劉裕知道撫軍參軍朱齡石以武勇著稱，與桓修情如兄弟。桓修已死，劉裕命人厚葬，派人前去請朱齡石相助。
使者來到朱齡石住處，發現早已人去屋空，回報劉裕，劉裕以爲朱齡石不滿其殺桓修才棄官而逃，感嘆幾聲亦不追尋。
長江之上，朱齡石站在船頭望着京口方向愁眉不展，黃富上前道：“石郎君，船要開動了，請回艙中歇息吧。”
朱齡石嘆道：“此一別，不知還能否再回京口。”
黃富充滿信心地笑道：“我家主公英明神武，胸懷遠略，心存仁德，定能平定四方，安定天下。”
此次奉命前來京口，黃富對楊安玄算無餘策深爲佩服，京口劉裕果如主公所料興軍討桓。
得到消息之後，暗潛在京口丁全直奔朱齡石家中，他曾隨孟龍符與朱齡石在一起喝過酒。丁全將劉裕是殺死桓修主使告訴朱齡石，邀朱齡石前往襄陽。
朱齡石原本以爲是何無忌殺人與劉裕無關，待得知實情披甲上馬要去斬殺劉裕報仇。廣陵劉毅等人率軍趕至，朱齡石知道已無能爲力，只得同丁全前往碼頭。
丁全將朱齡石送上黃富的船，繼續留在京口不提。
京口、廣陵起事一帆風順，然而建康內應卻出了問題。
劉裕聽孟昶所言派人暗中聯絡劉邁在京中起事，劉邁應允，因他在京中地位高於王叡等人，王叡、王懿、辛扈興、童厚之等人便推舉劉邁爲首領。
衆人暗中商議，因爲桓玄喜歡遊獵，經常冒夜出入，可以找準機會暗殺。
二月二十六日，劉裕派陳留周安穆前往京城通知劉邁等人起義的時間，劉邁震懼不已，驚惶現於顏面。
周安穆見狀，認爲劉邁難以成事，迅速返還京口報告劉裕。
二月二十七日，朝庭下詔以劉邁爲竟陵太守。劉邁思之再三，認爲正好藉機脫身，準備連夜乘船前往竟陵。
恰逢桓玄想了解北府軍的情況，夜間讓人送了封信給劉邁，問及北府軍的情況，以及他最近見劉裕說了什麼？
劉邁嚇破了膽，以爲陰謀已經泄露，第二天一早便入宮覲見，將劉裕等人要在京口、廣陵、歷陽等地起事反桓的情報全盤交待。
驚魂稍定，桓玄下旨加封劉邁爲重安侯，命人前去抓拿同謀的王叡、辛扈興、童厚之等人，王叡的弟弟王懿聽到動靜不對，喬裝從後門逃脫。
等到王叡等人抓住，桓玄下令將劉邁與他們一起斬首，罪名是劉邁沒有立刻抓住周安穆，心存觀望，不知劉邁黃泉之下做如何想？
桓玄派出信使前往歷陽，告知刁逵豫州參事諸葛長民將反，刁逵得信後拿住諸葛長民，關進監牢。
桓謙、卞範之趕到東堂，桓玄將劉裕等人起兵之事告知。桓謙建議火帶發兵平定叛亂。
可是桓玄卻想以逸待勞，屯軍於覆舟山，等劉裕大軍到來，屆時再以水師偷襲京口，發動三吳士族襲擾京口後方，這樣三面合圍，劉裕不攻自破。
卞範之力諫不可，贊同桓謙出兵平亂的建議。桓玄下以揚州刺史、新安郡王桓謙爲征討都督，東興縣公殷仲文接替已死桓修爲徐兗刺史，讓頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷整頓兵馬，準備攻打京口。
京口，衆人齊聚刺史府大堂，推舉劉裕爲盟主，掌徐州事；以孟昶爲長史，鎮京口；檀憑之爲司馬；劉穆之爲主薄；彭城主薄劉鍾統率新投軍的青壯。
劉裕傳檄天下，歷數桓玄篡逆，聲稱江州刺史郭昶之在尋陽擁立天子復位，益州刺史毛璩奪取江陵，雍州刺史楊安玄攻佔梁州，鎮北參軍等人佔據石頭城，揚武將軍諸葛長民奪取歷陽。
二月二十九日，劉裕率軍西進，佔領竹裏，山河風雲突變，大戰一觸即發。
「注(1)：從官職上看，劉毅是徵虜中兵參軍屬，應該是劉道規的麾下。
(2)：史書上記載劉裕起軍不過一千七百餘人，筆者認爲是不實之言。劉裕統領兵馬至少也在三至五千，京口、廣陵是北府軍駐地，就算北府軍將領或逃或亡，普通兵馬還在，若沒有北府軍將士響應，劉裕不可能真憑一千七百人攻打建康，而桓玄就算再無能，建康兵馬也有數萬之多，能夠輕鬆剿滅廣陵、京口起義。筆者猜測，劉裕至少有七八千兵馬在手，加上新募的青壯應該超過萬人。」