11月初，孫傳芳在江西被國民革命軍擊敗。爲配合廣東國民革命軍的北伐，推翻直係軍閥孫傳芳在蘇浙皖東南三省的統治，蔡元培與褚輔成、沈鈞儒、黃炎培等發起組織蘇浙皖三省聯合會，策動三省自治運動。
11月14日，蘇浙皖三省聯合會在上海成立。23日，蘇浙皖三省聯合會在上海舉行第二次委員會議，蔡元培被推舉爲主席。
1926年11月28日，三省聯合會與上海總工會、商會總會、學聯等各界400餘社會團體召開“上海市民反對奉軍南下”大會，蔡元培在會上登臺演講，號召上海市民組織起“人民政府”。利用各種機會，大造社會輿論策應北伐。
12月，國民黨中央政.治.會.議在南昌召開，決議於浙江設立臨時政.治.會.議，張靜江、蔡元培、褚輔成、查良釗、沈鈞儒、朱少卿等爲委員，以張靜江爲主席。張未到前，由蔡元培代理。
對蔣介石的任命，蔡元培覆信表示：“爲國爲黨，義不容辭。”
12月19日，浙江宣佈自治。
蔡元培等人策動的浙江自治，遭到了孫傳芳、盧永祥等軍閥勢力的打壓和破壞。
23日，孫傳芳下令取締蘇浙皖三省聯合會，通緝蔡元培、沈鈞儒、褚輔成等70餘人。
1927年1月，浙江省臨時政.治.會.議被迫決定，轉往寧波成立省政府。蔡元培匆匆趕往寧波，籌建浙江省政府。
不久，寧波被吳佩孚的部攻佔，省政府再次無法成立。於是，蔡元培和馬敘倫等乘漁船由浙江轉移福建，於1月21日抵達福州，23日到達廈門。
2月19日，北伐軍攻克杭州。第二天，蔡元培就馬不停蹄地由廈門奔赴杭州。
3月1日，浙江臨時政.治.會.議在杭州正式成立，蔡元培任委員，並代張靜江任主席。
這個時候的蔡元培，住在杭州青年會，可以說是忙得不亦樂乎。
姜紹謨曾回憶說：求見蔡元培的人絡繹不絕，許多人來要求他介紹工作，他樂於接受，當場就寫介紹信，而且總是親手寫，從不假手於人。
一天晚上，已經十點多鐘了，一個青年畫家求見。此人帶着他的畫，請蔡元培介紹工作。蔡元培問明青年畫家能畫宣傳品後，當場寫信把他介紹給白崇禧的東路軍指揮部。
北伐戰爭在人民羣衆的積極支持下勢如破竹，不到半年就佔據了江南大部分地區，迅速發展到了長江流域。這個時候，正值國民黨和共.產黨兩黨合作的蜜月期，兩個黨各有所長，優勢互補，用大家常說的一句話是，大革命洶涌澎湃。
但是，這樣的大好形勢沒能維持多久。
1927年3月21日，張靜江自江西蔣介石行營抵達杭州，住進新新旅館。當晚，蔡元培與邵元衝即往拜訪，聽取有關蔣介石的反.共清黨計劃。張靜江向他們傳達說：“介石對於與共產黨分離事已具決心，南京定後，即當來寧共商應付。”
24日，蔡元培跟隨張靜江由杭州抵達上海，與先期抵達那裏的吳稚暉、李石曾、黃郛等一起籌劃反.共清黨事宜。3月27日，蔡元培、吳稚暉等遷入豐林橋蔣介石總部行營，召開國民黨中央監察委員會常務會議。這次會議亦被稱作“預備會”。
28日，蔡元培與吳稚暉、李石曾、張靜江、古應芬等召開第三次會議。蔡元培被推爲會議主席。五名到會的監察委員中，除古應芬資歷稍淺以外，其餘四人都是民國元老。
這次會議可以說是清黨的發難會議，發難人爲吳稚暉。根據會議的原始記錄，吳稚暉首先發言，報告“共.黨謀叛情形”。
他說：“共.產黨陳獨秀明言二十年內實行共.產，及已入國民黨之共.產黨員謀叛國民黨，及不利於中華民國之種種行爲。”
會議付諸討論，吳稚暉提議“糾察共.產.黨人”。蔡元培表示附議，主張“取消共.產.黨人在國民黨之黨籍”。
吳稚暉的反.共提案獲得通過，決議如下：“由原提議人擬具草案，交監察委員會全體會議公決。至除名部分，俟另案辦理。”
這次會議還通過了吳稚暉提議的“現在共.產.黨種種行爲，實危害本黨及中國，此次運動應名爲護黨救國運動”。
4月2日，國民黨中央監察委員會全體會議召開。除了蔡元培與吳稚暉、李石曾、張靜江、古應芬五人之外，監察委員增加了陳果夫、李宗仁、黃紹竑三人，而實際上國民黨中央監察委員共有20人，與會人員根本不過半數。蔡元培擔任會議主席。
就是這次僅八人到會的所謂中央監察委員會全體會議，通過了吳稚暉擬具的草案，即1927年5月被列入第一號《國民政府公報》的《請查辦共產黨呈文》。
吳稚暉說：“今者共產黨有謀逆之整備，遂喧騰其聯共之口號，誣罔總理（孫.中山），挾制輿論，以圖大逞。”他還說，在3月6日晚和陳獨秀談話時，他問陳，中國實行共產主義須若干年？陳獨秀回答“二十年”。吳稚暉還聲稱，去年雙十節湖北共.產.黨敬告同志宣言，認爲“二十年內中國國民黨滅亡，中國實行列寧式共.產.主義，似已爲難逃之巨禍”。
吳稚暉由此指出，國民黨如果不願亡黨，“內部即應當制止”，“是以本委員會特將亡黨賣國之逆謀，十萬急迫提呈本會，伏祈予公決，得諮交中央委員會非共產黨委員及未附逆員臨時討論，可否出以非常之處置，護救非常之巨禍”，即實行清黨。
蔡元培的學生柳亞子(1887—1958)曾這樣回憶“清黨”運動中的蔡元培：“先生一生和平敦厚，藹然使人如坐春風，但在民國十六年上半年，卻動了些火氣，參加‘清黨運動’。一紙用中央監察委員會名義發表的通緝名單，真是洋洋大觀，連我也受到影響。”
柳亞子說自己也受到“影響”，說得非常委婉。如果說直白一點，那就是蔡元培當年參與策劃國民黨內的密謀，清除共產黨人士之時，柳亞子也赫然名列“清黨”的黑名單。
中國近代史上著名的“四?一二”政變成爲後來人所熟知的一個大事件。在1927發生的這次政變中，以蔣介石爲首的國民黨人對黨內的共.產.黨展開了一次極爲血腥的大“清洗”，大批共產黨人及“左傾”人士被捕殺，中共的組織活動頓時受到極大摧殘，從此在中國的廣大地區不得不轉入長達十年的“地下”活動，直至抗戰全面爆發。
在國民黨的清黨運動中，毫無疑問，蔡元培是一開始的時候就參與了，並且在一些時候幾乎是“主持”了這場嚴酷的運動。以儒厚長者著稱的蔡元培，何以會如此呢，這是很讓人費解的。
每個人做事都是有其動機在主使，探討蔡元培清黨的動機，這無疑是個很複雜的問題，也一定由多方面的因素構成，顯然不是本書力所能及的事情。
做爲國民黨人或者說國民黨元老的蔡元培，所以被捲進反.共的大合唱，不僅成爲主持人，幫蔣介石決策清黨大計，乃至於要對自己的學生進行跨省捕殺，這首先應該與他的理念有關。
蔡元培對於孫中山的“聯俄、聯共、扶助農工”的政策有其自己的理解。他認爲孫中山之所以聯共，是因爲當時中國的各政治力量中，唯有共產黨與三民主義的理念更爲切近，又因在國際上蘇俄領導人率先取消與中國所簽訂的各種不平等條約，故而孫中山選擇了與共產黨人聯合。
他甚至認爲，孫中山的聯俄聯共與軍閥段祺瑞、張作霖的聯合幾可同日而語，“先生與他黨聯合的程度，大率如是，其與共.產.黨及蘇俄，亦非一切苟同，可推而知矣”。
再者，蔡元培是不主張共.產.主義的。2月4日，蔡元培在與新聞界的談話中，即明確表示反對馬克思的階段鬥爭理論，而是主張走社會改良之路。
他說：“共.產.主義，爲餘所素服膺者。蓋生活平等、教育平等，實爲最愉快、最太平之世界……然於如何達到此目的之手段，殊有研究、討論之餘地。以愚觀之，克魯泡特金所持之互助論，一方增進勞工之智識與地位，一方促起資本家之反省，雙方互助，逐漸疏浚，以使資本家漸有覺悟，以入作工之途，則社會不致發生急劇之變化，受暴烈之損失，實爲最好之方法以。若夫馬克思所持之階級爭鬥論，求效過速，爲害無窮。”
其次，做爲國民黨人或者說國民黨元老的蔡元培，或許必然要站在國民黨的立場上來考慮問題。
在許多國民黨人看來，國民革命軍北伐前的這一期間，中國共產黨人的組織全面滲透到了當時國民黨的黨、政、軍組織之中。例如蔣介石嫡系的第一軍，幾乎被共產黨人的骨幹力量控制。