第一顆棋子是讓暗衛化裝成商賈前往南涼、北涼，一路散播秦國大兵攻打雍州，國內空虛的言論。
南涼景王禿髮傉檀和北涼武宣王沮渠蒙遜原本合力攻打後涼建康公呂隆，呂隆抵禦不住，索性獻土向後秦歸順，請求後秦軍隊迎他入長安。
姚興喜從天降，派尚書左僕射齊難、鎮西將軍姚詰等人率軍四萬前去迎接呂隆歸順。前往後涼要通過南涼國土，禿髮傉檀迫於後秦實力強大，只得讓出道路讓兵秦軍隊通過前往姑臧接呂隆進長安。
後涼國滅，呂隆爲報復北涼和西涼，力勸齊難攻打兩國，結果齊難前鋒戰敗，只得與兩國結盟互不侵犯，齊難以司馬王尚爲涼州刺史，率軍三千鎮守姑臧。
姚興是高興了，北涼和南涼到嘴的肉被人奪了，自然心懷不滿，但怯於後秦實力雄厚不敢聲張，得知秦國內部空虛，難免要蠢蠢欲動起來。
第二顆棋子放在當陽。楊安玄佔據當陽後，命寧遠將軍嚴壯率軍五千鎮守，秦軍攻雍，楊安玄猜測桓玄極可能從江陵出兵夾擊，當陽城兵力不足。
楊安玄命傅弘之統軍三千前往當陽，協助嚴壯防禦荊州兵馬，吩咐傅弘之若事不可違，不妨放棄當陽退守編縣，屆時他會親率大軍前往增援。
當陽城如同楔入桓玄體內的一顆釘子，既可威脅江陵又可讓雍州水師東進，楊安玄準備看準時機，兵發尋陽奪取司馬德宗。
第三顆子落在寧益兩州，楊安玄送信給益州刺史毛璩和寧州刺史毛璠，痛述桓玄謀朝篡位，邀兩人一起舉兵伐桓，迎天子還朝。
楊安玄很有把握毛璩會舉兵呼應，只要益州舉起反桓大旗，荊州、梁州必被牽制，雍州不再向前年那樣有西面之憂，而當陽的作用越發重要。
第四顆棋子用來針對劉裕，自己穿越到東晉當然不能眼睜睜地看着劉裕建立劉宋，晉失其鹿，有志者逐之，何況自己還佔了先機。不好明目張膽地對付劉裕，不妨用上些小手段。
第五顆棋子是寫給陰友齊的信，黃門侍郎陰友齊作爲陰貴妃的父親，桓玄篡位之後自然遭到冷置。天子即將出京前往尋陽，楊安玄建議陰友齊隨天子一同前往，一來可以顯示不忘舊主忠貞可嘉；二來能夠照顧陰慧珍；最重要的是能夠爲楊安玄奪取司馬德宗作爲耳目。
第六顆子派丁全、黃富派人暗潛入京口、廣陵兩地，這兩地是北府軍的基地，劉裕要反桓必定要借重北府軍相助。自己鞭長莫及無法出兵介入，但桓修身死後朱齡石可不容錯過，憑自己與他的交情，或許可以邀他前來襄陽，順便讓朱齡石帶一批人前來。
十二月二十二日，司馬德宗帶着晉室先祖的靈位前往尋陽(1)，改任平固王友的陰友齊隨行；十二月二十四日，桓玄將桓溫的神主放入太廟之中，代晉的整個步驟宣告完成。
永始二年(元興三年)在風雨飄搖中到來。正月，桓玄冊封正妻劉氏爲皇后，詔方鎮刺史入京覲見，並下旨讓各方鎮向朝庭推薦有用之才。
方鎮之中雍州是桓玄的最大心患，如今秦國依諾發兵，桓玄不復爲憂，接下來便是益、寧兩州的毛家兄弟。
桓玄決定先對付益州刺史毛璩，下詔加封毛璩爲散騎常侍、左將軍，命毛璩入京覲見。同時，桓玄下旨調梁州刺史苻宏進京，以桓希爲代之，並暗中下旨調動兵馬，準備將毛璩圍困在益州境內。
毛璩收到楊安玄的來信，正猶豫不決，看到桓玄召他進京的詔書，知道進京之後性命便操於桓玄手中，而王異駐涪縣、郭法守宕渠、周道子鎮白帝等舉動無不說明桓玄對自己防備甚深。
毛璩勃然大怒，扣押桓玄使者，響應楊安玄號召，傳檄聲討桓玄，派巴東太守柳約之、建平太守羅述和徵瞄司馬甄季之先下手爲強，趁桓希尚未到任之季，先行擊敗王異、郭法等人，佔據梓潼郡，封閉了蜀道，進駐白帝城。
建康，桓玄在朝政上並無新意，詔令紛紜，百官奉答不暇。桓玄性情苛刻瑣碎，對小節吹毛求疵，因尚書奏疏中誤將“春蒐”寫成“春菟”而將經手之人盡皆降黜，以顯示他的高明。
桓玄喜歡遊玩打獵，一天之內多次出入宮城；嫌皇宮陳舊，遷至東宮暫住，下旨重新修繕宮殿，因身肥體胖，命工匠建容納三十人乘坐的大乘輿。
建康城內，怨聲四起，上至朝庭官員下至市井小民，無不期盼變天。
正月間，有童謠傳出，“長干巷，巷長幹，去年殺郎君，後年斬諸桓”，又有“斬桓者奴”的讖文在民間暗中流傳。
桓玄深惡，下令搜拿傳謠之人，仍禁之不絕。
長干巷的童謠是不滿桓玄的士族散播的，而斬桓者奴的讖文則是楊安玄讓丁全派暗使在建康城中暗中張貼。劉裕，小名寄奴也。
楊安玄記得史書上記載劉皇后見到劉裕後，說劉裕龍行虎步、雙目有神，不能久居人下，勸說桓玄早除劉裕。可是桓玄平定中原需要劉裕出力爲由拒絕。
劉皇后勸說尚不能讓桓玄下決心殺死劉裕，自己若用力太過，反而有可能促使劉裕投靠桓玄，爲其驅使，這樣豈不是偷雞不成蝕把米。
劉裕不知道遠在襄陽的楊安玄暗中磨刀霍霍對向他，他正跟隨徐兗刺史、安成郡王桓修進京朝覲。
桓修此次進京，隨行除了劉裕之外，還有帶了兗州主簿魏詠之，而何無忌則是隨劉裕而來，他想通過吏部侍郎曹靖之以及京中舊友的關係謀個縣令。
桓玄聽聞劉裕的名聲已久，見過劉裕後頗爲滿意，對司徒王謐讚道：“劉裕風骨不俗，是爲人傑也。”
王謐曾在刁逵手中救下劉裕，並贊劉裕爲一代英雄，對劉裕有救命及知遇之恩。桓玄知曉王謐與劉裕的這層關係，當着王謐贊劉裕，既是表示對王謐的親近，誇讚王謐好眼光，也想通過王謐去拉攏劉裕。
桓玄有意拉攏劉裕，下詔褒獎劉裕征討孫恩、盧循之功，對他麾下的將士亦加封賞。詔書贊“劉裕以寡制衆，屢摧妖鋒。泛海窮追，十殄其八。諸將力戰，多被重創……並宜論賞，以敘勳烈。”
然而劉裕對桓玄的親近之意並不放在心上，桓玄擺明要讓自己充裝爪牙，言語中透露出要自己率軍平定雍州，豈不聞“狡兔死、走狗烹”，劉裕表面唯唯，心中早已下定反桓的決心。
劉裕被桓玄所喜，隨桓修進京覲見的魏詠之就沒有那麼幸運了。
魏詠之出身寒微，躬耕謀生而好學不輟。他生而兔脣，十八歲時聽聞荊州刺史殷仲堪帳下有名醫能治，前往荊州造門求助。
醫者稱可治，但百日不可語笑，魏詠之便百日閉口不語，唯食薄粥度日，心志堅定。殷仲堪深爲歎服，贈厚資遣之。
魏詠之後來入仕，成爲兗州主簿。桓修亦向桓玄舉薦魏詠之，稱其博學多聞，善處政務。
昔日桓玄在荊州之時從殷仲堪處聽聞過魏詠之，殷仲堪被己所滅，對他所喜的人桓玄先就沒了好印象。待看到魏詠之的兔脣雖然修復，但傷痕猶在，甚爲不喜，遣之回兗州。
吏部侍郎曹靖之甚得桓玄寵信，尋機向桓玄說及何無忌謀官一事，桓玄斷然拒絕。何無忌得知之後知道只要桓玄在位，自己絕不可能起復爲官。既如此，唯有滅之。
青州刺史桓弘亦向桓玄推薦了主簿孟昶，桓玄見孟昶儀態雍容，言辭得體，很是欣賞，有意任其爲尚書郎。
得知孟昶住在京口，因而問身旁侍臣劉邁道：“卿與孟昶都住在京口，可曾相識？”
劉邁與孟昶有隙，有意應道：“臣在京口不聞孟昶有異能，只聽說他父子之間互相贈詩。”
桓玄哈哈一笑，遣孟昶仍返青州。
二月一日，長江漲水，洪水流入石頭城，附近的居民死傷慘重。天颳大風，吹倒了朱雀航的門樓，桓玄聽到外面喧譁的聲音，以爲有人聚衆反叛，得知虛驚一場，心中仍甚不快。
二月二日，桓玄讓進京述職的衆人各回方鎮。劉裕以舊傷復傷無法從陸路返還京口的原因與桓修分手，與何無忌一起乘船返回京口。
此次進京，劉裕發現桓玄外強中乾，建康士族與其離心離德，下令決心起兵反桓。
何無忌起復無望，受劉裕之託在京中拜訪舊友，找尋對桓玄不滿之人，作爲內應。
船中兩人密議，談及魏詠之和孟昶，認爲可爲同謀。
劉裕與魏詠之是同僚，劉裕是撫軍府中兵參軍，負責京口駐防，魏詠之是主簿，兩人平時關係不錯。此次魏詠之被桓玄所拒，劉裕猜測魏詠之有反桓之心。
不知有意無意，船至京口劉裕便遇到了孟昶。劉裕邀孟昶到府中做客，設宴款待，何無忌在一旁用言語試探。
席間，劉裕笑問道：“草澤間當有英雄崛起，孟兄可聞知否？”
孟昶接口應道：“今日英雄爲誰，唯德輿也。”
話說到這個地步，何無忌隨即把話挑明，邀孟昶一起反桓。
孟昶因劉邁作梗不能入朝爲官，遷恨桓玄，聽何無忌相邀當即慨然允諾。
晚間劉裕找來魏詠之，與孟昶相見，四人一拍即合，反桓同盟初成。