但是，按照中國道德文化傳統，評價一位學者文人往往從道德、學問、文章三方面切入，而在其中，道德更重要。學問大，文章好，而如果道德缺失，會被認定是文人無行，這是最嚴重的批評。一般認爲做人比做學問、寫文章更難，也更重要。
這也就是說，類似於北大這樣的學者文人的集合之地，“進德”還是有某種內在要求的。
所謂做總比不做好，北大畢竟是北大，有了“進德會”?的影響，以及學校獎勵優秀學生，對違規學生進行處分等配套措施，北大的校風還是有很大改變的。
“當時所有的新聞報道，對北大完全是刮目相看。1917年的報紙對北大的評價就完全變了。五四運動後更不用說”。
“中學爲體，西學爲用”這是上個世紀之交在中國學界廣爲人知的口號，乃至到了今天還餘音猶在。這個口號的提出者，是最先接受了西方新學的中國知識分子，而他們不可避免受到西學思維的影響，才提出這樣一個命題，力圖爲東西思想做一個合理的定位。
問題在於，他們口中所謂的“中學”本質上側重於“道”，換言之，注重的是世界觀方面、修身方面、做人的倫理。而他們所理解的“西學”，注重的是“術”，注重做事的方式、科技的革新。
一個是如何做人，一個是人的技能，可以說，這完全是兩個層面的東西。修身的方面本就是“體”，而致用的方面本就是“用”。舉例而言，一個科學家，他要掌握專業技能，但同時，他要有品德、理念、倫理觀念。這二者毫無悖逆。
唯物史觀早就正確的指出，一個社會，物質生產和物質生活水平提高以後，與之相適應的倫理道德也是要發生變化的，或者說也是要進步和前行的。這也就是說，社會物質生產和物質生活變化了，人們的交往方式也會發生變化，就要重新規範人的行爲。
必須看到，隨着商品經濟的逐漸發展，封建制度越來越走向窮途末日，傳統的倫理思想在很多方面也已過時。
加之鴉片戰爭後，泱泱中華大國，一直遭人欺辱，於是，很多人提出“中學”無用的觀點。在學界，也像那些鼓吹“實業救國”“工科救國”論者一樣，專注於理工，而輕人文學科。
蔡元培的可貴，一方面在於，他並沒有因爲西方船堅炮利、科技強大，就像當時鼓吹“實業救國”“工科救國”論者一樣，專注於理工。
另一方面，他沒有像一些固步自封、夜郎自大的士大夫一樣，認爲不能因爲西方科技發達、東方物質文明落後，就認爲中國傳統的人文思想和哲學也落後。覺着凡是老祖宗的東西，就都是好的，在人文學科，沒有學習西方的必要。
這其實是兩個極端。
他對人文學科的重視，足以成爲那個大時代的鳴奏曲中一個空谷迴音般的音符，具有超越時空的意義。這具體就體現在他對大學學科的定位上。
本來，北大的學科是文、理、法、商、工五科並立，可以說是高大全而沒有重點。蔡元培任校長後，堅決主張將北大辦成只包括文、理兩科的大學。他在北大的學制改革方面首先是調整學科設置。這對一個大學的發展來講至關重要，將涉及大學的學術定位、思想文化特色的走向。
蔡元培提出了這種辦學方式的弊端：一方面，“同時並立，義近駢贅。且兩種學校之畢業生，服務社會，恆有互相齟齬之點”，也就是說，這相當於重複建設，資源重疊，又導致綜合性大學和專科大學的同種專業畢業生形成無必要的競爭；另一方面，高、大、全的學科設置，對大學來講也造成了不必要的負擔，分散了大學的辦學精力和資源。例如，北大五個學科雖然看起來齊備全面，“而每科所設，少者或止一門，多者亦不過三門。欲以有限之經費，博多科之體面，其流弊必至如此”。
蔡元培力排來自各方的阻力，在北大停辦了商科，將北大的工科併入北洋大學，並計劃將北大法科分出去，獨立成立法學專科大學(這一計劃後來沒有實現)。同時，大力充實北大的文、理兩科。在文科中，除原有的中國哲學專業、中文專業、英國文學專業外，又先後增設中國史專業、法國文學專業、德國文學專業、俄國文學專業；在理科，除原有的數學、物理、化學三門外，又於1917年增設地質學專業。
在蔡元培的領導下，北大建成了一所以文、理科爲主的綜合性大學。難能可貴的是，蔡元培還提出了“溝通文理”的主張，原因很簡單，在蔡元培看來，文、理是不能“分家”的。
例如在他看來，文科的史學、文學均與科學有關；而哲學更是以自然科學爲基礎的；同樣的，理科的各個專業，都與哲學有關。蔡元培認爲，哲學應是科學的歸宿。同時，有些學科彼此交叉，根本無法以文理來劃分。例如，心理學以前從屬於哲學，由於後來廣泛採用科學試驗的方法，歸入理科也說得通；再如地理學中的人文方面應屬於文科，地質專業的地文方面則屬於理科的範疇。
蔡元培批評文理科劃分得過於清晰，弊端很大。他認爲這造成的後果是，文科生將“因與理科隔絕之故，直視自然科學爲無用，遂不免流於空疏”，理科學生則“以與文科隔絕之故，遂視哲學爲無用，而陷於機械的世界觀”。這個看法是深刻而富於遠見的。蔡元培堅決主張北大應打破學生“專己守殘之陋見”，“溝通文理，合爲一科”。
1918年9月20日，蔡元培在開學儀式的演講上說；“近並鑑於文科學生輕忽自然科學，理科學生輕忽文學、哲學之弊，爲溝通文、理兩科之計畫。”
1919年，蔡元培即廢止北大文理科的科別，將原來分屬文、理、法三科的14個專業一律改成爲系，原來分屬於這三科的各系分別改稱第一院、第二院、第三院。這個院，不是院系的院，而是大院的院，也就是說，是按各科所在校園內的地域而劃分的，並不算做一級機構，從而模糊了專業的概念。