丟掉了安徽，南京也就門戶大開。南京方面也因部分討袁軍反水而作戰失利，九月一日南京失守。
隨着北洋軍的節節勝利，袁系的升官圖也緊跟其後。段芝貴仍兼第一軍軍長，升上將，實授江西宣撫使；張勳亦升上將，段芝貴的右司令王佔元兼湖南護軍使。
上海方面因南京討袁軍失敗，亦功敗垂成。袁世凱命第四師師長楊善德爲松江鎮守使，鄭汝成爲上海鎮守使，海軍總長劉冠雄爲福建都督。
廣東和四川兩地解決得是快又省力，七月二十七日袁派龍濟光、覲光兄弟爲廣東正副鎮守使，八月三日龍濟光升上將繼任粵督，八月五日陳炯明出走。四川方面熊克武雖於八月九日宣告獨立，但爲時只一月就被解職下野。
湖南獨立的局面，主要受湖北的壓迫。廣東獨立失敗後，使湘督譚延闓和湘軍師長趙恆惕更加孤掌難鳴。
八月十二日湖南爲環境所迫取消獨立，九月十七日袁令湯薌銘率楚有等四艘淺水艦，在第三師曹錕部的配合下進駐嶽州，袁政.府任命卅九混成旅旅長伍祥禎爲嶽州鎮守使。這樣一來，湖南便完全落入袁的掌握中。
袁繼續施行借刀殺人計，命黎元洪兼領湘督。黎當然不會中計，敬辭大命。袁乃請黎薦人自代，黎自然不會推薦與袁無關的人。他覺得湯薌銘是袁的死黨?，又是湖北人，黎和湯的長兄湯化龍又是老朋友，因此順水推舟保薦了湯爲湘督。
十月七日湯薌銘赴長沙晤譚延闓，十月二十四日袁發表人事命令，免譚，以湯繼任都督，王瑚繼任民政長，王未到任前以湯兼署。
並命譚延闓即日入京，同時令將師長趙恆惕解往北京聽候處分。袁的軍隊於十一月十五日入駐長沙。
黎元洪和譚延闓和趙恆惕的關係很好。譚延闓下野後，黎元洪打電報給袁世凱，極力爲譚延闓開脫：“譚的獨立非出自願，乃系被迫，曾仰藥以求解脫，元洪敢力保其無他。”
一秒記住m.
譚延闓人品極佳，是個認真又有擔當之人，當然也有些書生意氣。見到黎爲他解脫的電報，立即加以否認。
他發出一則通電，大意是說：黎副總統心存愛護，力爲解免，難道我不知感激，可是我並未仰藥，亦未受迫。我爲都督，發號施令俱自己爲主，要治罪，一身甘當云云。
二次革命後，各省取消獨立，浮起一片罵孫、黃聲，但譚卻始終不罵。各都督多諉稱獨立時系被迫，或被冒名，譚則獨任其咎。
譚延闓（1880—1930），字組庵，號無畏、切齋，湖南茶陵人。與陳三立、譚嗣同並稱“湖湘三公子”；與陳三立、徐仁鑄、陶菊存並稱“維新四公子”。生於浙江杭州，民國時期著名政治家。
譚延闓曾經任兩廣督軍，三次出任湖南督軍、省長兼湘軍總司令，授上將軍銜，陸軍大元帥。曾任南京國民**主席、行政院院長。??一九三零年九月二十二日，病逝於南京。??去世後，民國**爲其舉行國葬。譚延闓有“近代顏書大家”之稱??，著述有《組庵詩集》等,???其精於美食，爲組庵湘菜創始人?。
蔣介石和宋美齡結婚，譚延闓爲介紹人。
北京陸軍部判譚四年有期徒刑，黎再出頭說項，乃於十二月十二日下令特赦，僅褫陸軍上將銜“以示薄懲”。
黎同時又代趙恆惕說情。趙亦因之免難，議處有期徒刑四年，褫奪少將銜。後趙獲蔡鍔力保，民國三年年九月十三日亦獲特赦。
袁世凱於七月二十三日發表命令撤銷孫中山籌辦全國鐵路全權。
孫是於民國元年九月九日受任籌辦全國鐵路，提倡修築鐵路二十萬裏。可惜當時人們沒有遠見，以爲修築二十萬裏鐵路簡直是神話，於是大家以“孫大炮”嘲笑孫中山。
其實當時美國已有一百多萬裏鐵路，中國比美國大，即使修築了二十五萬里根本算不得一回事。而國人竟大驚小怪如此，實在太淺見了。
孫中山慨然統一籌劃全國鐵路大計，第一步預定修築三大路線：第一條是由廣州經廣西、雲南接緬甸鐵路；第二條是由廣州經湖南、四川達西藏；第三條由揚子江口經江?蘇、安徽、河南、陝西、甘肅、新疆以迄伊犁。
籌款方法主張借款，“如京奉、京漢、滬寧諸路辦法，其條件以不礙中國主權爲範圍”。資本訂六十億元，里程二十萬裏，期限十年。
計劃才告擬定，由於二次革命以及袁世凱撤銷孫中山鐵路籌辦全權，此一宏大計劃，乃隨孫之去而告流產。
七月月二十三日袁世凱同時發佈命令，稱黃興、陳其美、柏文蔚爲“叛徒”，責成馮國璋、張勳捉拿黃興到案，還發出捉拿賞格，捉到黃興的賞洋十萬，捉到陳其美的賞洋五萬。
上海、南京兩地的討袁軍相繼失敗後，八月二日孫中山乃乘德輪約克號離滬。本意擬去廣東，不料次日經馬尾，日本駐福州領事館武官多賀京之來告，“駐粵將領張義權、蘇慎初已與龍濟光勾結，接受袁世凱亂命”，恐不安全，孫中山乃決定改赴臺灣。
行前召見隨行同志梅光培、李朗如，令梅、李兩人先至**，自己則偕胡漢民去臺灣，並把隨身所帶全部款項六百元交梅、李備用。梅、李拒不肯受，胡漢民勸他們接受，大家黯然話別，分道而行。
孫中山偕胡漢民抵臺後，張繼、馬君武亦隨後趕至。這時各地的討袁軍都相繼失敗，孫乃轉去日本。
不料袁世凱已要求日本拒絕孫上岸。幸得船長的掩護，以及國民黨在日本的負責之人丁懷瑾（石僧）的佈置，日本友人萱野長知等的協助，才得在神戶祕密登岸。這時隨侍孫在神戶的是胡漢民和廖仲愷，丁懷瑾則往來東京、神戶各地，對外連絡。