一、民國二年一月十四日趙秉鈞致應桂馨函：“密碼送請檢收，以後有電，直寄國.務.院可也。”（外附密碼一本，上面註明國.務.院應密，民國二年一月十四日）。
二、應桂馨寄趙秉鈞的“應密冬電”內有：“民黨主宋任總.理。已由日本購孫、黃、宋劣史， 印十萬冊，擬從橫濱發行。”
三、民國元年二月一日，洪述祖致應桂馨函：“大題目總以做一篇激烈文章方有價值也。”二月二日洪致應函：“弟須於事前逕電老趙索一數目。”
四、在往來電報中，洪述祖稱應桂馨爲弟，應稱洪爲蔭之老伯。
五、二月四日洪述祖致應桂馨函：“冬電到趙處，即交兄（洪自稱）手，面呈總統，閱後頗喜， 說弟頗有本事，既有把握，即望進行。”
六、二月廿二日洪述祖致應桂馨函：“來函已面呈總統、總.理閱過。以後勿通電國.務.院，因智 （稱趙秉鈞）已將密本交來，統歸兄一人經理。”
七、三月十三日洪述祖致應電：“毀宋酬勳位，相度機宜，妥籌辦理。”
八、三月十四日應桂馨致洪述祖“應密”寒電：“梁山匪魁四出擾亂（按此係指宋在各大城市 演說指責袁世凱），危險實甚，已發緊急命令設法剿捕之。”
九、三月廿一日應桂馨致洪述祖“川密”個電：“匪魁已滅，我軍無一傷亡。”
這使得這一事件徒然上升爲一樁嚴重的政治事件，雖然並沒有直接證據證明就是袁世凱指使人刺殺的宋教仁。
一直爲國民黨宋教仁派喉舌的《民立報》對密電的解讀，就相當具有代表性。
《民立報》在對應桂馨與洪述祖往來函電（二月八日電）的解釋中，將案件的邏輯說得很清楚：“袁、趙蓄謀傾陷宋先生，無時或忘。至應犯一再遷延，乃知宋先生的名譽無術毀壞，不得不毀壞宋先生之身命。故宋先生之死，袁、趙死之，非洪、應與武死之也。”
也就是說，《民立報》認爲，應桂馨買兇殺宋教仁，並非偶然，而是在長期策劃毀壞宋教仁名譽無法得逞之後，纔出此殺人滅口的下策。
應桂馨，其父應忠才（應文森）本爲工匠，因在上海販賣地皮而發家。
應桂馨肄業於上海梅溪書院，後又補送龍門書院。一八八七年跟隨英國工程師金斯美學習工程繪圖，後隨岳父薛培榕去漢陽鐵廠任職。因與美國工程師爲商辦建築鋼鐵熔爐意見衝突，被湖廣總督張之洞改派到武昌監修兩湖書院，旋又因上呈不合程式而被斥。遂赴南昌知府曹朗川幕下，一八九一年報捐縣丞，被任命爲巡捕。
同年赴安徽，充支應局兼報銷差，一八九三年負責皖南緝捕營。一八九四年辭職赴滬，開設祥園煙館和桂仙戲院，成爲上海灘的著名地痞流氓。
一九零六年因涉嫌敲詐及私通巨匪範高頭，被驅逐出租界。他逃往蘇州，捐一候補知縣，並被袁世凱之族弟袁幹卿委任爲督練公所科長，後又打算讓他當印刷局提調，引起輿論譁然。在汪鍾霖爲首的士紳的抗議與控訴下，應桂馨遭到通緝而逃走，藏匿於老家鄞縣。
在聲名狼藉的另一面，應桂馨還一直暗中支持反清革命。他在一八九四年任皖南捕營管帶時曾抓獲革命黨人龔照，反而被其感化，決定棄官投身革命事業，多次祕密接濟革命黨人。
辛亥革命時參與上海光復，被滬軍都督陳其美委任爲諜報科長，孫中山來滬時負責照料，並護送孫中山至南京就任臨時大總統。孫中山任命應桂馨爲總統府衛隊司令，後兼庶務長。應桂馨“辦菜每席開支銀五元，後減至一元，菜與五元相等”，被總統府發覺後即遭斥革。
一九一二年七月一日，應桂馨糾合青幫、紅幫等江湖勢力，成立了中華國民共進會，自任會長。然該會成立後到處鬧事，危害社會治安。尤其是在一九一二年九月製造了湖北馬隊兵變，被黎元洪鎮壓後查明應桂馨爲主使，於是嚴加通緝。
不久後，內務部祕書洪述祖以調查水上警察事宜爲名來上海，實際上帶着袁世凱招安共進會的祕密使命，與應桂馨建立聯繫與交情。洪述祖不僅向江蘇都督程德全舉薦應桂馨出任江蘇駐滬巡查長，還說服黎元洪取消了對應桂馨的通緝。
當時，洪述祖欲阻止國民黨組建政黨內閣，在袁世凱的支持下密電聯絡應桂馨，要求他蒐集關於國民黨領袖孫中山、黃興、宋教仁的黑材料。應桂馨謊稱他已得知日本有“孫黃宋劣史”、“黃與下女合像”、“宋犯騙案刑事提票”等物證，向政.府索要30萬來購買。袁世凱對“宋犯騙案刑事提票”頗感興趣，欲知其詳情並託洪述祖要求應桂馨先提供原件或影印件，但應桂馨始終無法交出。
一個常見的說法是，洪述祖知道妖魔化國民黨要人的方法行不通後，便於三月六日密電應桂馨，暗示他對宋教仁“乘機下手”。十三日更以“毀宋酬勳位”爲誘餌，嗾使應桂馨殺害宋教仁。應桂馨欲以低價收購國債作爲報酬，洪述祖則迴應“債票特別準”。
應桂馨得到承諾後，收買兇手武士英，於一九一三年三月二十日製造了宋教仁案。三月二十四日，應桂馨在迎春坊妓女李桂玉家中被英捕房逮捕。在審判期間百般抵賴，至七月二次革命爆發之際，他趁亂越獄，藏身青島德國租界。
據稱，二次革命遭鎮壓、袁世凱就任正式大總統後，應桂馨致電政.府，稱自己殺“賊”有功，請求平冤昭雪。袁世凱政.府並無反應，他便親自入京邀賞。在北京期間，每晚在八大胡同縱情聲色。
一九一四年一月十七日，應桂馨在嫖娼並吸大煙時遇到軍警查拿。軍警不知他爲應桂馨，他卻高聲對軍警說：“我乃民國首功，又殺宋教仁之功首，現在**將予我上將，並酬勳位及國庫證券百萬，今我逸興遄發，樂此以消永夕，於汝何事？”遂將軍警轟走。
兩天後的一月十九日下午，應桂馨就在津京快車上遇刺身亡，主使者一般認爲是袁世凱。
對於涉及到自己的電報，趙秉鈞辯稱：“程都督、應民政長宣佈宋案證據，其涉及秉鈞者，惟手書兩件，然一爲發給密碼，一爲請領津貼，均屬因公”。
宋教仁案的另一個重要嫌犯是國府的內務部祕書洪述祖。
洪述祖，原名洪熙，字蔭之，號觀川居士，出生於江蘇常州一個名門望族之家。他的先祖是清代赫赫有名的大文豪洪亮吉。其名述祖，有繼先祖功業之意。不過，洪述祖一生行跡與乃祖之行，南轅北轍。
洪述祖九個月時，太平軍攻陷常州，其父洪彥先死於巷戰，家屬十七人投河。唯洪述祖與其母張氏被人所救。後依靠叔父洪彥哲生活，並在其門下受學。
光緒四年（1878年）考取秀才，但其後八年間屢試不第，於是以遊幕爲生。先後佐理江西學政陳寶琛、江西巡撫潘霨、欽差大臣督辦福建軍務左宗棠和臺灣巡撫劉銘傳之幕府。
光緒十四年（1888年），洪述祖被劉銘傳派去英國，驗收臺灣商務局在英國訂造的“駕時”、“斯美”兩艘快船。事後劉銘傳彈劾洪述祖私吞公款，遂被革職並下淡水縣獄。
光緒十九年（1893年），洪述祖出獄，北上天津投奔同鄉津海關道盛宣懷。不久甲午中日戰爭爆發，洪述祖被派往朝鮮，負責電報事務，並在那裏結識了袁世凱、唐紹儀。戰後洪述祖回江蘇謀生，從此其名由洪熙改爲洪述祖，併入餘聯沅之幕府。
光緒二十八年（1902年）秋，清廷重新起用洪述祖，以候選知縣分發湖北。在漢口任職兩年多，歷任漢口清丈局坐辦、漢口釐局交涉文案兼辦鄂中洋務交涉、漢陽府夏口廳發審委員、漢口警察第二局總辦等職。
光緒三十一年（1905年）春因與江漢關道繼昌不和，洪述祖辭職，重返上海，協助李經方辦理安徽鐵路事宜。
光緒三十三年（1907年）被選拔到直隸任職，歷任全省水利總局會辦、洋務局會辦、印花稅局會辦、度量權衡局會辦等多個差使。一年試用期滿後，直隸總督楊士驤給他的評語是“精明幹練，頗知大體，堪爲優等”，奏請留省補用。