來京城之前，他已聞聽，北京大學的學生，是京師大學堂“老爺”式學生的繼承者，具有科舉時代遺留下來的劣根性。他們多數人對學問沒有興趣，以大學爲升官發財之階梯，視兼任教師的政府官員爲今後的靠山。學校之外，則放蕩冶遊。
因此而對於北大的腐敗，他是已經有了思想準備的。
當了校長深入瞭解後，則越發觸目驚心。堂堂國家最高學府內，竟有烏七八糟的“探豔團”、“賭窟”等名目繁多的所在。不少師生熱衷於打牌聽戲捧坤角，致使學校成爲“浮豔劇評花叢趣事之策源地”。尤其使他不可思議的是，“往昔昏濁之世，必有一部分之清流，與敝俗奮鬥……而今則衆濁獨清之士，亦且踽踽獨行，不敢集同志以矯末俗，洵古今未有之現象。”
整飭北京大學的風紀，改變這所大學在社會上的腐敗形象，是蔡元培出任校長之初就已經確定了的目標。
蔡元培認爲，第一要改革的，是學生的觀念。
他到北大後第一次演說中，曾向學生提出三點要求：
一、抱定宗旨。大學是研究高深學問的機構。諸位須抱宗宗旨，爲求學而來。入法科的，不爲做官。入商科的，不爲致富。宗旨既定，自趨正軌。
二、砥礪德行。如今北京社會風氣敗壞，道德淪喪，諸位作爲大學生，應束身自愛，以身作則，力矯頹俗，品行不可以不謹嚴。
三、敬愛師友。教員的教授，職員的任務，都是爲使諸位求學的便利，自應以誠相待，敬禮有加。同學之間，自應互相親愛，收切磋之效，不僅開誠佈公，更應道義相勉。
可以看到，蔡元培這裏提出的三點，便是圍繞着轉變學生的觀念展開的。
爲了轉變學生的觀念，他在日常的工作中，做了大量的工作，也採取一系列有效的措施。
在校長任上近一年後，在用人問題初步得以解決，校內的學術風氣基本確定後，他便下決心整頓學校的風紀。
病重需要下重藥，蔡元培整頓學校的風紀出的重拳是發起組織北大“進德會”。
1918年1月19日，《北京大學日刊》發表了蔡元培的撰寫的《北京大學進德會旨趣書》。
蔡元培在文中言道：“……今人恆言：西方尚公德，而東方尚私德；又以爲能盡公德，則私德之出入，不足措意，是誤會也。吾人既爲社會之一分子，分子之腐敗，不能無影響於全體。如疾症然，其傳染之廣，往往出人意表。昔儀狄作酒，禹飲而甘之，曰：‘後世必有以酒亡其國者。’遂疏儀狄而絕旨酒。司馬遷曰：“夏之亡也以妹喜，殷之亡也以妲己。”子反湎於酒，而楚軍以敗；拿破崙惑於色，而普魯士之軍國主義以萌。
“私德不修，禍及社會，諸如此類，不可勝數。又如吾國五六年來，政治界、實業界之腐敗，達於極端。而禍變紛乘，浸至亡國者，寧非由於少數當局驕奢淫佚之餘，不得已而出奇策以自救，遂不惜以國家爲犧牲與？《易》曰：‘善不積，不足以成名，惡不積，不足以滅身；勿以小善爲無益而弗爲也；勿以小惡爲無傷而爲之。’鄙人二十年前，鑑於吾國談社會主義者之因以自便，名爲提倡，實增阻力，因言‘惟於交際之間一介不苟者，夫然後可以言共產；又惟男女之間一毫不苟者，夫然後可以言廢婚姻。’正此意也……
“又同時發起一“社會改良會”，所揭著者凡三十六條，第一曰不狎妓，第二曰不置婢妾，第十九曰不賭博，第二十九條曰戒除傷生耗財之嗜好，猶六不會意也。其後爲政潮所激盪，“六不會”若“社會改良會”之發起人，次第星散，未及進行；而進德會之新分子，則間見於上海之報紙焉……”
隨後，校方向師生們散發了參加“進德會”的志願書，一時間，一股“進德”之風迅速吹拂在北大校園之中。
蔡元培發起組織“進德會”的理念是：“吾人既爲社會之一分子，分子之腐敗，不能無影響於全體，如疾疫然。其傳染之廣，往往出人意表”。“私德不修，禍及社會”。要努力“進德”，以與社會之濁流作鬥爭。
蔡元培將“進德會”的等第分爲三種：
甲種會員：不嫖，不賭，不納妾。三戒。
乙種會員：不嫖，不賭，不納妾，不做官吏，不做議員。五戒。
丙種會員：不嫖，不賭，不納妾，不做官吏，不做議員，不吸菸，不飲酒，不食肉。八戒。
入會會員註冊申報爲某種會員，公諸《北京大學日刊》，不咎既往。該會成立後公定罰章。
蔡元培指出，入會的效用有三：一，可以繩己；二，可以謝人；三，可以止謗。他感慨於“北大之被謗久矣，而止謗莫如自脩。”他說：“今以本會爲保障，苟人人能守會約，則謗因既滅，不弭謗而自弭。”
後來，“進德會”還發布了關於八條戒律之界說。
一，不嫖。凡褻視他人之人格，以供玩弄者，皆認爲嫖。
二，不賭。凡以錢或錢之代替品爲輸贏之遊戲，皆認爲賭。
三，不納妾。凡有妻再婚者，無論用何名稱，皆認爲納妾。
四，不做官吏。凡受政府任命而從事於行政司法者爲官吏，但本其學說從事於教育學術實業者，不在此限。
五，不做議員。以國會，省議會，縣議會議員爲限。
六，不飲酒。中西各酒以及普通藥酒皆爲酒。
七，不吸菸。中西各種煙及鴉片，與代鴉片之嗎啡針，皆以煙論。
八，不食肉。動物材料除乳卵外，皆爲肉食。
後三條中，其治病必需之品不在此限。
該會成立三個月，報名者踊躍，會員（含本校教職員與學生）共計461人。其中，李大釗等甲種會員332人；蔡元培等乙種會員105人；李煜瀛等丙種會員24人。此外還有校外會員若干人。