比如，後來他在比較五四運動前後學生的變化，就曾有過以下的高度評價：
“五四運動以來，全國學生界空氣爲之一變。許多新現象、新覺悟，都於五四以後發生，其中最重要者，約有四端。”
一是“自己尊重自己。從前的社會看不起學生，自有此運動，社會便重視學生了。學生亦頓然瞭解自己的責任，知道自己在人類社會佔何種位置，因而覺得自身應該尊重，於現在及將來應如何打算”。
二是“化孤獨爲共同”。五四運動後，學生“自己與社會發生了交涉，同學彼此間也常須互助，知道單是自己好，單是自己有學問有思想不行……於是同志之連絡，平民之講演，社會各方面之誘掖指導，均爲最切要的事，化孤獨的生活爲共同的生活”。
三是“對自己學問能力的切實瞭解。五四以後，自己經過了種種困難，於組織上、協同上、應付上，以自己的學問和能力向新舊社會做了一番試驗，頓然覺悟到自己學問不夠，能力有限。於是一改從前滯鈍昏沉的習慣，變爲隨時留心、遇事注意的習慣了”。
四是“有計劃的運動。從前的學生，大半是沒有主義的，也沒有什麼運動。五四以後，又經過各種失敗，乃知集合多數人做事，是很不容易的，如何纔可以不至失敗，如何纔可以得到各方面的同情，如何組織，如何計劃，均非事先籌度不行”。
蔡元培也特別強調五四運動對學生追求學業、完善人格的促進作用：“前年‘山東問題’發生，學生關心國家，代表社會，又活動起來。國人對於學生舉動很注重，對學生議論也很信仰，所以有好機會，爲社會作事。不過五四以後，學生屢屢喫虧。中間經過痛苦太多。功課耽誤，精神挫傷，幾乎完全失敗。因爲學生髮生兩種覺悟出來：第一，受此番經驗，自知學問究竟不足，於是運動出首的學生，或到外國求學，未出國的，也都格外專心用功了。第二，經此番風潮，社會對於學生，都加一番重視。學生自身，也知人格可貴，就大家不肯作貶損人格的事情。”
1922年爲紀念“五四”，《晨報》再闢“第四個五四”專欄，蔡元培應約發表《五四運動最重要的紀念》，他結合時事，強調“五四運動最重要的紀念”是“（一）廣集贖回膠濟路的股款。（二）自動的用功。（三）擴充平民教育”。他表示，學生在五四運動中得到鍛鍊，同時在運動後產生新的覺悟，“我常常對人說，五四運動以後，學生有兩種覺悟是最可寶貴的：一是自己覺得學問不足，所以自動的用功；二是覺得教育不普及的苦痛，所以盡力於平民教育。這兩種覺悟，三年來，很見得與前不同，不能不算是五四運動的紀念”。
5月7日上午，被捕學生全部獲釋，北京各高校恢復上課，這場運動在北京似乎到此就可以告一段落了。
如果7日上午果真就這樣畫上一個小小的句號，那麼，這場運動的具體進程或許就會改變，意義也可能會打折扣。因爲僅就4日的行動而言，它充其量也就是一場“學生的運動”，而且是一場沒有達到目的的學生運動。
4日學生行動的目的有二，一是“外爭主權”，二是“內懲國賊”，7日被捕學生雖然獲釋，但運動的這兩個目的並沒有達到。
儘管北京學聯從7日開始就在醞釀新的行動，京外各地的聲討浪潮也並未平息，但北大作爲運動的發源地，北京作爲全國運動的中心且又是北洋政府的所在地，有牽一髮而動全身的作用，倘若北京的運動暫時停歇下來，對整個運動勢必會產生一定的影響。
於是，北京的這場運動非但沒有在7日告一段落，反而從9日開始有了一個新的開端，而且迅速擴及全國，不斷掀起高潮，直至獲得勝利。這個局面對於蔡元培本人來說，或許是他始料不及的，但歷史就這樣註定了他在這場偉大運動中無可替代的作用。
蔡元培的辭職是向大總統和教育部提出的，原因如其辭呈所言：“近日本校全體學生又以愛國熱誠，激而爲騷擾之舉動”，他作爲校長“約束無方”，故“竭誠呈請辭職”。北大畢竟是北洋政府轄下的學校，蔡元培很清楚自己作爲一校之長對4日行動負有的責任，因而是脫不了干係的。
辭呈所言只是一個堂而皇之的理由，而實際情況卻要複雜得多。當時，各方反蔡勢力都蠢蠢欲動，不僅威脅到他本人，甚至威脅到北大及其學生。具體來看，一是當局將運動“加罪於北大之一校，北大一校之罪加於蔡校長一身”，因此“撤職查辦北大校長”在當局幾乎是一邊倒的主張，而“解散北大”的動議也甚囂塵上。二是安福系更是磨刀霍霍，當局也明令要“將已釋學生送法庭懲辦”。三是因北大改革而失意的少數人也欲“乘隙而入”，裏應外合，“動搖北大現狀”。
面對如此複雜的局面，蔡元培又拿出了他“政治生活中一貫的鬥爭策略”——辭職。蔡元培在與北洋當局的鬥爭中，“一面毅然鬥爭，一面準備在不可爲之時作引退之計，難進易退是他行事的一大準則”。總之，對於來自各方的威脅和壓力，蔡元培心知肚明，“蔡某不去，難猶未已”，與其被撤職查辦，學校、學生以及他本人的安危受到威脅，不如自己辭職更主動，更能息事寧人，也更能表達出一種反抗的姿態。
至於他是否預料到自己的辭職，會引起學生更大規模的行動以致將運動推向高潮，回答肯定是否定的。
蔡元培9日出京前，留下一則啓事：“我倦矣！‘殺君馬者道旁兒。’……我欲小休矣”，同時聲明“北京大學校長之職，已正式辭去……自五月九日起，一切脫離關係”?。
蔡元培前腳剛剛離開北京，這則啓事緊接着就在北大學生中傳開並被印成傳單分發到外校，“挽蔡運動”由此爆發。
與5月4日下午的行動相比，“挽蔡運動”的最初幾天，學生是相當理性而剋制的，也許是他們意識到，4日行動的過火之處以及蔡元培等人爲營救被捕學生所作的承諾，因此他們只是以“呈文”教育部的形式“陳情挽留校長”，派出的學生代表還提出了三條富有建設性的“挽蔡”建議。
這裏邊還有個插曲，蔡元培在出京時，留下啓事中有“殺君馬者道旁兒”。
“殺君馬者道旁兒”出自《風俗通》。《風俗通》曰；”殺君馬者路旁兒也。言長吏養馬肥而希出，路旁小兒觀之，卻驚致死。按長吏馬肥，觀者快之，稱者喜其言，馳驅不已，至於死。”