此後的1917—1923年，被認爲是蔡元培一生中最爲輝煌的時期，他由此無可爭議地被奉爲全國學界的領袖。
哪個新上任的校長不說些激昂話，蔡元培的講演雖然很令北大的師生耳目一新，雖然在講演現場，大家也確實亢奮過一陣子，但一次講演畢竟只是一次講演，熱情總會消退，亢奮總會平復。
在大家想來，學校還能怎麼樣，還不是江山依舊嗎？所謂生活還得繼續。也就是說，對於新上任校長的就職演說，大家並沒有引起足夠的重視。
但是，很快發生的一件事，讓大家不能不對新來的校長刮目相看。
開學典禮沒幾天，學校大門口的告示牌出了個通知：“以後學生對校長應用公函，不得再用呈文。”
過去，學生有事找校長，要恭恭敬敬的寫呈文，校長有批示，公諸告示牌上。呈文和公函可不是文字遊戲，這裏邊的差別可是大了去了。
呈文是下對上，是學生對高高在上的校長的頂禮膜拜。公函是表示，雙方是平等的。自由、平等，博愛，受過民主薰陶的人就是不一樣。這位新校長可不僅是你給他行禮，便客客氣氣還禮那麼簡單。他真的是在奉行人人平等，那怕是學生和校長。
呈文和公函的另一個不同是：呈文可以無視，可以不理睬，校長願意答覆便答覆，不願意答覆就石沉大海。所謂沒有理由沒有原因，就是校長不願意，誰也沒辦法。公函可就不一樣了，是必須有答覆的。
人是需要被尊重的，被尊重的感覺當然不一樣。毫無疑問，只有在受尊重的環境下，才能培養出獨立人格的人。
一個呈文和公函，在今天的人們看來也許實在不算什麼，而在當時的北大校園，引出的巨大反響，自然是今天的人們所無法想象的。
但是，比起新來的校長接下來的一個重大舉措，呈文和公函這等事還真是小事一樁。
蔡元培所採取的這一重大舉措就是民主治校。徹底改變以往那種大學的校務由校長、學監等少數人對學校的獨裁統治。
具體作法就是設立了“北大評議會”，以之作爲全校的最高立法機構和權力機構，負責制定和審覈學校的各種章程、法令，以及學科的廢立，學校的預算、決算等。
這個“評議會”主要由教授組成，校長和各專業學科的學長爲當然評議員，其餘評議員則由文、理、法、工各科的本科和預科各推舉兩名教授擔任。評議員的任期爲一年，期滿後即進行下屆選舉，連選可以連任。從1919年底之後，評議員的產生則改爲按名額分配，即每5名教授中可投票選出一個評議員。
北大的第一屆評議員有：校長蔡元培，文科學長陳獨秀，理科學長夏元瑮，法科學長王建祖，工科學長溫宗宇，文本科教授代表胡適、章士釗，文預科教授代表沈尹默、周思敬，理本科教授代表秦汾、俞同奎，理預科教授代表張大椿、胡濬濟，法本科教授代表陶履恭、黃振聲，法預科教授代表朱錫齡、韓述祖，工本科教授代表孫瑞林、陳世璋。
前邊說過，蔡元培在主持愛國學社時，學社最富特色之處是學生自治制度。學生在校內享有很大的權利和自由。住宿生實行自治制，設有評議會，監督學校行政和學生操行。這裏實行的民主治校制度，固然是蔡元培的這種辦校思想的繼續，只不過不是簡單的複製，而是昇華和進入更高層次。是他把從國外，學到的民主制度下的學校管理在付諸實踐。
看過本書的第一卷後，不知大家感覺到沒，慈禧應該是一直到死，都沒能夠搞明白立憲是怎麼回事？如果她知道是在爲她死守的專制制度在掘墓，恐怕她無論如何不會搞立憲和那些新政的。而同樣，袁世凱和他同時代的許多人，到死都沒能搞清楚民主和共和是怎麼回事。在他們看來，所謂的民主革命不過是用一種好的專制去代替那不好的專制，是用一個好的皇帝去取代不好的無能的皇帝。所以，纔有那麼多人呼籲袁世凱恢復帝制。
民主的美妙之一在於其能夠集中衆人智慧。一個人能有多大本事，就算是天才，其能力和知識也必然是有限的。一個好的領導者絕不是自以爲是的人，而是一個善於傾聽和集中大家意見和智慧的人。中國有一句老話，三個臭皮匠，頂個諸葛亮。
當那些教授們能夠參與學校的管理，不僅僅使他們感到他們和他們的意見對學校很重要，不僅如此，雖然，這很重要。但更大的改變是他們會動腦筋想辦法，怎麼去把學校辦好。而不是像過去那樣，學校的事有校長去管，和自己沒什麼關係。
當教授們的主觀能動性被調動起來，將會彙集成怎樣的力量呀！
爲了進一步健全“教授治校、民主管理”的領導體制，在蔡元培的推動下，1919年，北大又在作爲全校最高立法機關和權力機關的“評議會”之外另設了三個機構：
一是行政會議，作爲全校的最高行政機構和執行機關，負責實施評議會的各項決議。行政會議的成員的資格也限定爲教授，由各專門委員會的委員長及教務長、總務長擔任成員，由校長兼任行政會議議長。行政會議下設8個專門委員會，分管各類行政事務，分別是組織、庶務、審計、圖書、聘任、儀器、入學、新生指導委員會。各委員會的成員由校長推舉，經評議會批准通過。
二是設教務會議及教務處，由各學科的系主任組成，從中推出教務長一名，任期一年，統一領導全校的教學工作。這一時期，擔任過北大教務長的有馬寅初、顧孟餘、胡適等人。
三是設總務處，主管全校的人事和事務工作。總務處的首長亦爲教授學者。如以蔣夢麟爲總務長兼會計部主任，李大釗任圖書部主任，陳世璋任儀器部主任，李辛白爲出版部主任，沈士遠任校舍、齋務、雜務、衛生部主任，鄭壽仁任註冊、編志、詢問、介紹部主任。
蔡元培設計出的這一套“教授治校”“依法治校”的體制，爲北大走上健康、穩定發展的軌道提供了組織上和制度上的保障。在這套體制的護航之下，北大在當時以及後來，都不曾因爲政治時局動盪，以及校長人選的更迭，而影響正常的教學秩序和校園秩序。
曾任北大教務長的顧孟餘說：“先生(指蔡元培)長校數年，以政治環境關係，在校之時少，而離校之時多。離校之時，校務不但不陷停頓，且能依照計劃以進行者，則以先生已樹立評議會及各種委員會之制度。”
蔡元培自己也對在北大建立的這套體制很感欣慰。
1920年10月，他赴歐考察教育，與大家話別時說：“我這次出去，若是於本校不免發生困難，我一定不去。但現在校中組織很嚴密，職員辦事很能和衷，職員與學生間，也都是開誠佈公，我沒有什麼不放心的事了。”
什麼時候都不用擔心因爲換領導人和天下大變，這便是一個好的民主制度的偉大之處。因爲這個制度制約着領導者，使他們不能任性妄爲，更不能胡作非爲。
所謂，每個人在自己的職責範圍內都是至高無上的，因爲那是法律和制度賦予你的權力。但是，同樣，一個人也只可以在自己的職責範圍內縱橫馳騁，超出其職責圍便寸步難行，這就是成熟的民主制度。
一個社會，如果不能對個人的權力進行有效的監督和制約，權力必然走向腐敗。靠所謂的個人素質，是不可靠的，而且沒有監督的權力本身具有很強的腐蝕作用。所謂，在不好的制度下，好人可能變成壞人，在好的制度下，壞人也很難爲所欲爲。
能夠在人前發號施令，這是個人利益的高層次的追求，權力慾對人來說是一般都是很強的一種慾望。而對於手中有權的人，可能最反感的就是對他的限制和監督。有誰不想說了就算，有誰不想一言九鼎。
如果是普通教授提出民主管理學校，有參政議政的願望，這是很自然的。但是，蔡元培作爲校長，作爲大權在握的人，主動的進行這樣的變革，才更加顯得難得可貴。
當年蔡元培時代的北大學生，後任國立中央大學、清華大學校長的羅家倫這樣說：“以一個大學來轉移一時代學術或社會的風氣，進而影響到整個國家的青年思想，恐怕要算蔡孑民時代的北京大學。”
胡適、陶行知的老師，美國著名教育家、哲學家、社會學家、實用主義學派創始人約翰?杜威也說過這樣一段話：“拿世界各國的大學校長來比較，牛津、劍橋、巴黎、柏林、哈佛、哥倫比亞等等，這些校長中，在某些學科上，有卓越貢獻的，不乏其人；但是，以一個校長身份，而領導那所大學對一個民族、一個時代，起到轉折作用的，除蔡元培而外，恐怕找不出第二個。”