在當時北大，文科是守舊派最爲集中之處、是北大教育革新的首要障礙。因此，整頓北大首先是要整頓北大文科。對於這件事，蔡元培在沒上任之前就已有打算，就是採納湯爾和與沈尹默這二人的建議，聘任倡導新文化運動的陳獨秀爲文科學長，接替業已辭職的原學長夏錫琪。
有記載，蔡先生於12月21日到北京後，先訪醫專校長湯爾和，問北大情形。
湯說：“文科學長如未定，可請陳仲甫君，陳君現改名獨秀，主編《新青年》雜誌，確可爲青年的指導者。”湯爾和取了十幾本《新青年》雜誌給蔡先生看，蔡先生對於陳仲甫，本來有一種不忘的印象，劉師培曾告訴蔡先生，有一種在蕪湖發行的白話報(《安徽俗論報》)，發起的幾個人都因困苦及危險而散去了，陳仲甫一個人又支持了好幾個月。蔡先生很佩服他的毅力和責任心。
此前，沈尹默曾提出過同樣的建議，聽了湯爾和的話，又翻閱了《新青年》，蔡元培便決意聘用陳獨秀。
1916年12月的北京，天寒地凍。
在北京前門附近的旅館走廊，有一位身穿長袍，戴着眼鏡的文化人不停徘徊。
旅館夥計一打聽，原來是這位先生要拜訪一位客人，可是這個人正在客房裏睡覺。這位先生招呼夥計不要叫醒他，而是拿一個凳子坐在房門口等候。
這位先生，就是蔡元培。而他想見的人，是陳獨秀。
此時，陳獨秀剛好因事來京，客居在前門附近，蔡先生從湯爾和處得知陳獨秀的住址。
蔡元培數次親自登門，誠心相邀。陳因在滬主編《新青年》不肯答應。後蔡主動提出可以把《新青年》搬到北京來辦，學校會盡力予以支持，陳終於欣然應允。他還同時推薦《新青年》的投稿人胡適。
蔡元培讀過胡適的文章，慕名已久，一口答應，並一再叮囑陳儘快催促胡速來。
陳獨秀（1879年10月9日-1942年5月27日），原名陳慶同??，陳乾生，字仲甫，號實庵，安徽懷寧人。新文化運動的倡導者、發起者和主要旗手，“五四運動的總司令”，中.共的主要創始人之一和早期主要領導人。
陳獨秀1927年7月離開中.共.中.央。1929年11月因就中東路事件發表不同意見而被開除黨.籍。1931年5月成立的“中.共.左.派反對派”，推選陳獨秀爲中.央書.記。
1932年10月被國民政府逮捕，判刑後囚禁於南京。抗日戰爭爆發後，他於1937年8月出獄，先後住在武漢、重慶，最後長期居住於四川江津（今屬重慶市）直到逝世。
自幼喪父，隨人稱“白鬍爹爹”的祖父修習四書五經??。
1896年，考中秀才，次年應江南鄉試落第。18歲撰文《揚子江形勢論略》。
1898年維新變法失敗和1900年八國聯軍對中國的侵略，使他受到很大震動。1901年至1915年，先後五次東渡日本求學或避難，接受民主主義思想??。1897年，入杭州“中西求是書院”學習。1899年，因有反清言論被“中西求是書院”開除。1901年，因爲進行反清宣傳活動，受清政府通緝，從安慶逃亡日本，入東京高等師範學校速成科學習??。
1911年辛亥革命後，陳獨秀任安徽都督府祕書長，這個時期，陳獨秀成爲安徽地區民主革命的領軍人物，他雖然沒有加入孫中山領導的同盟會，但他是辛亥革命的積極參加者。
1913年，參加討伐袁世凱的“二次革命”，失敗後被捕入獄。1914年，出獄後到日本，幫助章士釗創辦《甲寅》雜誌。他寫文章用“獨秀”筆名，來源於家鄉的獨秀山。
1915年9月，陳獨秀在上海創辦《青年雜誌》（翌年改名爲《新青年》），新文化運動由此發端。
這位以宣揚“德先生”和“賽先生”而著稱陳獨秀的到來，使很多人敏銳的感覺到了，蔡元培這位新上任的校長，整頓學校的決心和魄力。
而事實上??，陳獨秀的任教，對北大教育革新的意義也確極爲重大。他上任文科學長，催發了北大在文化革新方面的銳氣，尤其是他帶來了一份影響中國歷史進程的重要刊物——《新青年》。
陳獨秀出任北大文科學長後，以北大爲依託、以《新青年》爲陣地，鼓吹新思潮，聚集了北大學人的革新力量，進一步推動了波瀾壯闊的新文化運動。
不久，經許壽裳和魯迅的推薦，曾任紹興教育會長的周作人應聘來到北大。由於時逢學期的中間，不宜開設新課，蔡元培先安排他到附設於學校的國史編篡處任職。新學期後聘其爲文科教授，講授《歐洲文明史》等課程。
緊接着，曾繼嚴復之後被任命爲北大校長而沒到任的章士釗，應聘爲文科教授，主講邏輯學，併兼任學校圖書館的主任。
在此期間，蔡元培曾函請吳稚暉和汪精衛等人，希望他們來擔當學監和教學等工作，但他們都因故而未能前來，只有李石曾“惠然肯來”做了生物學教授。
這一年的8月，從美國學成歸來，因發表《文學改良芻議》而“爆得大名”的胡適，應召而來，被聘爲文科教授。這是繼陳獨秀之後，又一讓北大校園產生較大反響的人物。蔡先生因聘到胡適而愈加興高采烈。他認爲胡適“真是舊學遂密而新知深沉的一個人”。
9月，曾在北大代課的錢玄同和《新青年》撰稿人劉半農，先後出任文科教授。
11月，經章士釗推薦，李大釗進入北大擔任了原由章兼任的學校圖書館的主任。圖書，是大學的重大資源，同樣需要能者打理。
一時間，在蔡元培的網羅下，除了已經提到的陳獨秀、胡適、周作人、錢玄同、劉半農、李大釗、章士釗外，魯迅、高一涵、沈尹默、吳虞等新派人物也都雲集北大。使得北大的師資陣容，令人歎爲觀止。