接着參加在保和殿舉行的殿試。
殿試只考策論，蔡元培充分發揮了博覽羣書和博學強記的優勢，對其中有關西藏的策論題，詳述其山川道里、行政沿革，且廣證博引，對答自如。
本年會主考官爲戶部尚書翁同龢，殿試閱卷大臣爲工部左侍郎汪鳴鑾。
結果，蔡元培考取第二甲第34名進士。
本科的狀元、榜眼、探花分別是劉福姚、吳士鑑、陳伯陶。同科考中者還有：唐文治、葉德輝、湯壽潛、張元濟、屠寄和沈寶琛等。
我們能夠看到，這其中的張元濟，是對蔡元培後來的人生，極爲重要之人。
對於殿試，蔡元培回憶說：“上來，殿試是專講格式不中內容的，只聽說張香濤氏(張之洞）應殿試時不拘格式，被取一甲第三名。我那時也沒有拘格式，而且這兩年中也沒有習字。仍是隨便一寫，但結果被取爲二甲進士。聞爲汪柳門（汪鳴鑾）先生所賞識。有位閱卷大臣，說此卷的字不是館閣體。汪說，他是學黃山谷的，於是大家都在卷子後面圈了個圈，就放在二甲了。”
如果是專爲了練字而故意拖後兩年，兩年裏爲什麼不練參加科舉需用的館閣體呢？這和前邊說過的後一種說法不是很矛盾嗎？
黃山谷就是被稱爲宋“四大家”之一的黃庭堅，他自號山谷道人，書法在當時是很受推崇的。
此後又通過朝考，蔡元培被點爲翰林院庶吉士。
庶吉士，亦稱庶常。其名稱源自《書經?立政》篇中“庶常吉士”之意。是中國明、清兩朝時翰林院內的短期職位。由科舉考試中進士的人當中，選擇有潛質者擔任。爲皇帝近臣，負責起草詔書，有爲皇帝講解經籍等責，爲內閣輔臣的重要來源之一。
清雍正以後，選官更爲嚴格，庶吉士由皇帝主持之朝考決定。
該職一般爲期三年，期間由翰林內經驗豐富者爲教習，授以各種知識。
三年後，在下次會試前進行考覈，稱“散館”。成績優異者留任翰林，授予翰林院檢討，正式成爲翰林，稱“留館”。
其他則被派往六部任主事、御史；亦有派到各地方任官。
和所有新科進士一樣，蔡元培要留在京城盤恆一段時間，期間一個重要的活動就是拜會各方人士。
按照慣例，通過考試的同科士子都要去拜謁主考官翁同龢。其實，這也是例行公事、走一走過場。
大概因爲這樣，翁同龢對一批批的來訪者中的大多數人其實並無印象，他在自己的日記裏往往簡單地記下“新庶常來者八九人”“新門人兩人來見”，連名字也不記。當科的狀元、探花來訪，也只記了“劉福姚來見”，“陳生伯陶來”而已，惜墨如金。
有意思的是，在1892年6月1日的日記裏，翁同龢記道：“新庶常來見者十餘人，內蔡元培，乃庚寅貢士，年少通經，文極古藻，雋材也，紹興人，號鶴青，向在紹興徐氏校刻各種書。”
這真是有些奇怪，他對蔡元培的印象深刻，簡直是刮目相看。是不是因爲蔡元培的“怪八股”呢？或者是對其有關西藏的策論題，詳述其山川道里、行政沿革，且廣證博引，對答自如印象深刻。
一時間，年紀輕輕的蔡元培，成了“聲聞當代，朝野爭相結納”的名人士大夫了。
從清朝中葉以降，殿閣大學士、總督、巡撫、軍機大臣這些朝廷的要職，大多系翰林出身。對於蔡元培來說，誘人的政治前景正在向他頻頻招手。
“點翰林”之後的第二年，蔡元培的大部分時間是在外地遊歷中度過的。
初夏時節，他先到寧波，又到上海，然後乘船溯長江西下，遊覽了南京，鎮江，揚州及靖江縣。此次出遊，他曾有散片日記，載述行程。
秋風乍起之時，他又取道香港來到廣州。與在廣雅書局任職的陶濬宣等一般朋友，詩文酬酢，觀瀾華南名勝。
在廣州南園，他曾戲作該省鄉試題《如有王者必世而後仁》一篇。陶濬宣徵得當地名士朱一新、徐琪、吳翔寅的評語各一則，輯印成《蔡太史擬墨》。
在此期間，陶濬宣多次向蔡講述廖平在廣雅書局時，對經學的獨到見解，以及康有爲爲承其學說做成《新學僞經考》，引起士人不同反應等情況。蔡元培對此頗爲關注，特意搜求廖康二人已印行的著作，以備研讀。
冬天來臨時，他又赴潮州，汕頭等地。一直到轉年的春天，才起程北返。
按說，身爲庶吉士，到各地考察風土人情，是必修之課。
但這些等待重用的“翰林”，前途不可限量，誰知道以後能當多大的官？所以，各地官員都爭先打點。因爲等這些人高居廟堂時，再想親近就不容易了。反正都是公費，人情可是個人的，何樂而不爲。
久而久之，這些新貴人們，也都趁此機會，公費旅遊還能賺些外快，被人們稱作“鬻文賣錢”。不管蔡元培此行是不是有此意，所謂瓜田李下，人們有這樣的看法也不足爲怪。
但是，不管怎麼說，近一年的遊歷，蔡元培幾乎走遍了自1842年以來最早與海外通商的口岸和地區。這對於一位中國傳統教育塑造出來的青年士大夫來說，其意義恐怕不僅僅是在補足“讀萬卷書”的缺憾，而行萬里路。
西方近代文明和洋務新政的清新氣息，足以使他擴展視野，更新觀念。蔡元培遊離廣州期間。康有爲正在長興裏萬木草堂招徒講學。士林風氣的更化和改革潛流的涌動，蔡元培不可能毫無覺察而無動於衷。
儘管上述感受可能尚屬朦朧意識，但隨着世事的變遷，會逐漸清晰起來的。
1894年春，蔡元培從廣東返回紹興。隨即赴京參加散館考試。這是對翰林院庶吉士進行甄別，以決定任用的一種例行考試。應散館後，蔡元培被授爲翰林院編修。
至此，不滿28歲的蔡元培，已經達到了當時讀書人羨慕不已的科舉道路之極。
接下來，蔡元培便開始了供職翰林院的京官生活。
應同鄉先輩李慈銘的邀請，他兼任了李慈銘之子李承候的家庭教師，爲其講述《春秋左氏傳》；同時，他還爲李慈銘代閱天津問津書院的課卷。此時的蔡元培一個人在京，平素就寓居李家。