在當時的北大有一種說法，中國有多少黨派，北大就有多少學派；北大有多少個教授，校園裏就有多少種學術觀點。
在北大的講堂上，史學方面，既有信古派的黃侃、陳漢章，也有疑古派的胡適、錢玄同。李大釗、陳獨秀可以在講壇上宣傳馬.克.思.主義、社.會.主義，也有的教師在課堂上大講特講國家主義、無政府主義；有人提倡工讀互助主義，有人宣傳儒佛道者；陳獨秀、胡適、劉半農、周作人提倡白話文，而黃侃、劉師培、林損等則極力維護文言文的地位。
如果走進那個時代的北大，人們可能會有一種時空錯亂之感。當時的校園裏，有些教授如胡適，上課時總是西裝革履、洋派十足；而在另一間教室上課的辜鴻銘，則是長袍馬褂、拖着長辮子，還手持旱菸袋，並專門有僕人爲之點菸上水，諸如此類的情形不一而足。這些人似乎在用自己的外表裝束在無形中宣示着自己的理念。
至於課堂教學中不同觀點的交鋒、互捧、或指名道姓批評對方觀點，也是家常便飯。
本來中國有“文人相輕”的傳統，互相誰也瞧誰不服氣，共處一堂，是很容易滋生矛盾的。
但是，這難不倒蔡元培。用老百姓的話，叫做沒有金剛鑽，不攬瓷器活。
就任北大校長後，蔡元培提出“囊括大典，網羅衆家，思想自由，兼容幷包”的辦學方針。正如他的一句名言：“大學者，‘囊括大典、網羅衆家’之學府也。”
凡是有人的地方，總要有不同的人，不同的思想和觀念。對同樣一件事，看法也很難沒有分歧。要使這些不同的人，不同的思想，不同的觀點，能夠在相處在一起，途徑無非有兩個。
其一，是弱者對強者的臣服。在動物界，如果在爭奪交.配權時一定要鬥個你死我活，這個物種肯定不會得到好的發展，也很容易走向滅絕。倒是弱者能夠對強者臣服的種羣，能夠有利於繁衍光大。
弱者對強者的臣服在人類的歷史上具有重要的作用。我們常說，人沒有虎豹兇猛，能成爲這個世界的主宰是靠羣體的力量，離開羣體個人是很難生存的。但是，至少在很長的歷史時間裏，沒有弱者對強者的臣服，羣體是不能維持的。
弱者對強者的臣服，這應該是封建專制及其之前的奴隸社會得以存在的重要的條件。所以，纔有人被神化，有人拜倒在“神”的腳下，所以纔有勇敢和智慧本身能成爲道德。崇拜其實也是一種臣服，只是從表面看不是被強迫，而是心甘情願。但臣服就是臣服，無論是自願還是強迫。
要使這些不同的人，不同的思想，不同的觀點，能夠在相處在一起，這第二個途徑便是“兼容幷包”。不僅僅是求同存異，而是不同的人，不同的思想，不同的觀點能夠互相包容，進而能夠在一起和諧相處。
何爲共和，或許共和真諦就是“兼容幷包”。
所謂我不同意你的觀點，但我誓死捍衛你發表意見的權力。毫無疑問，一個社會能實現兼容幷包，標誌這個社會已發展到了民主社會的較高階段。
一個兼容幷包的社會肯定是個偉大的社會，一個對自己充滿自信的社會。
唯物史觀告訴我們，這樣的社會，要建立在很高物質生產和物質生活水平之上，與此相適應的，則是這個社會的社會成員，已經有了較高的道德水平。當然，一個社會的道德水平，同樣是一定的物質生產和物質生活水平的產物，這也是唯物史觀的基本觀點。
或許有了“思想自由、兼容幷包”，才能使得“囊括大典，網羅衆家”落到實處。“思想自由、兼容幷包”，它反映了領導辦學事業的人的一種難能可貴的寬容精神，如果放大了來看，它更反映了這個領導者對自己理念的自信，而蔡元培就具備了這種自信。
胡適對錢穆的《向歆父子年譜》的考據謹嚴，摺合今古家法，十分佩服，遂常常在課堂上對學生們做義務宣傳。但他對錢穆、馮友蘭、顧頡剛等人關於老子和《老子》一書的爭論，在課堂上則大肆抨擊，而這並不影響學人之間的友誼。
正如一位老先生所說：“胡適是一個書生，說不好聽一點，就是一個書呆子。舉一小事，胡適一次會議前聲明要提前退席，會上忽而有人談到《水經注》，胡適之先生立即精神抖擻，眉飛色舞，口若懸河起來，乃至忘了提早退席這件事。”
特立獨行的國學大家辜鴻銘就不買胡適的賬，他認爲胡適號稱治哲學史，但卻既不懂德文，又不懂拉丁文，簡直是硬充門面、畫虎成貓、誤人子弟。
而章太炎的高足黃侃也看不起留美的洋博士胡適。但這可不是唯一讓他看不上的人，黃侃在上課的時候罵起同門師弟錢玄同來也照樣毫不留情。以至於兩人同時上課，因教室相鄰，錢玄同這邊聽得字字入耳。連下面聽課的學生都忍不住好笑，但錢玄同站在講堂上若無其事。
陳獨秀曾在《蔡孑民先生逝世後感言》中稱讚蔡元培“容納異己的雅量，尊重學術自由思想的卓見，在習於專制、好同惡異的東方人中實所罕有”。
其實，他更應該感謝蔡元培對他本人的愛護和包容。這位爲呼籲科學與民主的新文化運動急先鋒行事風格圭角畢露、鋒芒侵人，個人生活上也是放浪形骸、不檢細行，往往給他的敵對者以攻訐的口實。他曾去當時北京的紅燈區“八大胡同”消遣，有時鬧到被妓女控告、被警察局傳訊、被小報大肆渲染，成爲轟動社會的醜聞。這位運筆如槍的仲甫，若沒有蔡元培爲他屢次三番解圍，恐怕早就被趕出北大了。
難得的是，蔡元培自己是北大進德會的模範會員，“不嫖，不賭，不納妾”這三條他絕對遵守了，但蔡元培並不以自己的道德標尺去苛求他人。蔡元培對陳獨秀之愛護並不是毫無原則，而實在因爲在蔡元培看來後者是難得的人才、有益國家，其言論主張值得同情、支持。
能使各類學術人才兼收幷蓄，並造成了一種大家和平共存、不相妨害的局面，當然還需要其他的條件。
比如，校長蔡元培處事公平、不偏不倚，使各路才俊心服口服，把彼此的不滿和爭辯限定在一個合理的範圍內。
比如，需要這些人有較高的道德水平，能夠寬容相待。寬容和包容，本身就是較高道德水平的表現。
在公共汽車上，一個人不小心踩了另一個人的腳。
被踩的人馬上大叫起來：“長眼睛沒有，往哪兒踩呢？”
另一個人也不是省油的燈：“怕踩把腳放家裏呀！”
於是。兩個人吵了起來。
還是在公共汽車上，一個人不小心踩了另一個人的腳。
卻發生了另一幕：踩人的人正要向被踩的道歉，但還沒等他開口，被踩的人先和他道歉了。
還能吵起來嗎？
這便是倆個地方的差異，這便是人的道德水平的差異。
蔡元培提出“囊括大典，網羅衆家，思想自由，兼容幷包”的辦學方針。其意義可不止是使不同的人，不同的思想和觀念的人，能夠相處在一起，不是的。其更大的意義在於學術方面。
正是在這個“囊括大典，網羅衆家，思想自由，兼容幷包”十六字的辦學方針指導下，北大的思想和學術呈現出繽紛萬象、百家齊鳴的景象。
北大設立研究所，組織學術團體，出版學術刊物，促進中西學術交流，爲師生提供從事高深研究的機會。
各類學術團體如雨後春筍般涌現：例如，陳獨秀、李大釗發起組織的“社.會.主義研究會”，1921年改名爲“馬.克.思學說研究會”；胡適、馬敘倫等組織的“哲學研究會”；梁漱溟組織的“行知社”；徐志摩組織的“閱書報社”；其他還有“教育研究會”“成美學會”“進德學會”“雄辯講演會”……
在北大校園裏的刊物，有校方編辦的，如《北京大學日刊》《北京大學月刊》《國學季刊》《社會科學季刊》；有教授私人籌辦的，如《新青年》《每週評論》《努力週刊》《讀書雜誌》《語絲週刊》《現代評論》《猛進》；也有學生自辦的，如《新潮》月刊。其中以陳獨秀創辦的《新青年》、胡適主編的《每週評論》最爲有名。
“囊括大典，網羅衆家，思想自由，兼容幷包”十六字的辦學方針，則鼓勵師生學術爭鳴，培養學生的思辨力，開創學術自由的風氣，促進新思潮的傳播。
這時的北大創辦才僅僅20多年，得益於蔡元培的“十六字辦學方針”，北大已迅速躋身於當時世界一流的大學。
到20世紀20年代中期，北京大學在學術研究上取得了令人驕羨的成績。例如物理專業，由於一批從海外學成歸來的教授們的殫精竭慮，北大預科的物理水平已與美國哈佛大學一年級水平相當，北大物理專業的本科畢業生水平也處在美國學士與碩士之間。