遇有民教涉訟，傳教士應當遵守中國法度，不得干預地方官審理案件。教民信教，仍是中國之人，必須遵守本國法令，倘若持教爲非作歹，定要依法治罪，決不寛貸。
同時通飭各級官員，遇有訴訟案件，不分民教，但論曲直，持平辦理。如有洋人和傳教士干預，應當根據條約章程分別駁斥，不得偏聽袒護。如果傳教士不安本分，稟請上司核辦。差役勒索，盡法懲治。
緊接着，刊發中外條約章程，令官員講習，教育民衆，保護教堂。一切攤派，平民有的，教民也不例外。
十九日，袁世凱又將勸民教告示稿和通飭各級官員稿，連同濟南、東昌、泰安和臨清發生的一百四十六起教案案情諮呈總理衙門，讓他們瞭解山東義和團的實際情況。
慈禧太后粉碎戊戌變法重新訓政後，就想廢掉光緒，另立新君。她對被她扶上大位的“兒子”竟然想要害她傷心到了極點。
因外遭各國譴責，內受二江總督等封疆大吏的強烈反對而作罷。
但她一直沒死心，到了一九九年的十月，她認爲其訓政的地位已經很鞏固，決定於元旦廢掉光緒，立端郡王載漪之子溥儁爲帝，改元普慶。
軍機首輔榮祿怕擔惡名，獻計把溥儁暫時先放到大阿哥的位置，做爲緩衝，也可以試探一下各方面的反應。
慈禧太后覺得這個辦法也不錯，就在一九零零年一月二十四日，她召集親王、貝勒及各大臣，命光緒宣讀了立溥儁爲大阿哥的上諭。
明確溥儁將來是繼承同治大統，預立皇儲。
史書稱此爲“乙亥建儲”。
本來慈禧再出訓政就反對聲不斷。
這樣的建儲等於是廢掉了光緒，違背清朝的祖制，立刻遭到了國內外的一致反對。
袁世凱覺得這是他在慈禧太后表現的機會，馬上上折慈禧太后“恭賀聖喜”，上折光緒“恭賀天喜”。果然很討慈禧喜歡，但光緒則對其恨得更甚。
顯然，袁世凱上呈總理衙門的資料有了收效。
二月十九日，朝廷根據總理衙門的上奏，發佈諭旨，嚴行禁止義和團，秉公處理教案。
對照上一個上諭，這使袁世凱感覺到了，朝廷內部對義和團有二種態度，而最高決策者在左右搖擺。
袁世凱認爲必須要抓住這有利時機，立即命人擬定《嚴禁拳匪暫行章程》，和上諭一起張貼出去，廣而告之。
章程完全是按袁世凱的意思起草，內容主要是：州縣官吏必須認真訪查緝辦，倘所管所轄境內有設廠教習者，“照縱匪例從嚴查辦”。
莊長、首事、地保必須隨時稟報，徇隱不報，即加監禁，與匪通氣，即加正法。父兄縱聽子弟學習邪拳，除將子弟正法外，父兄監禁三年。
所有拳廠，一律毀平，某家設廠，其家產一律充公。告發某家設廠，將該家家產一半賞給告發之人。拿獲設廠匪首送案者，賞該犯全部家產。
設廠的鄰人如果顧慮拳匪報復，不敢出頭告發，應即通知莊長、首事、地保，密報到官，以憑拿辦。知而不報者，提案嚴辦，窩留者與匪同罪。
從前拳匪，除著名匪首及曾犯焚搶重罪者仍應查拿外，其餘被脅者但能悔過自新，一概從寛免究。倘有挾仇誣告，希圖分賞者，即行反坐科罪，決不寬貸。
袁世凱一方面命令各級官員和紳士分赴四鄉，挨戶傳諭，每天報告義和團的蹤跡。
義和團對袁世凱恨之入骨，稱人人皆欲得而殺之，食其肉，寢其皮。
他們到處散發揭貼，罵袁世凱爲“袁奸雄”，“殺了袁龜蛋，我們好喫飯”的歌謠在山東到處流傳。
有人還偷偷地在巡撫衙門的牆上，畫了一個大烏龜。頭頂紅頂花翎，奴氣十足的趴在洋人的屁股後面，以示痛恨。
而此時，山東和直隸正好遭逢大旱。饑民們爲了生存，紛紛加入義和團，震驚中外的義和團運動爆發了。
三月十四日，朝廷正式授袁世凱爲山東巡撫。
爲了把已經成了燎原之勢的義和團運動鎮壓下去，袁世凱奏請朝廷同意，把山東原有的二十四營的勇隊栽並。
留下二十個營，共一萬五千人，改稱武衛右軍先鋒隊，重加訓練，換髮新式毛瑟槍。
其後又把另外的十個營改編爲左翼防軍，右翼防軍和沿海防軍，部署在全省要地。
不到二個月，就將義和團的主要首領數十人擒獲斬首。
義和團在山東待不下去了，紛紛逃到山西和直隸。
特別是毓賢到山西當巡撫後，山西成了義和團的天堂。
山東鬧義和拳，毓賢是始作俑者，至於他在山西的相關作爲，我們在前邊已經提到過了。
乙亥建儲後，清**的朝政逐步落到了頑固守舊的軍機大臣剛毅、趙舒翹、啓秀、大學士徐桐和大阿哥的父親——載漪之手。
爲爭取各國承認立嗣，載漪命人到各國公使館，請各國公使對此表示祝賀。
但各國公使沒有人理睬，自討無趣。
載漪知道，如果沒有外國人從中作梗，早就廢掉光緒，自己的兒子也早就已經當上皇帝了，自己不就是太上皇了嗎？
載漪本就很恨外國人，這下子更是恨之入骨，恨不得將這些外國人斬盡殺絕。
他聽說義和團能神功護體刀槍不入，見義和團打出了扶清滅洋的口號，大喜過望。
於是打起了利用義和團趕走洋人，達到自己廢光緒立新君的目的，於是便竭力在慈禧面前吹捧義和團。
慈禧這時候正對自己在洋人面前處處受制而腦火，想起洋人庇護康有爲、梁啓超這些亂黨更是怒火中燒。也想利用義和團爲自己賣命，她想把義和團收編爲官辦團練，但朝廷內爭論很大。
這些意見各有各的道理，慈禧拿不定主意了。
和袁世凱接觸雖不很多，但能覺出袁世凱有頭腦，遇事有獨到見解。於事，便爭求袁世凱的意見。
從詢問中袁世凱已經感覺到慈禧的心意，但他這一次沒順着慈禧說，而是直接提出了反對的意見。
自己殺了那麼多義和團，這些人要是得了勢能饒了自己嗎？
“該拳會聚衆遊行，每於數百里外劫取財物，不得謂之爲保護身家；焚殺擄贖，抗官拒兵，不得謂之非作奸犯科；掠害平民，騷擾地方，不得謂之專仇洋教。”
最後不容質疑地言道：“是宜嚴禁預防，未可權宜遷就。”
被這些****掌握了朝綱的清**，如何能聽得進袁世凱的意見。
在載漪等人的縱容下，六月上旬，直隸的義和團大批涌入北京，聲言要攻打各國大使館。
六月十日，總理各國事務衙門的亦劻，他本來是反對載漪這些人瞎胡鬧的。但他會看風向，見慈禧太后都那麼積極了，趕緊把嘴閉上。
怕將來受牽連，乾脆躲在家裏稱病不出。
載漪正求之不得，順勢取得了管理各國事務衙門的大權。