當然，也有老學究不屑一顧，將蔡元培斥爲“文妖”。
此事在上層也引起一些關注，時在北京做御史的李慈銘，閱完浙江官版《題名錄》時，在全省已醜恩科137名舉子中，只將蔡元培和沈寶琛的名字和籍貫寫入日記。
對於讀書人來說，中舉，是何等榮耀呀！
那個年代，讀書人讀書的目的就是爲了求取功名，一次次地考，一次次的名落孫山，一旦中了反而會發生意外，比如吳敬梓的《儒林外史》中的着名人物范進。
吳敬梓在《范進中舉》中寫道：
范進中舉的喜報到了，其本人卻不在。送喜報的人等着領賞，家人說新貴人去集上了，一鄰居自告奮勇去找尋。
“那鄰居飛奔到集上，一地裏尋不見；直尋到集東頭，見范進抱着雞，手裏插個草標，一步一踱的，東張西望，在那裏尋人買。鄰居道：‘範相公，快些回去!恭喜你中了舉人，報喜人擠了一屋裏。’范進當是哄他，只裝不聽見，低着頭往前走。鄰居見他不理，走上來，就要奪他手裏的雞。范進道：‘你奪我的雞怎的？你又不買。’鄰居道：‘你中了舉了，叫你家去打發報子哩。’范進道：‘高鄰，你曉得我今日沒有米，要賣這雞去救命，爲甚麼拿這話來混我？我又不同你頑，你自回去罷，莫誤了我賣雞。’鄰居見他不信，劈手把雞奪了，摜在地下，一把拉了回來。報錄人見了道：‘好了，新貴人回來了。’正要擁着他說話，范進三兩步走進屋裏來，見中間報帖已經升掛起來，上寫道：‘捷報貴府老爺範諱高中廣東鄉試第七名亞元。京報連登黃甲。’
“范進不看便罷，看了一遍，又念一遍，自己把兩手拍了一下，笑了一聲，道：‘噫!好了!我中了!’說着，往後一跤跌倒，牙關咬緊，不省人事。老太太慌了，慌將幾口開水灌了過來。他爬將起來，又拍着手大笑道：‘噫!好!我中了!’笑着，不由分說，就往門外飛跑，把報錄人和鄰居都嚇了一跳。走出大門不多路，一腳踹在塘裏，掙起來，頭髮都跌散了，兩手黃泥，淋淋漓漓一身的水。衆人拉他不住，拍着笑着，一直走到集上去了。衆人大眼望小眼，一齊道：‘原來新貴人歡喜瘋了。’”
這個一輩子屢試不第、窮困潦倒的范進，初聽人說自己中舉，根本就不相信這種天大的好事落到了他頭上，及至夢想一旦成真，不禁歡喜得過了度，一時間發了瘋。
《范進中舉》的故事固然是虛構的，但卻真實描繪出讀書人的辛酸和不幸。范進不管怎麼說還中舉了，那無數個考了一輩子都不中的人們又當如何呢？
16歲考中秀才，22歲便考中舉人，與那些數都數不過來的科場上的倒黴蛋不同，蔡元培的運氣似乎特別好。雖非一考而就，但也是少年得志，可謂一帆風順。
精通八股文的蔡元培，用“怪八股”來應答試卷是不是有幾分惡作劇的成分呢？我們不知道，但和范進一樣，能夠中舉蔡元培還是很意外的。顯然沒有像范進那樣歡喜得發瘋，但內心的欣喜若狂是無法言表的。
六叔和他一起參加了此次鄉試，又一次名落孫山。當着六叔的面，爲了使其少受些刺激，蔡元培不好表現得過於興奮。但他的六叔卻表現得比他自己中了還要高興，覺得自己這些年來下在這個侄子身上下的功夫總算沒有白費。
蔡家在他們住的那一片人緣極好，加上親朋好友，連日裏來賀喜的絡繹不絕。對於蔡家人來說，更是特大的節日。
按清代科舉慣例。恩科鄉試的次年，舉行恩科會試。剛剛中舉才數月的蔡元培，於1890年春初便出發入京趕考。
他與好友徐維則同行。先至杭州，然後到上海，住在徐維則家有股份的北京路一個客棧。因爲時間還早，在上海停留數日，徐維則帶着好朋友，遊歷了外灘，崇明島；兩個人還跑到蘇州，玩了拙政園和虎丘。
徐維則（1867～1919）近代藏書家。字仲咫，號以愻，亦作一孫，別號貽孫。浙江紹興人。伯父徐樹蘭，父徐友蘭，均是着名藏書家和學者。蔡元培在光緒十二年至十六年（1886～1890）到徐家就是爲他做伴讀。與蔡元培爲同科舉人，那個年代，同科當然是不尋常的緣分。
兩人遊覽十里洋場之後。乘招商局輪船由海路北抵天津。換乘內河船到通州，再坐馬車進入北京。
會試，是中國古代科舉制度中的中央考試。因考試在春天舉行，故又稱爲春試或春闈。應考者爲各省的舉人，錄取者稱爲“貢士”，第一名稱爲“會元”。
蔡元培首先參加了會試的初試三場考試，會試房官王頌蔚閱讀完蔡的首場試卷，覺得簡直不像是八股文，特別的震驚。
“及二三場卷，則淵博無比，乃並三場薦之，且爲延譽”。蔡元培遂考取了第八十一名貢士。
清代科考還規定，會考中貢士的，須經過複試列出等次，再參加殿試考中即爲進士。不同的是，先前所有考卷，爲防作弊，試卷都是經人抄寫後，再交給考官去看。而複試和殿試的考卷是不用別人謄寫，直接呈上的。這樣，書法就顯得格外重要。
複試和殿試是在會考後進行，而蔡元培是兩年以後才完成的。
關於其中原因，說法不一。主流說法來源於南京國民黨政府時期曾任中央圖書館館長的蔣復璁。
據他說，蔡元培會考結束後，就去看望鄉試中舉的考官李文田。
李文田特別關心蔡元培這個學生，一見面顧不上客氣，就趕忙問答卷情況。蔡元培早有準備，把自己考卷的草稿呈上。
李文田接過仔細看過後捶胸頓足，一個勁的說自己該死。蔡元培驚問怎麼回事？
李說：“我早就想到了，本來要在你考前提醒你，一定要中規中矩。天算不如人算，就在你來京前，我有緊急公幹外出，剛剛回來。我應該委託別人和你講的，既然想到了……”
說完，李不住的嘆息，很是自責。
蔡元培想不到李大人對自己如此眷顧，十分感動，反而一個勁的安慰對方。
所謂皇帝不急太監急，李文田特別痛心，說會試通過雖然也很難，但和鄉試相比，參加的人數總是少很多；正常情況下，根據蔡元培的才學，過關是沒有問題的，只要不節外生枝。