宣統二年（1910年）十二月，新任直隸總督陳夔龍彈劾他“辦事荒謬”，遂被革職，留住天津。
他任職時應該是撈了不少油水，故而在天津過着奢華的生活，並結交了原民政部侍郎趙秉鈞。
因對清廷不滿，辛亥革命時，他與其姻親趙鳳昌在暗中活動，圖謀推翻滿清。曾親擬退位詔稿（未被採用）。因此他後來常以“革命元勳”、“共和功臣”自居。
袁世凱成爲大總統後，趙秉鈞被任命爲內務總長，洪述祖被當時的國務總.理唐紹儀推薦爲內務部祕書。
縱觀洪述祖爲官，可謂“招權納賄”、“名譽甚劣”。
一九一三年一月二十二日，洪述祖偕應桂馨南下上海，負責調查歡迎國會團，一月三十一日離滬北返。
在上海，洪述祖、應桂馨注意到了國民黨對袁世凱政權的威脅，因此他們在袁世凱的默許下，先計劃蒐集國民黨領袖孫中山、黃興、宋教仁的黑材料與負面消息，試圖將其散佈到社會，但未能得逞。
在“宋案”發後不久，應桂馨、武士英先後在租界落網後。洪述祖於三月二十六日晨逃離北京，躲進德國租借地青島。
五月，青島的德國裁判所審問洪述祖，洪述祖堅稱“毀宋”只是要破壞宋教仁的名譽，並非肉體消滅之意，因此德國人判他無罪，繼續寄居青島。
關於洪述祖的結局：日本佔領青島德國租界，將租界內所有房產充公，洪述祖便化名張皎廠，亡命上海。一九一七年四月行蹤暴露，被上海公廨逮捕，四月三十日被保釋。
然國民黨已得知消息，在洪述祖被保釋而上車離去之時，一羣國民黨人前來公廨探聽消息。其中宋教仁之子宋振呂認出上車之人正是洪述祖，立即躍上汽車，將洪述祖扭下。押送至警局，後被解到北京。法院審理過程中，他始終不肯認罪。
一九一八年三月月二十七日，大理院判處洪述祖死刑。四月五日對洪述祖執行絞刑，這也是中華民國第一次使用絞刑機器，行刑時因身體太重、筋骨衰弱，竟然身首異處。洪述祖之妾。找了北京最善於連屍的醫院把頭縫好才下葬。
據說洪述祖臨終前留下對聯曰：“服官政，禍及於身，自覺問心無愧怍；當亂世，生不如死，本來何處着塵埃。”
這爲後話。
現在，還是回到宋教仁遇刺案的審理。經多方磋商，租界領事團決定在會審公堂第七次預審結束後，將“宋案”移交給中國當地法庭處理。
得此消息後，國民黨方面迅速作出反應，並提議在上海組織特別法庭進行審理。之後，負責“宋案”的江蘇都督程德全將此提議電告袁世凱與北京內務部、司法部。
袁世凱當天回電同意設立特別法庭，但在法庭的組織及所在地問題上，北京方面與國民黨人產生了重大分歧。
司法總長許世英認爲，宋教仁遇刺案影響重大，理應提交北京大理院公開審判。國民黨人則認爲，既然案件發生在上海，那就應該在上海設立特別法庭審理。
爲此，國民黨人搶先組織了以黃郛爲主裁，王寵惠、伍廷芳爲承審官的特別法庭，並提請中央批准。
對此，北京方面很是不滿，因爲伍廷芳是前南京臨時**司法總長，黃郛與王寵惠又都是革命黨人，司法總長許世英考慮再三，隨後又提議由上海地方檢察廳負責審理。
國民黨人不同意此議，據理力爭堅持己見。江蘇都督程德全爲難之下，只好再次致電袁世凱，強調組織特別法庭的重要性。
袁世凱接電後回覆，稱司法總長拒絕副署，他也無權駁回，因而無法按國民黨人的意見頒佈命令。
之後，許世英再次做出讓步，提議由伍廷芳署理上海地方審判長來審理此案，但國民黨方面仍堅持原議。就在這南北爭執當中，兇犯武士英卻突然於四月二十四日不治身亡。
“宋案”發生後，江蘇都督程德全與民政長應德閎從南京趕赴上海坐鎮督辦。但就在他們的眼皮底下，最重要的案犯，殺人兇手武士英似乎是莫名其妙的意外死亡，這引起了輿論界的極大不滿。
在此壓力下，程德全、應德閎於四月二十六日，將“宋案”的相關證據，即應桂馨、洪述祖密電函全部公開。
得知總理趙秉鈞、內務府祕書洪述祖涉嫌“刺宋”密謀後，國民黨人羣情激奮。
黃興隨後致電袁世凱：直指“國.務.院.總.理趙秉鈞爲暗殺主謀之犯”。認爲現在都督程德全擬在上海組織特別法庭，遭到司法總長許世英的大力反對別有用心。
按許的主張在北京大理院審理，法院處於**的藩籬之下，案件能否得到公正的審判，罪犯是否會受到應有的懲罰，**是否會妨礙司法的公正，這些都令人擔憂。
再者，“宋案”涉及**，司法總長本就是國務院中的一員，而其上司趙秉鈞爲案中巨犯，又怎能不讓人心存疑問？電末，黃興請袁世凱“獨持英斷，毋爲所撓”，以“維大局而定人心”。
兩日後，袁世凱回電，稱總.理趙秉鈞與應桂馨只通過一次信函，即一月十四日附信送達“密碼電一本”，並聲明今後“有電直寄國.務.院”，如果僅憑這一信件就一口咬定趙秉鈞是“宋案”主犯，在法律與證據上都站不住腳。
再者，“近年來那些鬧二次革命、三次革命的，無不假託偉人，如憑爲嫁禍之媒，不免人人自危”。
“趙秉鈞、洪述祖、應桂馨三人來往之事，好比甲、乙謀丁，甲騙乙說丙已授意，而丙實際上並不知情，如果以此定丙之罪，未免不公。現在的首要問題，還應請法律部門將各項證據詳細研究，等到人證到齊，審判公開，自能水落石出”。
對於黃興要求他直接命令設立特別法庭之事，袁世凱頗不以爲然。他在回電中表示，民國既是立憲國家，司法獨立原則不可輕易摧抑。司法總長許世英爲保障法律而拒絕副署，此乃他的職分所在，並無偏私之見。如果任其辭職，法官界未免橫起風潮。如此，對大局影響重大。當下“國事艱難，人心險惡，轉移風氣”，還希望黃興能夠理解。
袁世凱的這段話可謂冠冕堂皇、滴水不漏，一下就把黃興的質問堵了回去。私下裏，袁世凱對程德全、黃興等人的做法大爲不滿。
《民立報》一九一三年六月二日報道，譚人鳳、王芝祥於五月十八日拜會袁世凱，袁世凱稱：“人謂我違法，我絲毫不違法。‘宋案’候法庭裁決，借款（指善後大借款，後文將專門談及）聽國會解決。國會議決如何便如何，我何違法之有？宋案證據有黃克強蓋印，黃克強既非行政官，又非司法官，何能蓋印？即此已違法，尚責我乎？”
另外，作爲**官員，程德全又有何權力公佈本應由法院公佈的證據？至於黃興要求自己獨斷專行，下令設立特別法庭，“豈不是強人所難，好讓自己揹負干涉司法獨立的罪名嗎？”
就司法程序而言，黃興的做法確實不太妥當，如未經審判即一口咬定“總.理爲案中要犯”，如要求****干預司法，這無疑都是違反法治原則的。
對此，副總統黎元洪也發表通電，稱共和國家應首重司法，既不容行政機關非法干預，也不能讓立法機關隨意侵犯。刺宋一案，純屬法律問題，程德全等宣佈證據，不出自法庭而出自軍**，未免有違法之實。
作爲宋教仁多年的至交，黃興的激動是可以理解的，何況當時的中國缺少法治觀念，民主共和又剛剛確立，所謂“三權分立、司法獨立”等等，這些東西大多停留在概念層面，一旦進入操作階段，難免會因爲個人好惡或集團利益而導致理念扭曲。
革命黨人這邊，主張對袁世凱持強硬態度的不僅有黃興，另一位革命領袖孫中山更是如此。
宋教仁遇刺後，孫中山在第二天即得知消息並決定立即回國。
四天後，孫中山一行人回到上海，隨後開會討論“宋案”的處置辦法。
黃興等人主張用法律解決，與黃興不同的是，孫中山從一開始就認爲是袁世凱在背後策劃了一切。
返回上海的第二天，孫中山即在拜會日本駐上海總領事有吉明時表示：“宋教仁暗殺事件，事頗重大。昨朝返滬以來，根據收到之報道，其數雖少，而出自袁世凱嗾使之證據，歷歷在目。”