在祠部官員的引領下，鼓樂聲中桓玄乘坐畫輪車前往京城，身旁旌旗飄擺，刀槍耀日。
車隊從宣陽門前往大司馬門，御道兩旁官吏、百姓拜伏於地，桓玄感慨萬分，闊別京城十年，他終於以勝利者的身份重新踏上御街。
太元十六年秋，司馬道子酒醉訓斥“桓溫來欲作賊,如何”，讓桓玄驚恐不安，今日司馬氏的存亡操於己手，何等快意。父親當年未竟的事業，自當承之。
太極殿前下車，桓玄整理衣衫，在侍中的引領下不急不緩地邁步走進東堂。
天子司馬德宗坐在高座上，木然地看着恆玄拜倒向他施禮，不發一語。身旁的琅琊王司馬德文替天子應道：“南郡公免禮。”
桓玄起身，毫不客氣地望了司馬德宗一眼，早就聽聞天子愚笨，不會說話，便連冷暖都不知，這樣的笨蛋爲一國之君，朝庭焉能不敗。
看着朝臣們紛紛向自己揖禮，桓玄彷彿看到了當年父親桓玄站在朝堂之上，羣臣俯首，一呼百諾。
禮畢，桓玄開始以天子名義下詔，第一道詔令，爲荊州軍正名，把戰起的罪責歸於司馬元顯。
詔曰：“義旗雲集，罪在元顯。太傅已別有教，其解嚴息甲，以副義心。”
解嚴是宣告結事結束，息甲則是讓六軍繳械，聽候荊州軍發落。
緊接着第二道攬權，桓玄加封自己總百揆，侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，領徐州刺史，加假黃鉞、羽葆鼓吹、班劍二十人，置左右長史、司馬、從事中郎四人，甲仗二百人上殿。
總百揆，總攬朝政，掌管百官及天下各種政務，權臣篡三步，總百揆、劍履上殿入朝不趨贊拜不名、加疏禮然後禪讓。
衆臣瞠目，桓玄的野心暴露無疑，只是荊州兵馬控制着京城內外，誰敢發聲反對。
桓玄很滿意朝臣們的反映，看來自己的威望足夠，王謝兩家子弟亦不敢作聲。
接下來是把控朝堂，桓玄以總百揆的身份宣佈，任命桓謙爲尚書左僕射、中軍將軍，參掌尚書省，掌京中六軍；桓石綏任黃門郎、左衛將軍，守衛宮城；卞範之爲建武將軍、丹陽尹，負責京城四周軍事事宜；王謐爲中書令，領軍將軍、吏部尚書，執掌尚書省和百官選任。
王謐是王導曾孫，生父王劭，過繼給伯父王協，與王珣是堂兄弟，王珣之父王洽與王劭等人是兄弟。
王謐爲人圓滑，左右逢源，與皇族、各大門閥的關係都很密切。
桓玄之所以看重他，除了王謐出身琅琊王家，身份高貴外，便是看重王謐善長與人打交道，可替他緩和與世族之間的關係。
劉裕當年被刁逵綁於樹上鞭打，便是王謐解救，王謐算是慧眼識人。
朝堂換成自己的親信把持，方鎮當然也要換上自己的親信。
桓玄自領揚州牧；其兄桓偉進安西將軍、由江州刺史改任荊州刺史，兼領南蠻校尉。
此次進攻建康，桓石生多次傳遞消息，居功甚偉，桓玄封他前將軍、江州刺史。
桓修進右將軍、都督六州諸軍事、兼任徐兗二州刺史，許諾給劉牢之的青兗刺史成了空話。
朝庭授楊安玄爲雍州刺史，都督雍、梁、寧、益四州軍事，成爲了桓玄的心病，寧、益兩州毛家經營多年，又在偏隅，一時難以動搖，桓玄決定換掉梁州刺史郭銓。
此次進攻建康，苻宏勸降楊秋，表現出對自己的忠心，桓玄將苻宏封爲梁州刺史，讓他配合馮該對雍州進攻。至於郭銓，桓玄決定調他返京，任前將軍。
豫州刺史、譙王司馬尚之兵敗後逃往塗中，被人告發被擒，正押往京中。桓玄沒有安排豫州刺史的人選，準備留與劉牢之。
裏裏外外安排妥當，天色已經不早，桓玄有些疲乏，準備前去休息。
桓玄在京中並無住所，居於宮中於理不合，京中最好的宅院莫過於烏衣巷，桓玄看到謝混笑道：“望蔡縣公，愚有意暫借在謝太尉宅中，不知可妥。”
謝混淡然應道：“召伯之仁，猶惠及甘棠；文靖之德，更不保五畝之宅邪？”
桓玄臉色一變，面露慚色。
卞範之連忙緩和道：“東府是丞相辦公之所，主公即任丞相，何不就在東府住下。”
桓玄順坡下驢，道：“善。”
接下來幾天桓玄很忙，京中門閥紛紛前來示好，親朋故舊自然要前來跑官要官。
新安太守殷仲文，原南蠻殷覬之弟，殷仲堪的堂弟，是桓玄的姐夫，因桓玄受朝庭猜忌，貶爲新安太守。
得知桓玄入主建康，殷仲文當即命人備車，棄了新安太守之職，前來京城投奔桓玄，桓玄命其爲諮議參軍。
桓玄感覺暢快無比，朝堂之上無人敢出反對之言，一應朝政皆由他他說了算，恨不能在東堂之上疾呼“大丈夫當如是”。
桓玄的荊州兵馬接管了京城，北府軍北府軍在劉牢之的率領下並未進京，而是退守冽洲，等候桓玄兌現封賞的諾言。
劉衷得知桓玄進京，帶着豫州水師千餘人出長江口，駐紮在一處海島。
當初楊安玄剿滅逐水雁，讓接任的劉衷查找逐水雁的暗巢，功夫不負有心人，真讓劉衷找到了這座孤島。
島上有淡水，許宏在島上還積存了不少糧食物資，劉衷便將此島闢爲基地，率艦出海時會來此補給。
眼見京城被自己牢牢把控，桓玄開始“快意恩仇”，舉起清算的屠刀。
首先要殺的當然是司馬道子父子，司馬元顯的罪狀很好羅列，“驕奢狂縱，殘害忠良，任用奸邪”等等，與其六子被判棄市。
倒是會稽王司馬道子的罪名難安，桓玄記恨當年之仇，以“貪婪驕恣、寵暱羣小、酗酒、縱子不孝”等罪名上疏，建議將司馬道子棄市。
司馬道子與京中門閥交情深厚，常常在一起宴飲悠遊談玄，京中士族都以爲處罰太重，朝議時否決了桓玄的建議。
桓玄初掌建康，亦不敢太過違逆門閥的意願，畢竟朝堂上的衆人彼此之間非親即故。
互相妥協，最後以天子名義下詔，流放司馬道子江州安成郡。
說來可悲，司馬道子身爲會稽王，曾任太傅、丞相、司徒、揚州刺史等要職，主政多年，被押送至延尉時，滿朝文武居然無一人相送。