣州，在廣九車站下車。即將登上汽車前，忽然人羣中響起了槍聲。鄧仲元身中兩彈，一彈掠過腹部，微傷，另一顆子彈則貫胃部而出，重傷。
鄧鏗中槍負傷後第一時間仍想奮力抓住兇手，但是傷重不支，只好馬上命令司機趕回省署。
見到陳炯明和家中親人後，此時的鄧鏗已隱隱感覺到性命難保，遂告知後事：“餘才學不逮朱執信遠甚，朱且先我而死，爲革命黨人，平日拼作犧牲，爾等無過傷也。天下不能容好人，付之嘆息而已。”
二十三日四時不幸逝世，終年三十八歲，臨終前嘆息一聲“好人難做”！
鄧案發生後，政務廳長古應芬懷疑兇徒匿居香.港，派夏重民赴港密緝，獲知主謀者爲陳炯明族弟陳遠生嗾使黃某收買兇手謀刺，曾密報香.港政.府。
鄧鏗殉難消息傳至桂林，胡漢民、許崇智、蔣中正均傷悼慟哭，
孫中山尤爲悲愴，電陳炯明雲“仲元遽以創死，傷哉！平日忠於國事，勇於奮鬥，前途之望，正復無量！壯年遽殞，不止粵中惜此人才也。”
廖仲愷致蔣中正函雲：“仲元遽遭慘害，吾黨健者又弱一個，吾儕與仲元相處逾十年，道義之交海內有幾？追懷良友，輒復愴然出涕。渠生前至愛贛園，臨終亦以執信爲念。贛園適與執信墓相對，故擬卜葬於此，已電園主協和（李烈鈞）借地矣。”
國民黨方面一向說鄧鏗是被陳炯明指使人暗殺的，而陳炯明一派及駐穗美、英兩國領事館都認爲，刺殺鄧鏗，是國民黨內激進分子所爲。
應該說，無論是陳炯明還是國民黨，都沒有理由殺害鄧鏗，最大的可能是鄧鏗得罪過的人挾私報復。
鄧鏗是孫中山的得力助手，也深得陳炯明的信任，是可以溝通孫陳關係，化解和緩和二人矛盾的無可替代之人。他的不幸被害，對孫中山、陳炯明之間本來就脆弱不堪的關係，無疑是致命一擊。
四月九日，孫中山讓廖仲愷轉告陳炯明：一、陳炯明參加北伐；二、籌措五百萬元的軍費。
陳炯明無法接受孫的條件，隨後被孫中山罷黜。
前邊我們提到了北京政.府的窮。但到了民國十年秋冬之際，北京政.府的窮已經鬧到了難以維繼的狀態。各省軍閥索餉、各部職員索薪、列強討債、還有中交兩行限制兌現，總之，無一處不鬧窮。
一九二一年十一月十四日，教育部部員舉行“同盟罷工”，其他各部部員也因欠薪而“怠工”，日常政務因之停頓。參謀部自動請求解散。
陸軍總長蔡成勳、海軍總長李鼎新、司法總長董康、教育次長代理部務馬鄰翼都因部員索薪而請求辭職。
各省督軍一面截留稅款，招兵買馬，一面以十萬火急或百萬火急的電報向北京討餉，口氣愈來愈不耐。
日本人則散佈謠言，說是五國將共管中國財政。於是從十一月十六日起，北京、天津、漢口等處中交兩行發生了擠兌風潮。
十八日外交團議決，撥出關稅餘款六百萬元爲兩行兌現的準備金，可總稅務司英國人安格因爲關稅餘款是公債的擔保品，拒不撥付。
外債借不到手，外國債主又毫不留情地催討到期的欠債，使到北京財政部走投無路。日本首先想出了“借新債還舊債”的辦法，於是各國紛紛效法。
當華盛頓會議開幕的前幾天，美國菸酒借款已經到期。民國十年十一月一日，經手借款的美國銀行團代表阿卜脫，向北京政.府也提出了“借新還舊”的辦法，提出以一千六百萬美元的新借款，用以償還菸酒借款一千一百萬美元及其六十六萬美元的利息，同時扣取贖回美國人所持有的湖廣鐵路債券一百三十萬美元及其利息一百零八萬，新借款指定以菸酒稅爲擔保品，設立一個以美國爲稽覈員的菸酒稅稽覈所主持其事。