處理完司馬道子和司馬元顯，剩下的小角色很快就被決定了命運。
司馬元顯的心腹張法順、太傅參軍荀遜、庾楷庾鴻父子、吏部郎袁遵、譙王司馬道子一同棄市。
讓人沒想到的是桓玄居然把冠軍將軍毛泰、遊擊將軍毛遂也歸在棄市之列，毛泰在抓拿司馬元顯時痛毆了他一頓，一是解解心中怨氣，二是向桓玄表明自己與司馬元顯誓不兩立，結果弄巧成拙，自己與兄弟也成了陪斬之人。
司馬元顯的兩大心腹，張法順和王誕，桓玄當然不肯放過王誕。右將軍桓修爲舅舅求情，桓玄看在自家堂兄的面子上沒有殺王誕，將其流放廣州嶺南。
被判流放的還有丹陽尹司馬恢之、廣晉伯司馬允之，太傅主簿毛遁等人，京城一片血雨腥風。
說實話，在確立執政、誅殺政敵的時候，桓玄心裏還是存了一分顧忌，他怕劉牢之出聲反對，畢竟劉牢之手握數萬北府雄師。
然而，劉牢之一句話也沒有說，從桓玄分派方鎮的情況來看，豫州刺史的位置空了出來，應該是留給自己的。
京城，桓玄自覺準備妥當，開始着手處置北府軍以及劉牢之之事。
得知桓玄宣佈任命自己爲徵東將軍、會稽內史，劉牢之驚愕萬分，怒道：“這麼急着奪愚手中兵權，禍不遠矣。”
京城，劉敬宣深感不妙，於是向桓玄稟明，回冽洲勸說父親接受朝庭任命。
桓玄亦在試探，若是劉牢之接受任命自然皆大歡喜，桓修兼任徐袞二州刺史，自然順理成章成爲北府軍的統率。
若是劉牢之率軍來攻，自己便收回成命授劉牢之爲豫州刺史，和氣收場。至於劉敬宣是殺是留，無關大局，讓他前去無妨。
劉敬宣急奔回冽洲，告訴父親桓玄要下毒手，讓劉牢之先下手爲強，率北府軍攻打建康。
劉牢之猶豫半晌，道：“軍心不穩，荊州兵馬虎視在側，且先移兵班瀆再說。”
班瀆(1)，新州西南，離建康已遠。桓玄得知消息後大喜，道：“北府軍不再爲憂。”
劉裕斬釘截鐵地道：“將軍率數萬北府雄師，卻不戰歸降桓玄。如今桓玄掌控朝堂，天下臣民盡皆順服，廣陵雖近，愚恐桓玄不會讓將軍輕易前去。愚已然心灰意冷，想解甲歸田，回到京口度此殘生。”
見劉裕不肯隨他去廣陵，劉牢之又找到外甥何無忌，何無忌不置可否。
何無忌與劉裕關係密切，知道劉裕雄才大略，徑直來問劉裕的意見。
劉裕嘆道：“我看你舅父難逃桓玄毒手，你不妨隨愚前去京口。桓玄如果守臣節咱們就投靠他，否則咱們背靠京口匡扶社稷。”
雖然未得到劉裕和何無忌的答覆，劉牢之此時已決心討伐桓玄，召聚衆將和僚屬商議北上廣陵，據守江北以抗桓玄之事。
參軍劉襲道：“事之不可者莫大於反，將軍先反王兗州，再反司馬郎君，現在又想桓公，一人三反，何以自立。恕愚難從。”
說罷，劉襲徑直出帳離去。帳中將領、僚屬對視一眼，紛紛離席出帳，整個帳內只剩下寥寥幾人。
劉牢之驚恐萬丈，知道軍心已失，自己再難指揮北府軍，忙命劉敬宣先回京口迎接家眷，然後一同逃往廣陵。
三月二十八日，約期已至，劉敬宣卻不見蹤影。劉牢之以爲全家都被桓玄所殺，只得領着部曲向北逃走，行至新洲，自縊而亡。
一個時辰後，劉敬宣趕到，得知父親縊死，根本不敢停留祭哭，直接乘船渡江，投奔廣陵。
劉牢之的部曲將劉牢之裝殮起來，把靈柩運回丹徒。
桓玄得知劉牢之已死，頓覺渾身輕快，命人剖開棺木，砍下劉牢之的頭顱，暴屍於市，可嘆一代名將死於非命，身首兩處。
襄陽，楊安玄從郗恢的信中得知京中劇變，血雨腥風大作，很快就要撲向雍州。
馮該大軍尚未到來，對於這位殺父仇敵，楊安玄準備斬下他的人頭祭奠楊佺期。