重新恢復西秦(國號亦是秦)，乞伏乾歸見秦國勢微，率軍攻打奪取金城郡；大夏國赫連勃勃派其侄兒左將軍赫連羅提攻打定陽，活埋俘虜的後秦將士四千餘人；又親征隴右破白崖堡，將沿途擄獲的百姓一萬六千餘戶遷至大夏國大城。
緊接着南涼與北涼相互爭鬥，互擄百姓，攻伐不止；柔然國趁拓跋珪身死國內不穩之機出兵北魏，魏皇拓跋嗣親征柔然，柔然汗在逃走途中身逝，因其子胡久閭度拔年少，部分擁其弟鬱久閭斛律爲汗，拓跋嗣於七月中旬還師平城。
秦國越發勢弱，乞伏乾歸再次發動攻擊，于越質、屈機擄走十餘部落二萬五千餘人遷往苑川。八月，乞伏乾機將國都遷往苑川。然後攻打後秦略陽、南安、隴西各郡，皆克，撤走時將百姓二萬五千餘戶十餘萬人遷往苑川和枹罕安置。
鮮卑僕渾部落、羌句豈部落、輸報部落、鄧若部落等見後秦對西秦的進攻沒有反應，感覺後秦沒落，棄後秦降於西秦，計二萬餘戶。
姚興感覺西秦成爲禍患，但手中沒有兵馬前去征討，於是命其三子廣平公姚弼爲雍州刺史(後秦)，鎮守安定，威懾西秦。
姚弼受姚興寵信，其謀臣姜紀向姚弼建議，讓他交結尚書令、衛大將軍、常山公姚顯以及姚興身邊掌權的大臣，讓姚顯等人替其美言調回京中任職，以圖將來。姚顯，姚興五弟，文武全才，素有雅望，深得姚興信任。
姚顯數次在姚興面前進言稱姚弼賢德，加上姚興身邊的近臣不時說辭，東晉義熙七年(411年)、後秦弘始十三年正月，姚興果然召姚弼還長安，授其尚書令、侍中及大將軍，地位僅次於太子姚泓。
姚弼離開安定，姚興升任太常索棱爲太尉，兼隴西內史，讓他招撫西秦，派鎮東將軍楊佛嵩鎮守安定。
乞伏乾歸見好就收，派使節送回擄獲的後秦官員，請示稱臣歸附。於是姚興封乞伏乾歸爲徵西大將軍、河州太守、單于，其子乞伏熾磐爲鎮西將軍、左賢王、平昌公。
不過，姚興和乞伏乾歸都知道，雙方都暫時無力發動攻擊，各自休養生息，等待時機。
後秦黴運不斷，剛按倒葫蘆又起瓢，北方的大夏國不肯放過後秦，先是出兵破大蘇堡，斬安遠將軍姚詳；出擊安定城，擊敗鎮東將軍楊佛嵩，四萬五千秦軍投降；再攻東鄉，擄百姓三千餘戶遷至貳城，後秦的兵力縮減至十萬以下，無力對外用兵。
柔然國主鬱久閭兒斛律受到北魏的壓力，於是向北魏進貢三千匹戰馬，求娶馮跋之女樂浪公主，馮跋同意。柔然與北燕結成聯盟，共同抵禦北魏。
楊安玄看着暗衛發來的諜報，心中估算着後秦剩下的兵馬應該與自己相差無幾了，是時候爲伐秦做準備了。
不過，攻打後秦必然引來羣狼環伺，首先便是大夏國的赫連勃勃會趁火打劫，西秦也會蠢蠢欲動，諸涼說不定也要從中分杯羹。對付國力衰敗的後秦不難，難的是如何應對隨之而來的羣狼。
楊安玄打算召集散於各處的麾下，爲將來的伐秦統一思想，準備好輜重糧草，爲滅後秦之戰做好充足準備。
…………
然而，當盧循在始興城中見到父親盧暇、孫建之等人，方知老巢番禺已被朝廷兵馬佔領，不覺憂心如焚。
更讓盧循着急上火的是劉裕顯然不打算輕易放過他，他剛到始興城不久，劉藩、劉懷慎便率領朝廷兵馬翻山越嶺追至。
盧循對徐道覆道：“事已至此，唯有拼死一搏。道覆你守穩始興城，愚南下奪下番禺，若事情順利則率救兵回援，否則你我黃泉之下相見。”
留下兩千兵馬給徐道覆，盧循帶着剩下的四千人南下番禺，沿途搜尋百姓裹脅成軍，至番禺城下里亦有萬餘人。
劉藩兵至始興城下，下令攻擊，沈田子正好率軍在陽山準備攻打桂陽城，聞訊率軍與劉藩匯合。徐道覆麾下兵馬疲憊不堪，面對人數佔優的晉軍，勉強堅守了五日。城破，徐道覆被殺。
番禺城下，盧循攻城，城中僅剩二千兵馬，孫處發動百姓上城協守。盧循一面派人攻城，一面四處蒐羅百姓搜刮糧食，接連進攻了二十多天番禺城仍未攻克。
沈田子率軍馳援，城中守兵見援軍到來，士氣大振。此時盧循已經聚集了兩萬多人，想以優勢兵力先行擊潰沈田子。沈田子背水列陣，率先朝盧循軍殺去。
不等沈田子衝至陣前，盧循軍先自驚亂，此時孫處率軍從城中殺出，一舉將盧循亂軍擊潰，斬殺俘虜萬餘人。
盧循率殘部往西進入交州，孫處與沈田子率軍追擊，於蒼梧、鬱林、寧浦三戰三捷，孫處卻水土不服染上重病，不久身逝。廣州刺史褚裕之到任，劉藩、沈田子等人奉命率軍返回京城。
盧循竄往交州，攻佔合浦，恰巧山賊李奕等人與交州刺史杜慧度有仇，兩者合兵攻打交州治所龍編。
龍編城外，杜慧度用雉尾炬(以蘆葦等物，縛成下部分岔之草把，灌以油蠟，點燃後投擲，因形似禽尾，故稱)火焚變民軍船隻，盧循中箭投水而死，杜慧度撈出其屍體斬首，連同盧循之父盧暇、四個兒子以及錄事參軍阮靜等人的首級，全部送到建康。
至此，歷時十一年的孫恩、盧循之亂徹底平定。
朝廷下旨賞功，授劉裕爲太尉、中書監，錄尚書事、揚州刺史等官職不變。劉裕知大局已定，這次不再推辭，欣然接受。
天子又以雍州軍南下相助平叛爲由，加楊安玄爲侍中、驃騎將軍；以後將軍劉毅守護建康、督運輜重之功復任衛將軍，開府儀同三司，重返歷陽任豫州刺史；其他有功將領一併封賞。
劉穆之轉任太尉府司馬，替劉裕在京中招募有才之士，吸納了大批孟昶的參佐入太尉府，原左光祿大夫殷茂之孫、故司徒王謐女婿殷景仁；故太尉謝安之兄謝據曾孫、驃騎長史謝重之子謝晦等俊才都得到劉裕的重用。
劉毅發覺劉穆之對劉裕的幫助極大，在背後替劉裕出謀劃策，不少門閥受其拉攏投靠了劉裕，深忌之。於是常在劉裕面前提及劉穆之權力過重，將來難以抑制，可是劉裕知其心意，反而更加信任劉穆之。